生物信息学分析与靶点验证
识别TNBC中铁死亡相关关键基因,并验证SLC7A5的表达与预后相关性。
整合GEO和TCGA数据,分析差异表达基因,进行GO/KEGG富集和Lasso回归,筛选出SLC7A5;通过IHC和scRNA-seq验证其表达;在TNBC细胞中通过JPH203抑制SLC7A5,检测对细胞增殖、迁移及铁死亡标志物的影响。
In situ delivery of JPH203 via camptothecin-peptide conjugate nanoassemblies to trigger ferroptosis in triple-negative breast cancer
包含体外细胞实验(细胞活力、铁死亡指标)、体内正位4T1模型疗效与生物分布、免疫学检测(DC成熟、T细胞)、以及机制验证(信号通路和铁死亡抑制)多个层级。
4T1小鼠三阴性乳腺癌细胞 MDA-MB-231和MDA-MB-468人三阴性乳腺癌细胞系 正位4T1乳腺癌小鼠模型 骨髓来源树突状细胞(BMDC)
CPCs-JPH纳米组装体的制备与表征,包括粒径、Zeta电位、载药量等 凝胶酶响应性药物释放行为 铁死亡相关蛋白(GPX4、P-gp、mTOR)的表达变化 体内抗肿瘤疗效:肿瘤生长抑制率(81.2%)及对Fer-1的敏感性 免疫效应:肿瘤浸润DC和CD8+ T细胞的比例
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别TNBC中铁死亡相关关键基因,并验证SLC7A5的表达与预后相关性。
整合GEO和TCGA数据,分析差异表达基因,进行GO/KEGG富集和Lasso回归,筛选出SLC7A5;通过IHC和scRNA-seq验证其表达;在TNBC细胞中通过JPH203抑制SLC7A5,检测对细胞增殖、迁移及铁死亡标志物的影响。
合成并表征具有TME响应性的CPC纳米载体,验证其自组装、酶响应解离及药物装载能力。
通过固相肽合成制备CPCs,用薄膜水化法负载JPH203,表征CAC、粒径、Zeta电位、TEM形貌、药物释放和细胞摄取。
验证CPCs-JPH通过SLC7A5抑制诱导铁死亡,并探究其分子机制。
检测CPCs-JPH处理后细胞的活力、leucine水平、mTORC1信号、GSH/GPX4水平、铁含量、脂质过氧化和线粒体功能。
评估CPCs-JPH在正位4T1模型中的肿瘤靶向性和生物安全性。
尾静脉注射Cy5.5标记的CPCs-JPH,进行NIRF成像观察生物分布,分析肿瘤累积和器官分布;检测肝肾功能和组织病理。
评估CPCs-JPH在正位4T1模型中的抗肿瘤疗效及其与铁死亡和免疫激活的相关性。
每两天静脉注射给药三次,监测肿瘤生长和生存期;分析肿瘤组织H&E、IHC(Ki-67, SLC7A5, GPX4);检测肿瘤内DC和CD8+ T细胞浸润。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 合成与纯化 | Fmoc氨基酸 | GL Biochem Co. | -- |
| 2-氯三苯甲基氯树脂 | Chuangsai Technology Co. | -- | |
| HBTU | Aladdin Technology Co. | -- | |
| 三异丙基硅烷 | Aladdin Technology Co. | -- | |
| 二甲基亚砜 | Sigma-Aldrich Co | -- | |
| 药物与抑制剂 | JPH203 | -- | -- |
| Fer-1 | MCE | -- | |
| 去铁胺 | MCE | -- | |
| 抗体(Western blot/IF/IHC) | 抗SLC7A5抗体 | Affinity Bio Reagents | DF8065 |
| 抗SLC3A2抗体 | Affinity Bio Reagents | DF7468 | |
| 抗SLC7A11抗体 | Affinity Bio Reagents | DF12509 | |
| 抗mTOR抗体 | Affinity Bio Reagents | AF6308 | |
| 抗p-mTOR抗体 | Affinity Bio Reagents | AF3308 | |
| 抗FPN1抗体 | Proteintech | 26601-1-AP | |
| 抗FTH1抗体 | Proteintech | 11682-1-AP | |
| 抗GPX4抗体 | Proteintech | 67763-1-Ig | |
| 抗P-gp抗体 | Affinity Bio Reagents | AF5185 | |
| 抗Ki-67抗体 | Proteintech | 27309-1-AP | |
| 抗CRT抗体 | Affinity Bio Reagents | DF3139 | |
| 抗HMGB1抗体 | Affinity Bio Reagents | AF7020 | |
| 抗CD8α抗体 | Invitrogen | MA5-29682 | |
| 流式抗体 | PerCP/Cy5.5抗小鼠CD45抗体 | Elabscience | E-ABF1136J |
| FITC抗小鼠CD11c抗体 | Elabscience | E-AB-F0991C | |
| PE抗小鼠CD80抗体 | Elabscience | E-AB-F0992D | |
| Cyanine7抗小鼠CD86抗体 | Elabscience | E-AB-F0994H | |
| FITC抗小鼠CD3抗体 | BD Bioscience | 555274 | |
| APC抗小鼠CD4抗体 | BD Bioscience | 553051 | |
| PE抗小鼠CD8a抗体 | BD Bioscience | 553033 | |
| 纳米制备 | 六氟异丙醇 | Sigma | -- |
| 表征 | 尼罗红 | -- | -- |
| Perkin Elmer LS-55荧光分光光度计 | Perkin Elmer | -- | |
| Talos F200C透射电子显微镜 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 细胞实验 | CCK-8试剂盒 | -- | -- |
| 免疫荧光 | Hoechst 33342 | -- | -- |
| JC-1 | JC-1染料 | -- | -- |
| ROS检测 | DCFH-DA探针 | -- | -- |
| 线粒体检测 | MitoSOX Red | -- | -- |
| 脂质过氧化检测 | C11-BODIPY探针 | -- | -- |
| 铁检测 | FerroOrange探针 | -- | -- |
| 成像系统 | IVIS Spectrum成像系统 | PerkinElmer | -- |
| Nikon AX共聚焦激光显微镜 | Nikon | -- | |
| 动物实验 | BALB/c小鼠 | Baishitong (Guangdong) Biotechnology Co. | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞实验 | 细胞来源和培养条件;CPCs-JPH浓度;处理时间;对照设置 阅读提示:Materials and methods: Cell culture; Cell viability assays |
| 纳米组装体制备 | CPCs和JPH203的比例;溶剂体系;水合和透析条件;存储条件 阅读提示:Materials and methods: Preparation of CPCs-JPH |
| 体外铁死亡机制 | 检测指标和方法(如GSH、MDA、ROS),抑制剂浓度(Fer-1, DFO) 阅读提示:Results and discussion: CPCs-JPH triggers ferroptosis; Figure 3 |
| 体内疗效评估 | 动物品系、性别、周龄;细胞植入数量与体积;给药方案(剂量和频率);肿瘤测量方法 阅读提示:Materials and methods: In vivo therapeutic efficacy; Figure 6 |
| 免疫分析 | 流式抗体克隆和稀释度;组织消化和单细胞制备方法;门控策略 阅读提示:Materials and methods: Statistical analysis; Figure 7 |