生物信息学筛选NDC80
鉴定与ESCC和TAM相关的关键基因
整合分析GEO数据集(GSE100942、GSE89102、GSE59948)差异表达基因,通过STRING蛋白互作网络分析确定NDC80为核心基因。
NDC80 promotes epithelial to mesenchymal transition of esophageal squamous cell carcinoma through macrophages polarization and PI3K/AKT pathway activation.
包含体外功能实验、共培养、体内异种移植模型及临床样本验证等多层级证据。
ESCC细胞系(EC-1等) THP-1来源巨噬细胞 NOD-SCID小鼠皮下异种移植模型 ESCC患者组织样本(61例)
NDC80过表达或敲低对EMT标志物和细胞迁移侵袭的影响 NDC80对巨噬细胞极化的影响及分泌的细胞因子M-CSF和CXCL-2 PI3K/AKT通路在NDC80介导的EMT中的作用(使用LY294002) 皮下异种移植模型中肿瘤生长、巨噬细胞浸润和EMT标志物
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定与ESCC和TAM相关的关键基因
整合分析GEO数据集(GSE100942、GSE89102、GSE59948)差异表达基因,通过STRING蛋白互作网络分析确定NDC80为核心基因。
验证NDC80对ESCC细胞EMT、迁移和侵袭的影响
在EC-1细胞中过表达或敲低NDC80,检测EMT标志物表达(E-cadherin、N-cadherin、Vimentin)及迁移侵袭能力(Transwell实验)。
探究NDC80对巨噬细胞极化的影响及分泌因子
将NDC80过表达或敲低的ESCC细胞与THP-1来源巨噬细胞共培养,检测巨噬细胞标志物和细胞因子分泌。
验证NDC80诱导的M2巨噬细胞是否促进EMT
用共培养上清处理ESCC细胞,检测EMT标志物和迁移侵袭能力。
验证NDC80在体内对肿瘤生长、巨噬细胞极化和EMT的影响
建立NOD-SCID小鼠皮下异种移植模型,注射NDC80过表达或对照细胞;另一实验注射共培养上清,检测肿瘤生长和标志物。
评估NDC80在ESCC组织中的表达及其临床意义
对61例ESCC组织及配对的正常组织进行免疫组化染色,分析NDC80表达与临床病理特征及预后的关系。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| RPMI 1640培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | Vazyme | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Vazyme | -- | |
| 巨噬细胞分化 | 佛波醇12-十四酸酯13-乙酸酯 | Sigma | P1585-1MG |
| 巨噬细胞极化 | 脂多糖 | Sigma | L2630 |
| 干扰素-γ | Peprotech | 300-02-20 | |
| 白细胞介素-4 | Peprotech | 200-04-5UG | |
| 白细胞介素-13 | Peprotech | 200-13-2UG | |
| 共培养实验 | Transwell小室 | FALCON | 353090 |
| 药物处理 | LY294002 | MCE | 20 |
| 细胞转染 | NDC80过表达质粒 | GenePharma | -- |
| sh-NDC80 | GenePharma | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Vazyme | -- |
| cDNA合成 | HiScript III All-in-one RT SuperMix Perfect for qPCR | Vazyme | -- |
| qPCR | Taq Pro Universal SYBR qPCR Master Mix | Vazyme | -- |
| Western blot | RIPA裂解液 | Cwbio | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Cwbio | -- | |
| NDC80抗体 | abcam | ab109496 | |
| E-钙黏蛋白抗体 | Affinity | AF0131 | |
| 波形蛋白抗体 | abcam | ab92547 | |
| N-钙黏蛋白抗体 | abcam | ab76011 | |
| GAPDH抗体 | Proteintech | 10494-1-AP | |
| PI3K抗体 | CST | 4257T | |
| AKT抗体 | CST | 4691T | |
| p-AKT抗体 | CST | 4060T | |
| HRP偶联二抗 | Proteintech | SA00001-2 | |
| 迁移和侵袭实验 | Transwell小室 | BD Biosciences | -- |
| 基质胶 | BD Biosciences | -- | |
| 24孔板 | NEST | -- | |
| 流式细胞术 | PE抗人CD163 | BioLegend | 333605 |
| FITC抗人CD86 | BioLegend | 374203 | |
| APC抗人CD11b | BioLegend | 301309 | |
| ELISA | M-CSF ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-H0097 |
| CXCL-2 ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-H1904 | |
| 免疫组化 | 通用SAP试剂盒 | Zsbio | SAP-9100 |
| NDC80抗体 | Abcam | ab3613 | |
| E-钙黏蛋白抗体 | Zsbio | ZA-0565 | |
| 波形蛋白抗体 | Zsbio | ZA-0511 | |
| CD11c抗体 | Abcam | ab52632 | |
| 动物实验 | NOD-SCID裸鼠 | Vital River Laboratories | -- |
| 基质胶 | ABW | -- | |
| 超滤管 | Millipore | UFC910096 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与转染 | 细胞系来源、培养条件、MOI值、转染条件 阅读提示:Materials and methods: Cell culture, Cell transfection |
| 巨噬细胞分化和极化 | PMA浓度、处理时间、极化因子浓度 阅读提示:Materials and methods: Macrophages differentiation and polarization |
| 共培养实验 | 共培养系统、细胞比例、LY294002浓度 阅读提示:Materials and methods: Co-culture experiments |
| 体外功能实验 | Transwell实验的细胞数、时间、基质胶使用 阅读提示:Materials and methods: Cell migration and invasion assay |
| 动物实验 | 动物品系、细胞注射量、上清注射量、时间点 阅读提示:Materials and methods: Animal studies |