药物协同效应评估
确定Alisertib和Donafenib的最佳协同浓度。
通过CCK-8和克隆形成实验评估细胞活力,使用SynergyFinder计算ZIP协同分数。
Cooperative targeting of NF-κB enhances ferroptosis-driven HCC therapy with Alisertib and Donafenib.
包含体外细胞实验(CCK-8、克隆形成、流式、ROS/铁/GSH检测)、转录组测序、ChIP、双荧光素酶报告基因、体内异种移植模型及PMA回补实验,多层次验证了NF-κB/NRF2通路机制。
HCCLM3细胞系 Huh7细胞系 BALB/c小鼠皮下移植HCCLM3异种移植模型
药物浓度:Alisertib 2.5 µM,Donafenib 10 µM(HCCLM3)或5 µM(Huh7) 处理时间:48小时用于细胞实验,24小时用于TEM 动物模型:雌性BALB/c小鼠,5-6周龄,皮下接种5×10^6 HCCLM3细胞 体内给药剂量:Donafenib 30 mg/kg,Alisertib 30 mg/kg PMA回补实验:体外100 nM处理24小时,体内300 μg/kg
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定Alisertib和Donafenib的最佳协同浓度。
通过CCK-8和克隆形成实验评估细胞活力,使用SynergyFinder计算ZIP协同分数。
确定联合治疗诱导的细胞死亡类型是否主要为铁死亡。
使用Fer-1、Z-VAD-FMK、3-MA、Nec-1和VX-765等抑制剂处理,检测细胞活力;通过流式细胞术测量Annexin V/PI染色。
验证联合治疗诱导的铁死亡特征。
测量ROS(DCFH-DA和C11-BODIPY)、总铁含量、MDA、GSH/GSSG,并进行TEM观察线粒体形态。
识别联合治疗影响的关键通路和基因。
对HCCLM3细胞进行RNA-seq,鉴定差异表达基因,进行KEGG和ssGSEA富集分析。
验证联合治疗对NF-κB信号通路的影响。
Western blot检测p65、p-p65、IκBα、p-IκBα水平;免疫荧光检测p65核转位;细胞质/核分离实验。
验证NF-κB/p65对NRF2转录的直接调控。
双荧光素酶报告基因实验检测NRF2启动子活性;ChIP-qPCR检测p65在NRF2启动子上的结合。
评估联合治疗在体内的抗肿瘤效果和安全性。
建立HCCLM3皮下异种移植模型,给予单药或联合治疗,测量肿瘤体积、体重、器官指数、血液生化指标和组织病理学。
验证NF-κB激活是否能逆转联合治疗的抗肿瘤和铁死亡效应。
在体外和体内实验中加入PMA激活NF-κB,检测铁死亡标志物、细胞活力和肿瘤生长变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | C11995500BT |
| 胎牛血清 | ExCell Biotech | FSP500 | |
| 青霉素/链霉素 | NCM Biotech | C100C5 | |
| 药物处理 | 多纳非尼 | MedChemExpress (MCE) | HY-10201S |
| 阿利塞替 | MedChemExpress (MCE) | HY-10971 | |
| Ferrostatin-1 | MedChemExpress (MCE) | HY-100579 | |
| Z-VAD-FMK | Selleck Chemicals | S7023 | |
| 3-甲基腺嘌呤 | Selleck Chemicals | S2767 | |
| 坏死抑素-1 | Selleck Chemicals | S8037 | |
| Belnacasan (VX-765) | Selleck Chemicals | S2228 | |
| 佛波酯 | Selleck Chemicals | S7791 | |
| 二甲基亚砜 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 蛋白质提取 | 蛋白酶和磷酸酶抑制剂混合物 | NCM Biotech | P002 |
| 核质蛋白提取试剂盒 | KGI Biotechnology | KGB5302 | |
| 蛋白质定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Epizyme Biomedical Technology | ZJ102 |
| Western blot | 5×上样缓冲液 | Epizyme Biomedical Technology | LT103 |
| PVDF膜 | Merck Millipore | -- | |
| 增强化学发光检测试剂 | NCM | P10060 | |
| RNA提取 | RNAex Pro试剂 | Accurate Biology | AG21101 |
| SteadyPure RNA提取试剂盒 | Accurate Biology | AG21024 | |
| 反转录 | Evo M-MLV反转录预混液 | Accurate Biology | AG11706 |
| qPCR | SYBR Green预混液 | Accurate Biology | AG11718 |
| QuantStudio 1实时荧光定量PCR系统 | Applied Biosystems | -- | |
| 免疫荧光 | 抗p65抗体 | Cell Signaling Technology | #8242 |
| Alexa Fluor® 488标记山羊抗兔IgG | Jackson ImmunoResearch Laboratories | -- | |
| DAPI | Beyotime | C1002 | |
| 透射电镜 | 固定液 | Servicebio | G1102 |
| CCK-8 | CCK-8试剂盒 | Biosharp | BS350 |
| 流式细胞术 | Annexin V/PI凋亡检测试剂盒 | KeyGEN | KGA1102 |
| EdU检测 | EdU检测试剂盒 | Beyotime | C0078 |
| ROS检测 | C11-BODIPY 581/591探针 | Elabscience | -- |
| DCFH-DA探针 | Elabscience | -- | |
| 铁含量检测 | 铁检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-K880-M |
| GSH/GSSG检测 | 谷胱甘肽检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-K097-M |
| MDA检测 | 丙二醛比色检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-K028-M |
| RNA测序 | Trizol试剂 | Invitrogen | -- |
| 双荧光素酶报告基因 | 双荧光素酶报告基因检测系统 | Promega | -- |
| ChIP | ChIP-IT® Express酶法试剂盒 | Active Motif | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基、FBS浓度、抗生素浓度、培养条件 阅读提示:Materials and methods中的Cell culture |
| 药物处理 | 药物浓度(Alisertib 2.5 µM, Donafenib 10 µM或5 µM)、处理时间(48小时) 阅读提示:Materials and methods中的Chemicals and reagents及Results中Figure 1、2 |
| 细胞死亡类型鉴定 | 抑制剂浓度(Fer-1 10 µM等)、处理时间 阅读提示:Materials and methods中的Cell death and cell death manner assessment |
| 铁死亡标志物检测 | 检测试剂盒、探针、处理方法、时间点 阅读提示:Materials and methods中的LPO and cytosolic ROS assay, Total iron content determination, Total glutathione determination, MDA assay |
| Western blot | 抗体信息、蛋白上样量、PVDF膜厚度、封闭液 阅读提示:Materials and methods中的Western blotting |
| RT-qPCR | 引物序列、cDNA用量、qPCR试剂、仪器 阅读提示:Materials and methods中的RNA extraction and RT-qPCR及补充表S2 |
| RNA-seq | 细胞处理、RNA提取方法、测序平台 阅读提示:Materials and methods中的RNA sequencing |
| ChIP | 抗体、试剂盒、引物序列 阅读提示:Materials and methods中的Chromatin immunoprecipitation (ChIP) assay |
| 体内实验 | 小鼠品系、年龄、性别、接种细胞数、给药剂量、给药方式、治疗周期、样本量 阅读提示:Materials and methods中的Xenograft mouse tumor model及Figure 4A |