验证ARMH4随年龄下调
验证ARMH4表达水平与衰老的相关性
分析人类蛋白质组学数据、GTEx数据库,并在小鼠中进行western blot检测不同组织中ARMH4表达
ARMH4 accelerates aging by maintaining a positive-feedback growth signaling circuit.
实验涵盖全身敲除小鼠的存活率和器官病理分析、多器官组织学检测、细胞衰老模型(AC16、HUVEC、MEF)及功能验证,并通过western blot、co-IP、RNA-seq等机制验证,证据层级丰富。
C57BL/6J小鼠(Armh4全敲除模型) AC16人心肌细胞系 HUVEC人脐静脉内皮细胞 小鼠胚胎成纤维细胞(MEF)
Armh4基因敲除策略:CRISPR-cas9删除外显子2 实验分组:WT vs Armh4-KO,年轻(2月龄)与老年(25月龄) 样本量:存活分析中每组约9-12只小鼠 H2O2处理浓度400μM诱导AC16细胞衰老 D-半乳糖处理浓度10mg/mL诱导HUVEC衰老
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证ARMH4表达水平与衰老的相关性
分析人类蛋白质组学数据、GTEx数据库,并在小鼠中进行western blot检测不同组织中ARMH4表达
生成全身性Armh4基因敲除小鼠以研究其功能
使用CRISPR-cas9技术删除Armh4外显子2,并通过基因分型和qRT-PCR验证敲除效率
检测Armh4敲除对小鼠寿命、外观、运动功能、性成熟和器官衰老的影响
记录小鼠生存曲线、体重、毛发外观、运动测试、阴道涂片、器官组织学染色等
验证ARMH4在不同细胞类型中的促衰老作用
在AC16心肌细胞中通过siRNA敲低或过表达ARMH4,检测SA-β-gal活性;在HUVEC中用D-半乳糖诱导衰老进行敲低或过表达验证
探究ARMH4对细胞蛋白质稳态的调节作用
使用嘌呤霉素掺入实验检测蛋白质合成速率,通过western blot和GFP-LC3-RFP探针检测自噬水平
确定ARMH4激活的下游信号通路
Western blot检测心脏、肝脏组织及细胞中mTOR、p70S6K、Akt、ERK的磷酸化水平
证明ARMH4与IGF1R/FGFR1的物理结合
在HEK293细胞中进行co-IP和免疫荧光,使用AlphaFold3进行结构预测,构建ARMH4截短体进行co-IP分析结合区域
确定c-Myc是否介导ARMH4对IGF1R/FGFR1的转录调控
使用TF-Target Finder和JASPAR预测转录因子结合位点,通过western blot检测c-Myc表达,运用双荧光素酶报告基因检测c-Myc 5'UTR翻译活性,siRNA敲低c-Myc后检测IGF1R/FGFR1表达
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 杜尔贝科改良伊格尔培养基 | Hyclone | SH30243.01 |
| 胎牛血清 | Gibco | 10099141C | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | 15140163 | |
| 溴脱氧尿苷 | Sigma | B5002 | |
| Percoll分离液 | GE | 17-0891-09 | |
| II型胶原酶 | Sigma | 1148090 | |
| 胰酶 | Sigma | T2600000 | |
| 胰岛素-转铁蛋白-硒 | Cyagen Biosciences | -- | |
| 脂质体转染试剂 | ThermoFisher | 13778150 | |
| jetPRIME转染试剂 | polyplus | 101000046 | |
| HEK293细胞系 | CELLCOOK | cc4002 | |
| AC16细胞系 | CELLCOOK | cc4030 | |
| 人脐静脉内皮细胞 | CELLCOOK | CC4004 | |
| 药物处理 | 嘌呤霉素 | ScienCell | 0543 |
| 苦鬼臼毒素 | MedChemExpress | 15494 | |
| 阿魏酸钠 | MedChemExpress | N0060A | |
| 胰岛素样生长因子-1 | MedChemExpress | HY-P7203 | |
| 成纤维细胞生长因子-2 | MedChemExpress | HY-P7091 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| PVDF膜 | MERCK | IPVH00010 | |
| ECL化学发光检测试剂盒 | Thermo Fisher | 32109 | |
| 抗FGFR1抗体 | CST | 9740 | |
| 抗IGF1R抗体 | CST | 9750 | |
| 抗GAPDH抗体 | CST | 2118 | |
| 抗FLAG抗体 | CST | 8146 | |
| 抗HA抗体 | CST | 3724 | |
| 抗嘌呤霉素抗体 | Merck-Millipore | MABE343 | |
| 抗磷酸化mTOR抗体 | CST | 5536 | |
