HCV感染诱导自噬
验证HCV感染是否诱导自噬
用JFH1病毒感染Huh7细胞,检测LC3B-II转化和SQSTM1降解
Hepatitis C virus inhibits AKT-tuberous sclerosis complex (TSC), the mechanistic target of rapamycin (MTOR) pathway, through endoplasmic reticulum stress to induce autophagy.
使用HCV复制子和感染模型,Western blot、流式、荧光显微镜等功能验证,及shRNA敲低和药物干预机制验证。
Huh7细胞 HCV-N全基因组复制子Huh7细胞 JFH1病毒感染的Huh7细胞
MOI=10的JFH1感染5天诱导显著自噬 50 μM氯喹处理6小时验证自噬流 5 mM 4-PBA处理12小时抑制内质网应激 1 mM二甲双胍处理3天抑制HCV复制
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证HCV感染是否诱导自噬
用JFH1病毒感染Huh7细胞,检测LC3B-II转化和SQSTM1降解
验证诱导的自噬是否为完整过程
用氯喹处理感染细胞,检测LC3B-II积累和SQSTM1降解的变化
确定HCV感染对MTORC1及其上游AKT和PRKAA的影响
Western blot检测MTOR、RPS6K、ULK1、AKT、PRKAA磷酸化水平
确认AKT-TSC2通路在HCV诱导自噬中的作用
过表达Myr-AKT或敲低TSC2,检测MTOR磷酸化和自噬标志物变化
验证HCV诱导的ER stress是否抑制AKT通路
用4-PBA处理或敲低UPR通路分子,检测AKT、MTOR磷酸化及自噬标志物变化
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 达尔伯克改良伊格尔培养基 | Life Technologies | 11995 |
| 胎牛血清 | Life Technologies | -- | |
| 青霉素-链霉素 | -- | -- | |
| 非必需氨基酸 | Life Technologies | 11140 | |
| G418 | Sigma-Aldrich | G8168 | |
| L-谷氨酸 | Life Technologies | 25030 | |
| 病毒感染 | 聚凝胺 | Sigma-Aldrich | H9268 |
| 药物处理 | 氯喹 | Sigma-Aldrich | C6628 |
| 阿卡地新 | Sigma-Aldrich | A9978 | |
| 4-苯基丁酸 | Sigma-Aldrich | P21005 | |
| AKT抑制剂VIII | Sigma-Aldrich | A6730 | |
| 毒胡萝卜素 | Sigma-Aldrich | T9033 | |
| 血小板衍生生长因子-BB | PeproTech | 100-14B | |
| 蛋白检测 | 抗ACACA抗体 | Cell Signaling Technology | 3676 |
| 抗磷酸化ACACA (S79)抗体 | Cell Signaling Technology | 3661 | |
| 抗AKT抗体 | Cell Signaling Technology | 9272 | |
| 抗磷酸化AKT (T308)抗体 | Cell Signaling Technology | 9275 | |
| 抗磷酸化AKT (S473)抗体 | Cell Signaling Technology | 4060 | |
| 抗磷酸化AKT底物抗体 | Cell Signaling Technology | 9614 | |
| 抗PRKAA抗体 | Cell Signaling Technology | 2603 | |
| 抗磷酸化PRKAA (T172)抗体 | Cell Signaling Technology | 2535 | |
| 抗磷酸化PRKAA (S485)抗体 | Cell Signaling Technology | 4185 | |
| 抗TSC2抗体 | Cell Signaling Technology | 4308 | |
| 抗MTOR抗体 | Cell Signaling Technology | 2983 | |
| 抗磷酸化MTOR (S2448)抗体 | Cell Signaling Technology | 2971 | |
| 抗ULK1抗体 | Cell Signaling Technology | 4776 | |
| 抗磷酸化ULK1 (S757)抗体 | Cell Signaling Technology | 6888 | |
| 抗p70 RPS6K抗体 | Cell Signaling Technology | 2708 | |
| 抗磷酸化p70 RPS6K (T389)抗体 | Cell Signaling Technology | 9234 | |
| 抗EIF2AK3抗体 | Cell Signaling Technology | 3192 | |
| 抗磷酸化EIF2AK3 (T980)抗体 | Cell Signaling Technology | 3179 | |
