收集腔上皮并进行转录组分析
比较具有或不具有胚泡的子宫腔上皮在D4 10:00和17:00的基因表达差异,以评估胚泡对腔上皮分化的影响。
通过LCM从孕鼠和假孕鼠D4 10:00和17:00的子宫收集腔上皮,提取RNA并进行RNA-seq。
The presence of blastocyst within the uteri facilitates lumenal epithelium transformation for implantation via upregulating lysosome proteostasis activity.
包含RNA-seq转录组、溶酶体形态与功能分析、STAT3抑制剂和Igf1r敲除小鼠、V-ATPase抑制剂处理、蛋白质组学、体外类器官等多层级实验验证。
小鼠子宫腔上皮细胞 小鼠妊娠模型 小鼠假孕模型 子宫上皮类器官 Igf1r条件敲除小鼠
D4 10:00和17:00时间点的腔上皮LCM分离 胎仔数与假孕对照 STAT3抑制剂HO-3867处理 Igf1r条件敲除 Baf A1剂量2.5 μg/kg子宫脂肪垫注射
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
比较具有或不具有胚泡的子宫腔上皮在D4 10:00和17:00的基因表达差异,以评估胚泡对腔上皮分化的影响。
通过LCM从孕鼠和假孕鼠D4 10:00和17:00的子宫收集腔上皮,提取RNA并进行RNA-seq。
确认RNA-seq结果并验证胚泡对溶酶体相关基因表达的影响。
通过原位杂交和qPCR验证选定基因(Areg、Ihh、Lifr、Msx1、Pgr、Gata2)以及溶酶体相关基因(Atp6v0a4、Lgmn、Ctsb)的表达。
评估胚泡是否诱导腔上皮溶酶体数量、酸化和酶活性的变化。
使用透射电子显微镜观察溶酶体数量;使用LysoSensor Green DND-189染色检测酸化;通过Western blot检测LAMP1、CTSB和LGMN蛋白水平。
确定STAT3是否在腔上皮中调控溶酶体水解酶的表达。
使用STAT3抑制剂HO-3867处理孕鼠,通过ISH、qPCR和Western blot检测Atp6v0a4、Lgmn、Ctsb的表达和蛋白水平。
验证胚泡产生的IGF2是否通过IGF1R-STAT3信号通路诱导溶酶体水解酶表达。
在假孕小鼠子宫内转移IGF2包被的珠子,检测STAT3磷酸化和溶酶体基因表达;使用Igf1r条件敲除小鼠验证IGF1R的必要性;在类器官中用重组IGF2处理。
评估溶酶体功能的必要性,特别是通过V-ATPase抑制剂Baf A1抑制酸化对着床的影响。
通过子宫脂肪垫注射Baf A1 (2.5 μg/kg),检测子宫酸化和着床位点,并分析接受态标志基因表达。
确定溶酶体降解哪些关键蛋白以促进上皮分化。
通过裂解液分离溶酶体并进行蛋白质组学,结合全上皮蛋白质组数据,分析差异蛋白;通过免疫荧光和Western blot验证CLDN1和MUC1的降解。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 激光捕获显微切割 | Leica LMD7 | Leica Microsystems | -- |
| RNA提取 | RNeasy Micro试剂盒 | Qiagen | 74004 |
| 细胞分离 | 胰蛋白酶 | Sigma | T8003 |
| 杜氏磷酸盐缓冲液 | Sigma | D8537 | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596018 |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| RT-qPCR | SYBR Green | Takara | RR820B |
| PrimeScript RT试剂盒 | Takara | RRO36A | |
| 免疫染色 | 抗PTGS2抗体 | Cell Signaling Technology | 12282 |
| 抗p-STAT3抗体 | Cell Signaling Technology | 9145 | |
| 抗MUC1抗体 | Abcam | Ab15481 | |
| DAPI | Beyotime | C1002 | |
| HRP标记二抗 | NeoBioscience | ANR02-2 | |
| DAB溶液 | Zsgb-bio | ZLI-9018 | |
| Mayer苏木素 | Absin | abs9214 | |
| 免疫荧光 | 抗LAMP1抗体 | Abcam | Ab25245 |
| 抗CLDN1抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-81796 | |
| Cy2标记山羊抗兔IgG | Jackson ImmunoResearch | 111-225-144 | |