| 抗mTOR抗体 | CST | 2983 | |
| 抗磷酸化p70S6K抗体 | CST | 9234 | |
| 抗p70S6K抗体 | CST | 2708 | |
| 抗磷酸化Akt抗体 | CST | 4060 | |
| 抗Akt抗体 | CST | 9272 | |
| 抗磷酸化ERK抗体 | CST | 4370 | |
| 抗ERK抗体 | CST | 9102 | |
| 抗磷酸化4E-BP1抗体 | CST | 2855 | |
| 抗4E-BP1抗体 | CST | 9644 | |
| 抗p62抗体 | CST | 8025 | |
| 抗LC3B抗体 | CST | 3868 | |
| 抗c-Myc抗体 | Abcam | ab32072 | |
| 抗ARMH4抗体 | ATLAS | hpa001580 | |
| 免疫共沉淀 | 蛋白A琼脂糖珠 | Thermo Fisher | 20333 |
| 抗FLAG M2亲和凝胶 | Sigma | A2220 | |
| 免疫荧光 | Alexa Fluor 488二抗 | CST | 4408 |
| Alexa Fluor 594二抗 | CST | 8889 | |
| DAPI染色液 | Thermo | 62248 | |
| 组织学 | 小麦胚芽凝集素 | Invitrogen | W11261 |
| SA-β-gal染色试剂盒 | Vazyme | AB101-01 | |
| H&E染色试剂盒 | Servicebio | G1005 | |
| ELISA | 胰岛素ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-M1382 |
| 小鼠FSH ELISA试剂盒 | Elabscience | M0511 | |
| 小鼠LH ELISA试剂盒 | Elabscience | M3053 | |
| 小鼠睾酮ELISA试剂盒 | Elabscience | M0003 | |
| 小鼠IGF-1 ELISA试剂盒 | Elabscience | M3006 | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Takara | -- |
| RevertAid第一链cDNA合成试剂盒 | Thermo Fisher | K1622 | |
| qRT-PCR | ChamQ SYBR qPCR预混液 | Vazyme | Q311 |
| 测序 | BGISEQ测序平台 | BGI | -- |
| 双荧光素酶报告基因 | 双荧光素酶报告基因检测试剂盒 | Beyotime | RG029S |
| 质粒构建 | NheI限制性内切酶 | NEB | R3131 |
| XhoI限制性内切酶 | NEB | R0146 | |
| XbaI限制性内切酶 | NEB | R0145 | |
| pLV3-CMV-Myc(小鼠)-3FLAG-Fluc-Puro质粒 | MIAOLING BIOLOGY | P58001 | |
| 蛋白表达 | 大肠杆菌DH-5α | Vazyme | C502 |
| 大肠杆菌T7 | Vazyme | C504 | |
| 小鼠精子分析 | M2培养基 | Sigma | M7167 |
| Countess 3细胞计数仪 | Invitrogen | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物实验 | Armh4基因敲除小鼠的构建策略(CRISPR-cas9删除外显子2)以及饲养条件(SPF环境、12小时光照/黑暗循环) 阅读提示:Methods: Animal care |
| 寿命和衰老表型分析 | 小鼠品系、对照组(WT)、观察时间点(15、18-21、24、25月龄)、样本量(每组8-12只) 阅读提示:Results and Figure 1 legends |
| 组织学分析 | 组织固定(4%多聚甲醛)、切片厚度(5μm)、染色方法(H&E、Masson、β-gal、WGA) 阅读提示:Methods: Histology |
| 细胞衰老模型 | 细胞系(AC16、HUVEC)、诱导剂(H2O2 400μM、D-半乳糖10mg/mL)、处理时间、检测方法(SA-β-gal染色) 阅读提示:Results and Figure 4 legends; Methods: Senescence-associated β-galactosidase staining |
| 信号通路分析 | 抗体来源和稀释比例(如anti-p-mTOR 1:1000)、蛋白提取方法(RIPA裂解液)、检测蛋白(p-mTOR、p-p70S6K、p-Akt、p-ERK) 阅读提示:Methods: Western blot |
| RNA-seq分析 | 心脏组织来源、组别(WT-Young、KO-Young、WT-Aged、KO-Aged)、生物学重复数(4)、DEGs筛选阈值(|Fold change|>1.5, adjusted P<0.05) 阅读提示:Methods: RNA sequencing (RNA-seq) analysis; Results: Figure 3l-o |