细胞培养与CPF处理
建立CPF损伤GC2spd细胞的体外模型,确定处理浓度和时间。
将GC2spd细胞接种于6孔板(3.5×10^5),培养12小时后,用12.5和25 μmol/L CPF处理12或24小时,以DMSO为对照。
CPF Induces GC2spd Cell Injury via ROS/AKT/Efcab6 Pathway.
研究包含体外细胞模型(GC2spd)、RNA测序、qRT-PCR、Western blot、流式细胞术、TUNEL、分子对接及NAC和SC79干预实验,涵盖表型、机制和功能验证。
GC2spd细胞系(小鼠精母细胞,ATCC CRL-2196) NAC干预模型 SC79干预模型
CPF处理浓度:12.5和25 μmol/L CPF处理时间:12和24小时 细胞接种密度:3.5×10^5(6孔板) NAC浓度:5 mmol/L,预保护1小时 SC79浓度:5 μmol/L,预保护1小时
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立CPF损伤GC2spd细胞的体外模型,确定处理浓度和时间。
将GC2spd细胞接种于6孔板(3.5×10^5),培养12小时后,用12.5和25 μmol/L CPF处理12或24小时,以DMSO为对照。
评估CPF对GC2spd细胞活力的影响。
采用CCK8试剂盒检测0和25 μmol/L CPF处理12小时后的细胞活力。
分析CPF对GC2spd细胞周期分布的影响。
用0和25 μmol/L CPF处理24小时后,收集细胞,采用流式细胞术检测细胞周期。
检测CPF对GC2spd细胞凋亡的影响。
用0和25 μmol/L CPF处理24小时,使用Annexin V-FITC凋亡检测试剂盒和TUNEL染色检测凋亡。
检测CPF对GC2spd细胞内ROS水平的影响。
使用ROS检测试剂盒(S0033)测量CPF处理24小时后的ROS水平。
鉴定CPF处理后的差异表达基因和富集信号通路。
对25 μmol/L CPF处理24小时的GC2spd细胞进行RNA测序,并进行PCA、DEG、GO、KEGG和Reactome富集分析。
验证RNA测序结果及PI3K-AKT通路蛋白表达。
通过qRT-PCR验证关键基因表达,Western blot检测AKT和p-AKT蛋白水平。
预测CPF与候选蛋白的结合能力。
利用分子对接预测CPF与EFCAB6、AR和ZBP1的结合。
验证AKT激活是否能挽救CPF引起的细胞损伤。
用5 μmol/L SC79预保护1小时,再与CPF共处理24小时,检测细胞形态和活力。
验证ROS清除能否逆转CPF引起的细胞损伤和相关基因表达变化。
用5 mmol/L NAC预保护1小时,再与CPF共处理24小时,检测细胞形态、活力、ROS和基因表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 高糖DMEM培养基 | Sangon | E600003 |
| 胎牛血清 | Zeta Life | Z7186FBS-500 | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | 15140122 | |
| GlutaMAX添加剂 | Gibco | 35050061 | |
| AdvanceSTEM ES级非必需氨基酸(100X) | HyClone | SH30853.01 | |
| 药物处理 | 毒死蜱 | Aladdin | C109843 |
| 二甲基亚砜 | MedChemExpress | HY-Y0320 | |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | Beyotime | C0037 |
| 细胞凋亡检测 | Annexin V-FITC凋亡检测试剂盒 | Nanjing Biobox | BA1150 |
| 一步法TUNEL原位凋亡检测试剂盒(绿色, Elab Fluor® 488) | Elabscience | E-CK-A321 | |
| RNA提取 | RNAiso Plus 总RNA提取试剂 | TAKARA | 9109 |
| 无酶水 | Solarbio | R1600 | |
| 氯仿 | -- | -- | |
| 异丙醇 | -- | -- | |
| 无水乙醇 | -- | -- | |
| qRT-PCR | Hifair® II 第一链cDNA合成SuperMix (含gDNA去除剂) | YEASEN | 11123ES10 |
| ChamQ SYBR qPCR预混液 | Vazyme | Q311-02 | |
| 氧化应激检测 | 活性氧检测试剂盒 | Beyotime | S0033 |
| Western blot | RIPA裂解液 | Shaanxi Zhonghui Hecai | PL001 |
| 上样缓冲液 | Solarbio | P1040 | |
| PVDF膜 | Millipore | ISEQ00010 | |
| 超敏ECL化学发光试剂 | DIYIBIO | DY30208 | |
| Bio-Rad ChemiDoc 成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| 药物处理 | SC79 | MedChemExpress | HY-18749 |
| N-乙酰半胱氨酸 | MedChemExpress | HY-B0215 | |
| 细胞培养 | 胰蛋白酶 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与处理 | GC2spd细胞系来源(ATCC, CRL-2196),培养基配方及比例,CPF浓度(12.5和25 μmol/L),处理时间(12和24小时) 阅读提示:Methods 2.1 |
| 细胞活力检测 | CCK8试剂盒(C0037),CPF浓度(0和25 μmol/L),处理时间(12小时),检测波长450nm 阅读提示:Methods 2.2 |
| 细胞周期检测 | 流式细胞术,CPF浓度(0和25 μmol/L),处理时间(24小时) 阅读提示:Methods 2.3 |
| 细胞凋亡检测 | Annexin V-FITC试剂盒(BA1150),TUNEL试剂盒(E-CK-A321),CPF浓度(0和25 μmol/L),处理时间(24小时) 阅读提示:Methods 2.4 |
| 氧化应激检测 | ROS检测试剂盒(S0033),DCFH-DA浓度(10 μmol/L),CPF浓度(0, 12.5和25 μmol/L),处理时间(24小时) 阅读提示:Methods 2.6 |
| RNA-seq | CPF浓度(25 μmol/L),处理时间(24小时),生物学重复数(n=4),测序平台和数据分析流程 阅读提示:Methods 2.7 |
| qRT-PCR | 引物序列(见表1),反应体系(表S1),反应程序(表S2),内参基因β-Actin 阅读提示:Methods 2.5 |
| Western blot | 抗体信息(表S3),CPF浓度(0, 12.5和25 μmol/L),处理时间(24小时),蛋白提取方法 阅读提示:Methods 2.8 |
| 分子对接 | 蛋白结构PDB ID(EFCAB6:1WLZ, AR:1GS4, ZBP1:2HEO),结合能阈值标准 阅读提示:Methods 2.9 |
| SC79共处理 | SC79浓度(5 μmol/L),预保护时间(1小时),CPF浓度(0, 12.5和25 μmol/L),共处理时间(24小时) 阅读提示:Methods 2.10 |
| NAC共处理 | NAC浓度(5 mmol/L),预保护时间(1小时),CPF浓度(0, 12.5和25 μmol/L),共处理时间(24小时),检测指标 阅读提示:Methods 2.11 |