| Cy3标记驴抗大鼠IgG | Jackson ImmunoResearch | 712-165-153 | |
| 原位杂交 | BCIP/NBT | Beyotime Biotechnology | C3206 |
| 核固红溶液 | Solarbio | G1321 | |
| Western blot | 抗CTSB抗体 | ABclonal | A0967 |
| 抗LGMN抗体 | ABclonal | A6829 | |
| 抗ACTB抗体 | ABclonal | AC006 | |
| 透射电镜 | 超薄切片机 | Leica EMUC7 | -- |
| 透射电子显微镜 | JEM-2100HC | -- | |
| 溶酶体检测 | LysoSensor Green DND-189 | YEASEN | 40767ES50 |
| 细胞培养 | DMEM-F12培养基 | Gibco | 11039-021 |
| 药物处理 | 巴弗洛霉素A1 | MedChemExpress | HY-100558 |
| 延迟着床模型 | 孕酮 | Sigma | -- |
| 17β-雌二醇 | -- | -- | |
| 珠子转移 | Affi-Gel Blue Gel | Bio-Rad | 153-7302 |
| IGF2重组蛋白 | R&D systems | 792 | |
| 牛血清白蛋白 | Sigma | V900933 | |
| 溶酶体分离 | 溶酶体分离试剂盒 | Sigma-Aldrich | LYSISO1 |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Sigma-Aldrich | P8304 | |
| OptiPrep | Sigma-Aldrich | O4889 | |
| 蔗糖 | Sigma-Aldrich | S4189 | |
| 类器官培养 | 分散酶 | Gibco | 17105 |
| Matrigel | BD Bioscience | 354234 | |
| 统计分析 | Prism 7 | GraphPad Software | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 样本收集 | 腔上皮分离方法(LCM或酶消化),时间点(D4 10:00/17:00),小鼠品系和数量 阅读提示:Methods: Laser capture microdissection, Isolation of mouse uterine epithelial cells |
| 基因表达分析 | qPCR引物序列,内参基因(Gapdh),ISH探针序列 阅读提示:Methods: qPCR analysis, In situ hybridization, 补充表格S1和S2 |
| 溶酶体检测 | LysoSensor Green DND-189浓度(1 µM),孵育时间,TEM样品制备条件 阅读提示:Methods: LysoSensor Green DND-189 staining, Transmission electron microscopy |
| STAT3抑制 | STAT3抑制剂HO-3867的剂量、给药途径和时间 阅读提示:Results: STAT3 regulated the lysosomal hydrolase expression in uterine lumenal epithelia, Figure 3 |
| IGF2处理 | IGF2重组蛋白浓度(100 ng/µl),珠子规格(Affi-Gel Blue Gel),转移时间 阅读提示:Methods: Beads transfer into the pseudopregnant mice |
| Igf1r敲除模型 | 小鼠品系(Igf1rf/f与PRCre/+杂交),确认敲除效率 阅读提示:Methods: Mice |
| Baf A1处理 | Baf A1剂量(2.5 μg/kg),给药途径(子宫脂肪垫注射),时间点(D3 18:00) 阅读提示:Methods: Uterine fat pad injection |
| 着床检测 | 芝加哥蓝染色方法,着床位点计数时间(D5) 阅读提示:Methods: Pregnancy and pseudopregnancy |
| 蛋白质组学 | 溶酶体分离纯度,LC-MS/MS参数 阅读提示:Methods: Lysosomal fractionation, Qualitative and quantitative proteomics |
| 类器官培养 | Matrigel浓度(70%),激素处理剂量(E2 1 nM, P4 50 ng/ml),IGF2浓度(100 ng/ml) 阅读提示:Methods: Organoid cultures |