生物信息学分析
评估PLXNC1在CRC中的表达和预后价值
使用Oncomine、TCGA、GEO等数据库分析PLXNC1表达,并评估其与预后的关系。
Identification of PLXNC1 as a novel biomarker for consensus molecular subtype 4 in colorectal cancer.
包含多个独立证据层级:公共数据库分析、组织样本验证、体外细胞功能实验、动物模型(皮下和肝转移模型)及机制研究(RNA-seq和免疫共培养)。
结肠癌细胞系(LoVo、SW480、HCT116) 小鼠皮下移植瘤模型 小鼠肝转移模型 患者组织样本(TMA)
PLXNC1表达水平(mRNA和蛋白)在CRC组织和细胞系中的变化 PLXNC1敲低或过表达对细胞增殖、迁移和侵袭的影响 PLXNC1对体内肿瘤生长和肝转移的影响 PLXNC1对CD8+ T细胞杀伤功能的影响 PLXNC1与CMS4亚型的关联性
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估PLXNC1在CRC中的表达和预后价值
使用Oncomine、TCGA、GEO等数据库分析PLXNC1表达,并评估其与预后的关系。
验证PLXNC1对CRC细胞恶性表型的影响
在CRC细胞系中敲低或过表达PLXNC1,检测增殖、迁移和侵袭能力。
验证PLXNC1对肿瘤生长和转移的影响
使用皮下肿瘤模型和肝转移模型,评估PLXNC1敲低对肿瘤生长和肝转移的影响。
阐明PLXNC1促进CRC进展的分子机制
通过RNA-seq分析差异表达基因和通路,并验证EMT和免疫相关标志物表达。
验证PLXNC1对CD8+ T细胞杀伤功能的影响
将SL4细胞与CD8+ T细胞共培养,检测CD8+ T细胞活化标志物和细胞毒性因子表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | F12K培养基 | Gibco | -- |
| F12培养基 | Gibco | -- | |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | -- | |
| siRNA转染 | jetPRIME Polyplus转染试剂盒 | Polyplus Transfection Inc. | -- |
| qRT-PCR | RNA组织/细胞快速提取试剂盒 | Shandong Sparkjade Biotechnology Co., Ltd. | -- |
| SPARKscript ll RT Plus逆转录试剂盒 | Shandong Sparkjade Biotechnology Co., Ltd. | -- | |
| SPARKscript II SYBR一步法qRT-PCR试剂盒 | Shandong Sparkjade Biotechnology Co., Ltd. | -- | |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂 | DOJINDO | -- |
| 酶标仪 | PerkinElmer | -- | |
| Transwell实验 | Transwell小室 | Corning | -- |
| 基质胶 | -- | -- | |
| 结晶紫 | -- | -- | |
| 显微镜 | Nikon | -- | |
| EdU实验 | E-Click EdU细胞增殖成像检测试剂盒 | Elabscience Biotechnology Co., Ltd. | E-CK-A377 |
| Hoechst 33342 | -- | -- | |
| 共聚焦显微镜 | Leica | -- | |
| 免疫荧光 | E-钙粘蛋白抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-8426 |
| 波形蛋白抗体 | Boster | BM0135 | |
| 二抗 | Boster | -- | |
| 免疫组化 | 一抗 | -- | -- |
| 二抗 | Boster | BST19013894 | |
| 二抗 | Boster | BST20023895 | |
| Western blot | 裂解缓冲液 | Cwbio | -- |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Roche | -- | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Pierce Biotechnology | -- | |
| 硝酸纤维素膜 | Bio-Rad | -- | |
| SNAIL抗体 | Proteintech | 13099-1-AP | |
| 波形蛋白抗体 | Proteintech | 10366-1-AP | |
| E-钙粘蛋白抗体 | Proteintech | 20874-1-AP | |
| GAPDH抗体 | Cell Signaling | #5174 | |
| 二抗 | Sudgen | S8002 | |
| ImageQuant LAS 4000发光图像分析仪 | GE | -- | |
| 动物实验 | C57BL/6小鼠 | Vital River Laboratory Animal Technology | -- |
| SL4细胞系 | -- | -- | |
| DMEM培养基 | Gibco | -- | |
| MRI扫描仪 | Bruker | PharmaScan 70/16 US | |
| D-荧光素 | Caliper Life Sciences | -- | |
| IVIS光谱CT系统 | Caliper Life Sciences | -- | |
| RNA-seq | Illumina NovaSeq 6000测序仪 | Illumina | -- |
| CD8+ T细胞分离 | EasySep小鼠CD8+ T细胞分选试剂盒 | Stem Cell Technologies | 19853 |
| CD8+ T细胞培养 | CD3ε | BD Bioscience | 553058 |
| CD28 | BD Bioscience | 553295 | |
| 重组小鼠IL-2 | Proteintech | Eg0456 | |
| ELISA | IFN-γ ELISA试剂盒 | QuantiCyto | EMC102a |
| 流式细胞术 | CD16/32抗体 | Proteintech | 65057-1-Ig |
| APC抗小鼠CD25 | BioLegend | 101909 | |
| PE抗小鼠CTLA4 | BioLegend | 106305 | |
| PE抗小鼠Tim-3 | BioLegend | 134003 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源(LoVo、SW480、HCT116)及培养条件(培养基种类、血清浓度) 阅读提示:Methods - Cell culture and siRNA transfections |
| siRNA转染 | siRNA序列(表S1)、转染浓度(50 nM)、转染试剂及时间(48小时) 阅读提示:Methods - Cell culture and siRNA transfections |
| 体外功能实验 | 细胞接种密度、检测时间点、基质胶的使用(迁移/侵袭) 阅读提示:Methods - Cell viability, Transwell, and proliferation assays |
| 动物实验 | 小鼠品系、年龄、性别、细胞系、接种细胞数量、部位(皮下/脾内)、观察时间点 阅读提示:Methods - Animal studies |
| 免疫共培养 | CD8+ T细胞分离方法、活化条件(CD3e、CD28、IL-2浓度)及共培养比例和时间 阅读提示:Methods - CD8+ T cell isolation and co-culture |