生物信息学分析
评估HIF1A在EC中的表达及其与预后的关联,并鉴定相关的代谢通路。
利用TCGA EC队列进行ssGSEA评分、差异表达分析、LASSO回归、Kaplan-Meier生存分析;分析EC单细胞数据(GEO)中的细胞异质性和HIF1A表达。
Lactate transmission from hypoxic tumor cells promotes macrophage senescence and M2 polarization via the DNMT1-NHE7 axis to accelerate endometrial cancer progression.
包含体外细胞实验、多组学分析(TCGA、scRNA-seq、RNA-seq)、功能验证(siRNA/shRNA)和体内异种移植模型。
子宫内膜癌细胞系Ishikawa和HEC-1-A THP-1来源的M0巨噬细胞 BALB/c裸鼠皮下异种移植瘤模型 临床子宫内膜癌组织样本(N=20)及TCGA/GEO数据库队列
细胞系Ishikawa和HEC-1-A在1% O2缺氧条件下培养24小时,常氧为对照。 THP-1单核细胞用100 ng/mL PMA诱导24小时分化为M0巨噬细胞。 HIF1A、MCT3、MCT1、DNMT1的敲低效率通过WB验证。 乳酸处理浓度为10 mM,pH 6.8,处理24小时,使用pH匹配的PBS作为对照。 异种移植模型为Ishikawa细胞和巨噬细胞共注射,小鼠随机分组,每组6只。
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估HIF1A在EC中的表达及其与预后的关联,并鉴定相关的代谢通路。
利用TCGA EC队列进行ssGSEA评分、差异表达分析、LASSO回归、Kaplan-Meier生存分析;分析EC单细胞数据(GEO)中的细胞异质性和HIF1A表达。
验证缺氧对EC细胞增殖、迁移、侵袭及乳酸代谢的影响,并确认HIF1A的介导作用。
将Ishikawa和HEC-1-A细胞置于缺氧条件或常氧条件,进行MTT、Transwell、WB、乳酸检测;敲低HIF1A后观察功能变化。
验证缺氧EC细胞上清液对巨噬细胞M2极化及后续促肿瘤功能的影响。
用缺氧EC细胞SN处理THP-1来源的巨噬细胞,然后通过流式、WB检测M2极化标志物;收集巨噬细胞条件培养基处理EC细胞,检测其增殖、迁移和侵袭。
揭示缺氧EC诱导的巨噬细胞基因表达变化,并阐明乳酸-DNMT1-NHE7-MAPK通路。
对缺氧EC SN处理的巨噬细胞进行RNA-seq,分析差异基因及通路;通过WB、RT-qPCR、ChIP、MeDIP检测相关基因表达和表观遗传修饰;通过DNMT1敲低、NHE7过表达/敲低、MAPK抑制剂/激活剂实验验证信号通路。
验证乳酸和NHE7在体内对肿瘤生长的影响。
将Ishikawa细胞与稳定过表达NHE7或对照的巨噬细胞共注射至裸鼠皮下,建立肿瘤模型,并进行乳酸处理;监测肿瘤体积、重量,并通过TUNEL、IHC、IF检测凋亡、增殖、M2极化和衰老标志物。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | McCoy‘s 5A培养基 | Thermo Fisher | 16600082 |
| MEM培养基 | BDBIO | C11095500BT | |
| 胎牛血清 | SERANA | s-FBS-x-015 | |
| 青霉素/链霉素 | Gibco | 15140-122 | |
| RPMI-1640培养基 | BDBIO | L103-500 | |
| β-巯基乙醇 | MedChemExpress | HY-Y1311 | |
| 细胞分化 | 佛波醇12-肉豆蔻酸酯13-乙酸酯 | Solarbio | 16561-29-8 |
| 药物处理 | 草氨酸 | MedChemExpress | HY-W013032A |
| U0126 | MedChemExpress | HY-12031A | |
| 5-氮杂-2‘-脱氧胞苷 | Selleckchem | S1200 | |
| C16-PAF | MedChemExpress | HY-108635 | |
| L-乳酸钠 | Selleckchem | S6010 | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 2000 | Invitrogen | 11668-019 |
| 细胞培养 | 嘌呤霉素 | Yuanye | S17055 |
| Western blot | RIPA裂解液 | Thermo Fisher | 87787 |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Solarbio | PC0020 | |
| PVDF膜 | Thermo Fisher | 88585 | |
| 牛血清白蛋白 | Solarbio | A8020 | |
| ECL底物试剂盒 | Bio-Rad | 1705060 | |
| RT-qPCR | Trizol试剂 | Ambion | 15596018 |
| 异丙醇 | Acros Organics | 327270010 | |
| DEPC处理水 | BioSharp | BL510B | |
| RevertAid第一链cDNA合成试剂盒 | Thermo Fisher | K1622 | |
| SYBR Green Pro Taq HS预混qPCR试剂盒 | Accurate | AG11718 | |
| 细胞迁移和侵袭 | Transwell小室 | COSTAR | 3422 |
| 结晶紫 | Aladdin | C110703 | |
| Matrigel基质胶 | Corning | 356234 | |
| 乳酸检测 | 乳酸ELISA试剂盒 | Solarbio | BC2230 |
| ELISA | IL-10 ELISA试剂盒 | MEIMIAN | MM-006H1 |
| TGF-β ELISA试剂盒 | MEIMIAN | MM-1774H1 | |
| β-半乳糖苷酶染色 | X-gal | Beyotime | C0602 |
| TUNEL染色 | 蛋白酶K | Servicebio | G1205 |
| TUNEL反应液 | Servicebio | G1501 | |
| DAPI | Servicebio | G1012 | |
