筛选差异表达lncRNA
鉴定人脂肪间充质干细胞成脂分化过程中差异表达的lncRNA。
提取人脂肪组织原代hAMSCs,进行成脂诱导0天和3天,利用Affymetrix mRNA和lncRNA微阵列芯片进行表达谱分析,筛选标准为fold change≥2,表达值≥3,p<0.05。
A novel human specific lncRNA MEK6-AS1 regulates adipogenesis and fatty acid biosynthesis by stabilizing MEK6 mRNA.
包含体外细胞实验(人脂肪间充质干细胞成脂和成骨分化)、体内异位脂肪生成实验(裸鼠皮下注射)、类器官模型(肝脂肪变性类器官)以及转录组、代谢组和分子机制验证(RNA pull-down、mRNA稳定性)。
人脂肪来源间充质干细胞(hAMSCs) BALB/c裸鼠异位脂肪生成模型 人iPSC来源肝细胞类器官(肝脂肪变性类器官) BMI≥25患者脂肪组织样本
MEK6-AS1敲低或过表达后成脂分化标志物(CEBPA、PPARG、PLIN1、FABP4)mRNA和蛋白表达变化 siRNA(si-MEK6-AS1-1/2)和慢病毒(lenti-MEK6-AS1、sh-MEK6-AS1)的敲低/过表达效率及MOI=10 体内实验中6周龄BALB/c nu/nu雌性小鼠,n=3,皮下注射细胞与Matrigel混合物,2周后分析 游离脂肪酸靶向代谢组学检测的39种FFA变化,样品为成脂分化第6天细胞 Actinomycin D(5 μg/mL)处理0、2、4、6、8小时评估mRNA稳定性
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定人脂肪间充质干细胞成脂分化过程中差异表达的lncRNA。
提取人脂肪组织原代hAMSCs,进行成脂诱导0天和3天,利用Affymetrix mRNA和lncRNA微阵列芯片进行表达谱分析,筛选标准为fold change≥2,表达值≥3,p<0.05。
验证MEK6-AS1在成脂分化、人体脂肪组织及肝脂肪变性类器官中的表达变化。
通过qRT-PCR检测MEK6-AS1在成脂分化不同时间点(0-15天)的表达;在BMI<25和BMI≥25的人脂肪组织样本(各15例)中检测MEK6-AS1表达并与成脂标志基因进行相关性分析;在iPSC来源肝细胞类器官和肝脂肪变性类器官中检测MEK6-AS1表达。
确定MEK6-AS1的转录本长度、亚细胞定位和序列特征。
通过RACE实验确定MEK6-AS1的全长(584nt);通过核质分离和RNA FISH确定其主要定位在细胞质。
评估MEK6-AS1对hAMSCs成脂分化和成骨分化的影响。
使用siRNA敲低或慢病毒过表达MEK6-AS1,诱导成脂分化,检测成脂标志物(CEBPA、PPARG、PLIN1、FABP4)的mRNA和蛋白水平、油红O染色;诱导成骨分化,检测成骨标志物(RUNX2、ALP、OPN、COL1A1)和茜素红染色。
检测MEK6-AS1对游离脂肪酸水平的影响。
对敲低或过表达MEK6-AS1的hAMSCs成脂分化第6天,提取RNA进行转录组测序(差异基因筛选fold change≥1.5,p≤0.5),并利用靶向代谢组学检测39种游离脂肪酸。
验证MEK6-AS1在体内对脂肪生成的影响。
将敲低或过表达MEK6-AS1的hAMSCs经成脂诱导3天后与Matrigel混合皮下注射至6周龄BALB/c nu/nu雌性小鼠(n=3),2周后取移植物进行H&E染色和PLIN1免疫组化染色。
探究MEK6-AS1调控MEK6表达的分子机制。
检测MEK6在成脂分化中的表达;通过RNA pull-down和质谱鉴定与MEK6-AS1和MEK6 mRNA结合的蛋白;使用Actinomycin D处理检测MEK6 mRNA稳定性;敲低NAT10验证其对MEK6和MEK6-AS1稳定性的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞分离和培养 | 胶原酶P | Sigma-Aldrich | -- |
| 细胞培养 | DMEM/F12培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | -- | |
| 胰岛素-转铁蛋白-硒 | Gibco | -- | |
| 地塞米松 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 抗坏血酸2-磷酸 | Sigma-Aldrich | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| 细胞培养 | T75培养瓶 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 成脂分化 | 异丁基甲基黄嘌呤 | Sigma-Aldrich | -- |
| 抗坏血酸 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 成脂分化检测 | 油红O染色试剂盒 | Solarbio | -- |
| 成骨分化 | β-甘油磷酸 | Sigma-Aldrich | -- |
| 茜素红 | Servicebio | -- | |
| 微阵列分析 | Affymetrix mRNA和lncRNA微阵列芯片 | -- | -- |
