鉴定功能SNP并验证其调控KSR2表达
验证rs12822146是否通过等位基因特异性增强子调控KSR2表达。
双荧光素酶报告基因实验评估等位基因活性;ChIP检测增强子标记和XBP1s结合;EMSA验证等位基因特异性结合;CRISPR-Cas9删除或碱基编辑改变rs12822146位点,检测KSR2表达。
Endothelial KSR2 regulated by genetic variation protects against atherosclerosis through AMPKα1 stabilization.
包含基因编辑细胞模型、多种小鼠模型(自由采食、配对喂养、内皮过表达)、体内外功能验证及机制研究(Co-IP、泛素化)等。
人脐静脉内皮细胞(HUVECs) 小鼠主动脉内皮细胞(MAECs) KSR2基因敲除小鼠(KSR2-/-) Apoe-/-小鼠及内皮特异性KSR2过表达小鼠(AAV9-ICAM2-KSR2)
rs12822146位点基因型(CC vs TT)对内皮KSR2表达的影响 XBP1s在rs12822146位点的等位基因特异性结合 KSR2与AMPKα1的K52位点竞争性结合 CRL4ACRBN E3泛素连接酶复合物介导的AMPKα1 K48泛素化 AAV9介导的内皮特异性基因操作剂量(5×10^11 vg/只)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证rs12822146是否通过等位基因特异性增强子调控KSR2表达。
双荧光素酶报告基因实验评估等位基因活性;ChIP检测增强子标记和XBP1s结合;EMSA验证等位基因特异性结合;CRISPR-Cas9删除或碱基编辑改变rs12822146位点,检测KSR2表达。
评估KSR2在人类和小鼠动脉粥样硬化斑块中的表达变化。
对人冠状动脉样本和小鼠主动脉进行免疫组化、免疫荧光、Western blot和RT-qPCR分析,检测KSR2表达。
确定KSR2缺失或过表达对动脉粥样硬化斑块形成的影响。
使用KSR2-/-小鼠(自由采食)、Apoe-/-KSR2-/-小鼠(配对喂养)、AAV9-ICAM2-KSR2小鼠(内皮过表达),通过油红O染色、H&E、Masson等评估斑块面积和成分。
检测KSR2对内皮细胞炎症和凋亡的作用。
通过免疫组化检测斑块炎症因子,TUNEL染色检测内皮凋亡,Western blot检测凋亡相关蛋白;体外使用siRNA敲低或过表达KSR2,检测炎症因子、THP-1粘附、TUNEL和蛋白表达。
确定KSR2是否通过调节糖酵解影响内皮细胞功能。
使用Seahorse XF96测量ECAR,检测乳酸、ATP/ADP比值,RT-qPCR和荧光染色检测糖酵解基因表达。
揭示KSR2如何调节AMPKα1蛋白稳定性从而激活AMPK信号。
通过Western blot、CHX追踪、MG132处理、Co-IP和泛素化实验,验证KSR2抑制AMPKα1的K48泛素化降解;通过截短体和点突变确定结合位点;验证CRBN的作用。
验证内皮CRBN敲低或AMPK激活对动脉粥样硬化的影响及KSR2的依赖性。
通过AAV9-shCRBN敲低内皮CRBN,AAV9-AMPKα1激活内皮AMPK,评估斑块面积和炎症、凋亡标志物。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 内皮细胞培养基 | Sciencell | -- |
| DMEM培养基 | Gibco | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | 11668019 |
| Lipofectamine RNAiMAX转染试剂 | Invitrogen | -- | |
| 荧光素酶实验 | 双荧光素酶报告基因检测试剂盒 | MeilunBio | MA0518 |
| 染色质免疫沉淀 | SimpleChIP®酶法染色质IP试剂盒 | Cell Signaling Technology | 9005 |
| 电泳迁移率变动分析 | 生物素标记试剂盒 | Beyotime | GS008 |
| 化学发光EMSA试剂盒 | Beyotime | GS009 | |
| 斑块分析 | 油红O | Sigma-Aldrich | O1516 |
| 组织染色 | Masson三色染色试剂盒 | Solarbio | G1340 |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解液 | Solarbio | R0010 |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | CWBIO | CW2200 | |
| 磷酸酶抑制剂混合物 | CWBIO | CW2383 | |
| 蛋白质定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0012 |
| 蛋白质印迹 | PVDF膜 | Millipore | -- |
| ECL底物 | Millipore | WBULS0500 | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596018 |
| RT-qPCR | HiScript III逆转录预混液 | Vazyme | R323-01 |
| ChamQ通用型SYBR qPCR预混液 | Vazyme | Q711 | |
| LightCycler 96实时荧光定量PCR仪 | Roche | -- | |
| 免疫共沉淀 | Protein A/G磁珠 | MedChemExpress | HY-K0202 |
| 代谢测量 | Seahorse XF96细胞代谢分析仪 | Agilent Technologies | -- |
| 乳酸检测试剂盒 | Solarbio | BC2230 | |
| ATP/ADP比值检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-F004 | |
| 动物实验 | AAV9-ICAM2-KSR2 | BioSune Biotechnology | -- |
| AAV9-ICAM2-AMPKα1 | BioSune Biotechnology | -- | |
| AAV9-ICAM2-shCRBN | BioSune Biotechnology | -- | |
| 化合物处理 | 牛磺熊去氧胆酸 | -- | -- |
| 抑制剂处理 | MG132蛋白酶体抑制剂 | -- | -- |
| TD165 | -- | -- | |
| 来那度胺 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | HUVECs和HEK293T细胞系来源(ATCC),培养基类型及添加物(ECM、DMEM、FBS浓度、生长因子) 阅读提示:Methods - Cell Culture |
| SNP功能验证 | rs12822146位点基因型(CC vs TT)、XBP1s结合、增强子活性 阅读提示:Results Figure 1 及 Methods - Luciferase Assay、ChIP、EMSA |
| 基因编辑 | CRISPR-Cas9删除区域及sgRNA序列、碱基编辑的sgRNA和供体模板 阅读提示:Methods - CRISPR-Cas9 Genome Editing |
| 动物实验 | 小鼠品系、基因型、性别(雄性)、饮食方案(高脂饲料成分)、病毒注射剂量(5×10^11 vg/只) 阅读提示:Methods - Animal Studies |
| 动脉粥样硬化分析 | 油红O染色方法、主动脉根部切片厚度(6-7 µm)、免疫荧光抗体及浓度 阅读提示:Methods - Atherosclerotic Plaque Analysis |
| 体外机制验证 | oxLDL浓度(100 μg/mL)、处理时间、siRNA序列、CHX浓度(50 μg/mL)、MG132浓度(10 μM) 阅读提示:Methods - Transfection and Infection 及相应图注 |
| 代谢测量 | Seahorse XF96细胞数量、葡萄糖/寡霉素/2-DG浓度 阅读提示:Methods - Metabolic Measurements |