Cath-Ka的鉴定与结构分析
确定Cath-Ka的序列、结构及其在蛙皮肤分泌物中的存在。
通过转录组测序获得Cath-Ka基因序列,LC-MS/MS分析皮肤分泌物,CD光谱分析二级结构。
Cathelicidin-Ka, the first frog-derived TLR2 and TLR4 agonist, induces macrophage activation and promotes inflammation.
包含体外细胞实验(RAW264.7细胞)、体内小鼠实验(腹腔注射)、SPRi结合实验、突变体功能验证及信号通路抑制实验,涵盖功能验证和机制验证。
RAW264.7细胞(小鼠巨噬细胞系) 小鼠骨髓中性粒细胞 Balb/c小鼠(腹腔注射模型) 花狭口蛙(K. pulchra)皮肤分泌物
Cath-Ka浓度(1.25-20 µM)及其处理时间(0.5-24小时) 腹腔注射剂量(5 mg/kg)及检测时间(2、4小时) 抑制剂浓度:C29(TLR2)、TAK-242(TLR4)等预处理30分钟 E. coli感染复数(MOI=10)及吞噬/杀伤检测时间(1小时、2小时) Cath-Ka突变体(Cath-Ka-1至-5)的合成与功能比较
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定Cath-Ka的序列、结构及其在蛙皮肤分泌物中的存在。
通过转录组测序获得Cath-Ka基因序列,LC-MS/MS分析皮肤分泌物,CD光谱分析二级结构。
评估Cath-Ka对RAW264.7细胞增殖、细胞因子产生、极化、吞噬和杀菌功能的影响。
处理RAW264.7细胞,检测细胞活力、细胞因子分泌、表面标志物、ROS、吞噬和胞内杀伤。
评估Cath-Ka腹腔注射对小鼠腹膜细胞趋化和吞噬功能的影响。
腹腔注射Cath-Ka,收集腹膜液和外周血,检测细胞数量、细胞因子、吞噬和杀菌能力。
验证Cath-Ka与TLR2和TLR4的直接结合。
使用SPRi、pull-down、CETSA和竞争实验检测结合。
确认Cath-Ka对TLR2/4-MyD88-MAPKs通路的激活。
Western blot检测TLR2、TLR4、MyD88和MAPKs磷酸化水平,并使用抑制剂抑制验证。
确定Cath-Ka中关键残基对功能的影响。
通过分子对接预测结合位点,合成突变体并比较其活性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 肽合成 | Cathelicidin-Ka | GL Biochem Ltd | -- |
| Western blot | 抗TLR2抗体 | Cell Signaling Technology | 13744 |
| 抗TLR4抗体 | Cell Signaling Technology | 14358 | |
| 抗MyD88抗体 | Cell Signaling Technology | 4283 | |
| 抗磷酸化ERK抗体 | Cell Signaling Technology | 4370 | |
| 抗ERK抗体 | Cell Signaling Technology | 4695 | |
| ELISA | 小鼠IL-1β ELISA试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 88-7013 |
| 小鼠IL-6 ELISA试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 88-7064-88 | |
| 小鼠TNF-α ELISA试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 88-7324-88 | |
| 小鼠CXCL2 ELISA试剂盒 | MultiSciences | EK2142/2−01 | |
| 流式细胞术 | APC标记抗小鼠CD86抗体 | BD Bioscience | 561964 |
| APC标记抗小鼠CD45抗体 | BD Bioscience | 561018 | |
| PE-Cy7标记抗小鼠Ly6G抗体 | BD Bioscience | 560601 | |
| PE标记抗小鼠MHC-II抗体 | MultiSciences | F21IIAE02 | |
| FITC标记抗小鼠CD80抗体 | MultiSciences | F2108001 | |
| AF488标记抗小鼠Ly6C抗体 | Elabscience | E-AB-F1121UL | |
| PE标记抗小鼠CD11b抗体 | Biolegend | 101207 | |
| APC标记抗小鼠CD206抗体 | Biolegend | 141707 | |
| PerCP/Cyanine5.5标记抗小鼠F4/80抗体 | Biolegend | 123128 | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素 | -- | -- | |
| 链霉素 | -- | -- | |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| PrimeScript™ RT试剂盒(含gDNA Eraser) | Takara | -- | |
| SYBR Green PCR试剂盒 | Takara | -- | |
| NO检测 | NO检测试剂盒 | Beyotime Biotech | -- |
| 蛋白质提取 | 蛋白提取试剂盒 | KeyGEN | -- |
| Pull-down | EZ-Link脱硫生物素化及Pull-down试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| SPRi | PlexArray HT A100系统 | Plexera LLC | -- |
| 重组人TLR2蛋白 | Abcam | ab222352 | |
| 重组人TLR4蛋白 | Abcam | ab233665 | |
| 重组人MD2蛋白 | Abcam | ab238343 | |
| 流式细胞术 | FACSCanto流式细胞仪 | BD Biosciences | -- |
| CD分析 | Jasco-810圆二色谱仪 | Jasco | -- |
| 细胞迁移实验 | Trans-well小室(8.0 μm孔径) | Corning Inc | -- |
| 细胞观察 | 光学显微镜 | Nikon | -- |
| 微孔板读数 | Infinite M1000 Pro酶标仪 | Tecan Company | -- |
| 化学抑制 | C29 | MedChem Express | HY-100461 |
| CU-CPT 4a | MedChem Express | HY-108473 | |
| TAK-242 | MedChem Express | HY-11109 | |
| TH1020 | MedChem Express | HY-116961 | |
| 羟氯喹 | MedChem Express | HY-W031727 | |
| Enpatoran | MedChem Express | HY-134581 | |
| U0126 | MedChem Express | HY-12031A | |
| SB203580 | MedChem Express | HY-10256 | |
| SP600125 | MedChem Express | HY-12041 | |
| 细菌培养 | 大肠杆菌ATCC 25922 | ATCC | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 肽合成与处理 | Cath-Ka的合成纯度、Cath-Ka-1的制备(DTT处理) 阅读提示:见Materials and methods:Reagents and cell lines |
| 细胞培养 | RAW264.7细胞的来源和培养条件(DMEM、10% FBS、37°C、5% CO2) 阅读提示:见Materials and methods:Reagents and cell lines |
| 体外巨噬细胞处理 | Cath-Ka浓度(1.25-20 µM)和处理时间(2-24小时) 阅读提示:见Results:Cath-Ka promotes macrophage activation and M1 polarization |
| 体内小鼠实验 | Cath-Ka剂量5 mg/kg、腹腔注射、采样时间2和4小时、小鼠品系和体重 阅读提示:见Materials and methods:In vivo peritoneal cavity cell activation |
| 信号通路检测 | Cath-Ka处理时间(0.5-6小时)、浓度(2.5-20 µM)、抑制剂预处理浓度和时间 阅读提示:见Materials and methods:Determination of TLR2/4-MyD88-MAPKs pathways activation |