| 抗EIF2S1抗体 | Cell Signaling Technology | 2103 | |
| 抗磷酸化EIF2S1 (S51)抗体 | Cell Signaling Technology | 3398 | |
| 抗HSPA5/GRP78抗体 | Cell Signaling Technology | 3183 | |
| 抗DDIT3/CHOP抗体 | Cell Signaling Technology | 2895 | |
| 抗ERN1抗体 | Cell Signaling Technology | 3294 | |
| 抗ACTB抗体 | Sigma-Aldrich | A3853 | |
| 抗LC3B抗体 | Sigma-Aldrich | L7543 | |
| 抗SQSTM1抗体 | Sigma-Aldrich | P0067 | |
| 抗ATF6抗体 | Santa Cruz | sc-22799 | |
| 抗HCV核心蛋白抗体 | Santa Cruz | sc-57800 | |
| 抗XBP1抗体 | Santa Cruz | sc-7160 | |
| IRdye 680RD标记抗兔IgG | LI-COR Biotechnology | 926-68071 | |
| 800CW标记抗小鼠IgG | LI-COR Biotechnology | 926-32210 | |
| BioTrace硝酸纤维素膜 | Pall | 66485 | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Scientific | 23225 | |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Roche | 04693132001 | |
| 磷酸酶抑制剂混合物 | Roche | 04906845001 | |
| Odyssey红外成像系统 | LI-COR Biosciences | -- | |
| 免疫荧光 | 皂苷 | Sigma-Aldrich | 47036 |
| Dylight 488标记抗兔二抗 | Jackson ImmunoResearch | 711-485-152 | |
| 罗丹明标记抗鼠二抗 | Jackson ImmunoResearch | 715-295-150 | |
| DAPI | Life Technologies | D1306 | |
| Triton X-100 | Sigma-Aldrich | T8787 | |
| Dylight 405标记抗鼠二抗 | Jackson ImmunoResearch | 715-475-150 | |
| 流式 | Annexin-V-FITC PI试剂盒 | NeoBioscience | FAK012 |
| FACS Canto II流式细胞仪 | Becton Dikinson | -- | |
| RT-PCR | SV总RNA提取试剂盒 | Promega | Z3100 |
| 逆转录试剂盒 | Promega | A3500 | |
| Power SYBR Green PCR预混液 | Life Technologies | 4367659 | |
| 7900HT Fast实时PCR仪 | Life Technologies | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| HCV感染与自噬诱导 | JFH1病毒感染Huh7细胞,MOI=10,感染时间5天 阅读提示:Materials and Methods: Production, titration and infection of HCV JFH1 strain; Results: HCV infection induced autophagy |
| 自噬流检测 | 氯喹浓度50 μM,处理时间6小时;mTagRFP-mWasabi-LC3B转染 阅读提示:Results: HCV infection-induced autophagy was a complete process; Figure 2 legend |
| MTORC1活性检测 | PDGF-BB浓度50 ng/ml,处理6小时;检测MTOR S2448、RPS6K、ULK1磷酸化 阅读提示:Results: HCV infection inhibited MTORC1 and activated ULK1; Figure 3 legend |
| AKT-TSC通路验证 | 慢病毒转导Myr-AKT或TSC2 shRNA,感染后第3天转导,第5天检测 阅读提示:Results: HCV promoted autophagy induction via inhibiting AKT activation; Figure 5 and 6 legends |
| 内质网应激抑制实验 | 4-PBA浓度5 mM,处理12小时;或shRNA敲低EIF2AK3、ATF6、ERN1 阅读提示:Results: HCV-induced ER stress resulted in the inhibition of AKT; Figure 8 and 9 legends |