| IHC染色 | 苏木素 | Servicebio | G1004 |
| CHIP | DNA纯化试剂盒 | Promega | AS1450 |
| EpiQuik甲基化DNA免疫沉淀试剂盒 | Epigentek | p-1015 | |
| DNA甲基化检测 | Methylamp甲基化DNA捕获试剂盒 | Epigentek | p-1025 |
| EpiQuik定量PCR快速试剂盒 | Epigentek | p-1029 | |
| 免疫荧光 | Triton X-100 | Beyotime | P0096 |
| 三色多重免疫荧光试剂盒 | Shanghai Recordbio | RC0086-23RM | |
| 流式细胞术 | BCECF-AM | -- | -- |
| 细胞培养 | Lenti-NHE7慢病毒载体 | Youbio | -- |
| Lenti-HIF1A慢病毒载体 | Youbio | -- | |
| pCDH载体 | Youbio | VT1480 | |
| siR-NC | Tsingke Biotechnology | -- | |
| siR-HIF1A-2 | Tsingke Biotechnology | -- | |
| siR-MCT1-2 | Tsingke Biotechnology | -- | |
| siR-MCT3-1 | Tsingke Biotechnology | -- | |
| siR-DNMT1-1 | Tsingke Biotechnology | -- | |
| shR-NHE7 | Tsingke Biotechnology | -- | |
| Western blot | HIF1A抗体 | proteintech | 20960-1-AP |
| LDHA抗体 | proteintech | 21799-1-AP | |
| ENO2抗体 | proteintech | 66150-1-Ig | |
| MCT3抗体 | NOVUS | NBP1-59885 | |
| HK2抗体 | proteintech | 22029-1-AP | |
| PGK1抗体 | proteintech | 68035-1-Ig | |
| β-actin抗体 | CST | 4970T | |
| ChIP | H3K18la抗体 | PTM BIO | PTM-1427RM |
| Western blot | H3抗体 | CST | 14269S |
| SLC9A7抗体 | Thermo | PA5-106748 | |
| IHC | SLC9A7抗体 | Elabscience | E-AB-12875 |
| Western blot | Flag抗体 | CST | 14793S |
| p53抗体 | proteintech | 21891-1-AP | |
| p21抗体 | abcam | ab109520 | |
| p16抗体 | Santa Cruz | sc-1661 | |
| p-ERK抗体 | CST | 4370s | |
| ERK抗体 | CST | 4695s | |
| p-MEK抗体 | CST | 9154T | |
| MEK抗体 | proteintech | 11049-1-AP | |
| DNMT1抗体 | CST | 5032T | |
| 免疫荧光 | CD68抗体 | proteintech | 25747-1-AP |
| CD206抗体 | proteintech | 18704-1-AP | |
| IHC | Ki67抗体 | Abclonal | A20018 |
| Western blot | 抗兔IgG,HRP偶联抗体 | CST | 7074P2 |
| 抗小鼠IgG,HRP偶联抗体 | CST | 7076P2 | |
| IHC | 抗兔IgG抗体 | Servicebio | G1213 |
| 流式细胞术 | CD163抗体(APC偶联) | Invitrogen | 17-1639-42 |
| CD68抗体 | Invitrogen | 12-0689-42 | |
| MTT | MTT溶液 | Sigma | M2128 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系(Ishikawa、HEC-1-A、THP-1)的来源和培养条件;缺氧处理浓度和时间(1% O2,24h);PMA分化浓度和时间(100 ng/mL,24h)。 阅读提示:Methods - Cell lines and cell culture; Methods - Cell treatment and regents |
| 细胞转染 | 转染试剂(Lipofectamine 2000)用量和转染时间;siRNA/shRNA序列及敲低效率验证;稳定转染的筛选浓度(嘌呤霉素1 μg/mL)。 阅读提示:Methods - Cell transfection; Table 3 |
| 细胞功能实验 | MTT细胞接种密度(3×10^3/孔)、处理时间;Transwell细胞数(HEC-1-A 1×10^5,Ishikawa 8×10^4);Matrigel包被条件(100 μL,30 min)。 阅读提示:Methods - MTT assay; Methods - Cell migration and invasion |
| 巨噬细胞极化实验 | 缺氧EC SN处理巨噬细胞的时间(24h);CD163抗体用量(5 μL/test);BCECF-AM探针浓度和处理时间(文中未明确说明)。 阅读提示:Methods - Cell treatment and regents; Methods - Flow cytometry assay |
| 表观遗传机制实验 | 乳酸处理浓度和时间(10 mM,24h);5-aza浓度(1 μM);ChIP抗体(H3K18la, DNMT1)及用量;NHE7启动子甲基化检测方法。 阅读提示:Methods - ChIP assay; Methods - Detection of DNA methylation |
| 体内异种移植实验 | 小鼠品系和数量(BALB/c裸鼠,每组6只);细胞注射量(Ishikawa 4×10^6 + 巨噬细胞4×10^6);乳酸给药剂量(20 mM,50 μL,每周两次);肿瘤体积监测和终点标准。 阅读提示:Methods - In vivo tumor xenograft study |