| 肝细胞类器官诱导 | STEMdiff肝细胞分化试剂盒 | STEMCELL Technologies | -- |
| 肝细胞类器官培养 | Human HepatiCult类器官试剂盒 | STEMCELL Technologies | -- |
| 肝脂肪变性诱导 | 棕榈酸钠 | -- | -- |
| 油酸钠 | -- | -- | |
| RT-qPCR | Oligo (dT)引物 | Takara | -- |
| M-MLV逆转录酶 | Takara | -- | |
| SYBR Green预混液 | Yeasen | -- | |
| QuantStudio 3实时荧光定量PCR仪 | Applied Biosystems | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | -- | |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| CEBPA抗体 | CST | 2295S | |
| PPARG抗体 | Proteintech | 16643-1-AP | |
| FABP4抗体 | Proteintech | 12802-1-AP | |
| PLIN1抗体 | CST | 9349S | |
| MEK6抗体 | CST | 8550S | |
| GAPDH抗体 | Proteintech | 10494-1-AP | |
| 辣根过氧化物酶标记二抗 | Neobioscience | -- | |
| ECL化学发光试剂 | Yeasen | -- | |
| RACE | 5'/3' RACE试剂盒 | Roche | -- |
| 3' Full Race Core Kit | Takara | -- | |
| 核质分离 | NE-PER核质提取试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| RNA FISH | 4%甲醛 | Servicebio | -- |
| RNA FISH试剂盒 | RiboBio | -- | |
| DAPI | -- | -- | |
| siRNA转染 | 脂质体3000 | Invitrogen | -- |
| 慢病毒感染 | LV3-pGLV-H1-GFP-Puro慢病毒载体 | GenePharma | -- |
| 嘌呤霉素 | Yeasen | -- | |
| 游离脂肪酸检测 | 十九烷酸 | -- | -- |
| 正己烷 | -- | -- | |
| RNA pull-down | pBluescript II SK+载体 | -- | -- |
| 生物素RNA标记混合物 | Roche | -- | |
| T7 RNA聚合酶 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 链霉亲和素磁珠 | Invitrogen | -- | |
| 蛋白酶抑制剂片 | Roche | -- | |
| 体内实验 | 基质胶 | Corning | -- |
| Western blot | Adezmapimod | Selleck | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞分离和培养 | hAMSCs的分离方法(胶原酶P消化)、培养基成分(DMEM/F12、2% FBS等)、培养条件(37°C、5% CO2)和细胞代数(P3-P5)。 阅读提示:Methods部分 'Preparation of clinical adipose samples' |
| 成脂分化诱导 | 成脂分化培养基成分(高糖DMEM、10% FBS、0.5 mM IBMX、1 µM地塞米松、1 mM抗坏血酸)、诱导时间(6天检测标志物,10天油红O染色)、过表达实验使用半浓度培养基。 阅读提示:Methods部分 'Differentiation and staining of hAMSCs' |
| 体外敲低和过表达 | siRNA序列(si-MEK6-AS1-1/2)、转染试剂(Lipofectamine 3000)、慢病毒载体(LV3-pGLV-H1-GFP-Puro)和感染MOI(10)、筛选药物(嘌呤霉素)。 阅读提示:Methods部分 'Small interfering RNA (siRNA) transfection and lentivirus infection' |
| 体内异位脂肪生成 | 小鼠品系(BALB/c nu/nu雌性,6周龄)、每组数量(n=3)、细胞数量(4×10^6)、Matrigel体积(150 µL)、注射部位(下背部两侧对称)、观察时间(2周)。 阅读提示:Methods部分 'Heterotopic lipid formation in vivo' |
| 游离脂肪酸检测 | 样品采集(成脂分化第6天)、39种FFA的靶向代谢组学、标品(C19:0)和色谱质谱条件(Rt-2560柱,程序升温)。 阅读提示:Methods部分 'Detection of free fatty acids (FFAs)' |
| mRNA稳定性分析 | Actinomycin D浓度(5 µg/mL)、处理时间(0、2、4、6、8小时)、内参基因(GAPDH)。 阅读提示:Methods部分 'mRNA stability analysis' |