化学成分鉴定
明确TWP的主要化学组成,特别是生物碱类成分。
使用UPLC/Q-TOF-MS对TWP进行定性分析,鉴定出38种成分,包括18种生物碱。
Alkaloid-driven multi-target synergy of Tripterygium wilfordii polyglycosides overcomes cisplatin resistance in ovarian cancer by coordinated inhibition of PTPN11/EGFR/JAK signaling.
包含化学分析、网络预测、分子对接模拟及体外细胞功能实验,但缺乏动物模型或患者样本的体内验证。
人卵巢癌SKOV3细胞 顺铂耐药A2780/DDP细胞
TWP处理浓度:0、5、10、20 μg/mL 处理时间:24小时 细胞系:SKOV3和A2780/DDP 顺铂浓度:10 μM 重复次数:n=3独立实验,每个实验至少3个技术重复
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
明确TWP的主要化学组成,特别是生物碱类成分。
使用UPLC/Q-TOF-MS对TWP进行定性分析,鉴定出38种成分,包括18种生物碱。
预测TWP活性成分的潜在靶点并筛选与卵巢癌相关的交集靶点。
基于OB≥30%和DL≥0.18筛选出26个活性成分,使用SwissTargetPrediction预测靶点,并与GeneCards、OMIM、CTD数据库的卵巢癌相关基因取交集,得到242个重叠靶点。
识别TWP发挥抗卵巢癌作用的核心靶点和关键活性成分。
构建成分-靶点网络,并进行PPI网络分析,结合MCODE和CytoHubba确定hub基因,最终结合临床数据确定核心靶点。
在临床样本中验证网络预测的核心靶点的差异表达。
分析四个GEO数据集(GSE18520, GSE26712, GSE27651, GSE54388),鉴定差异表达基因,并交叉参考hub基因,得出五个核心靶点。
评估核心靶点与关键成分的结合亲和力和稳定性。
将网络拓扑排名前10的成分与五个核心靶点进行分子对接,并对最优复合物进行100 ns的全原子MD模拟。
验证TWP在体外对卵巢癌细胞活力的影响。
用不同浓度TWP处理SKOV3和A2780/DDP细胞24小时,CCK-8法检测细胞活力。
验证TWP是否诱导顺铂耐药细胞凋亡。
通过Annexin V-FITC/PI流式细胞术和Western blot检测凋亡相关蛋白变化。
验证TWP对核心靶点及下游信号通路的影响。
Western blot检测TWP处理后EGFR、JAK1/2、PTPN11、SRD5A1及其磷酸化水平,以及Akt、STAT3、ERK1/2的磷酸化水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素/链霉素 | -- | -- | |
| 药物处理 | 顺铂 | -- | 15663-27-1 |
| 雷公藤多苷 | Jiangsu Meitong Pharmaceutical Co., Ltd. | -- | |
| UPLC-MS分析 | 安捷伦1290超高效液相色谱 | Agilent | -- |
| 安捷伦6520四极杆飞行时间质谱 | Agilent | -- | |
| 沃特世ACQUITY UPLC XBridge BEH C18色谱柱 | Waters | -- | |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | Beyotime | -- |
| 凋亡检测 | Annexin V-FITC/PI凋亡检测试剂盒 | Elabscience | -- |
| 流式分析 | CytoFLEX nano流式细胞仪 | Beckman Coulter | -- |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | -- |
| 蛋白酶/磷酸酶抑制剂 | Wuhan Cobio | -- | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Wuhan Cobio | -- | |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| 增强化学发光试剂 | GE Healthcare | -- | |
| 抗SRD5A1抗体 | Abcam | ab167606 | |
| 抗JAK1抗体 | ImmunoWay | PT0658R | |
| 抗JAK2抗体 | ImmunoWay | PT0503R | |
| 抗Bax抗体 | ImmunoWay | PT0301R | |
| 抗Bcl-2抗体 | ImmunoWay | PT0487R | |
| 抗磷酸化STAT3 (Tyr705)抗体 | ImmunoWay | YP0251 | |
| 抗STAT3抗体 | ImmunoWay | PT0911R | |
| 抗Akt抗体 | ImmunoWay | PT0654R | |
| 抗cleaved caspase-3抗体 | Cell Signaling Technology | 96641 | |
| 抗EGFR抗体 | Cell Signaling Technology | 4267 | |
| 抗磷酸化EGFR抗体 | Cell Signaling Technology | 3777 | |
| 抗PTPN11/SHP2抗体 | Cell Signaling Technology | 3397 | |
| 抗磷酸化PTPN11抗体 | Cell Signaling Technology | 5431 | |
| 抗磷酸化ERK1/2抗体 | Cell Signaling Technology | 4370 | |
| 抗ERK1/2抗体 | Cell Signaling Technology | 4695 | |
| 抗磷酸化Akt抗体 | Beyotime | AA329 | |
| 抗磷酸化JAK1抗体 | Beyotime | AF5857 | |
| 抗磷酸化JAK2抗体 | Beyotime | AF1486 | |
| 抗GAPDH抗体 | Beyotime | AF0006 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞活力检测 | 细胞系:SKOV3、A2780/DDP;种子密度:5×10^3细胞/孔;TWP浓度:0、5、10、20 μg/mL;顺铂浓度:10 μM;处理时间:24小时;检测方法:CCK-8 阅读提示:见Methods 2.7.2和2.7.3,Results 3.9 |
| 凋亡检测 | 细胞系:A2780/DDP;TWP浓度:0、5、10、20 μg/mL;处理时间:24小时;检测方法:Annexin V-FITC/PI染色,流式细胞术 阅读提示:见Methods 2.7.4,Results 3.10 |
| Western blot | 细胞系:A2780/DDP;TWP浓度:0、5、10、20 μg/mL;处理时间:24小时;检测蛋白:EGFR, p-EGFR, JAK1, p-JAK1, JAK2, p-JAK2, PTPN11, p-PTPN11, SRD5A1, Akt, p-Akt, STAT3, p-STAT3, ERK1/2, p-ERK1/2, Bcl-2, Bax, cleaved caspase-3, GAPDH 阅读提示:见Methods 2.7.5,Results 3.10, 3.11, 3.12 |
| 网络药理学 | 筛选标准:OB≥30%, DL≥0.18;靶点预测工具:SwissTargetPrediction,概率≥0.7;疾病基因来源:GeneCards, OMIM, CTD;PPI网络参数:STRING v11.5,置信度≥0.4;Hub基因识别方法:CytoHubba MCC 阅读提示:见Methods 2.3, 2.4,Results 3.2-3.5 |
| 分子对接与MD模拟 | 对接软件:AutoDock Vina 1.2.2;结合能阈值:ΔG≤-5 kcal/mol;MD软件:GROMACS 2024.3;模拟时长:100 ns;力场:Amber99SB-ILDN, GAFF 阅读提示:见Methods 2.6,Results 3.7和3.8 |