验证TMEM67对纤毛发生和蜕膜化的必要性
确定TMEM67是否参与初级纤毛形成和蜕膜化过程。
通过免疫荧光检测TMEM67定位,Western blot检测蜕膜化过程中的蛋白水平,siRNA敲低TMEM67后检测纤毛百分比和蜕膜化标志物表达。
Primary cilia prevent activation of the cGAS-STING pathway during mouse decidualization.
包含体外细胞模型、药物处理、基因敲低、细胞因子阵列、Western blot、免疫荧光等多种独立验证,并明确功能与机制验证。
小鼠子宫基质细胞 小鼠妊娠子宫组织(第4天)
TMEM67基因敲低(siRNA)或药物抑制纤毛发生(CBA) RhoA-ROCK信号通路抑制(C3、Y27632) 微核形成及cGAS-STING通路激活检测(dsDNA、cGAS共定位) 蜕膜化标志物(Prl8a2、Prl3c1)mRNA表达水平 CCL6分泌水平(ELISA)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定TMEM67是否参与初级纤毛形成和蜕膜化过程。
通过免疫荧光检测TMEM67定位,Western blot检测蜕膜化过程中的蛋白水平,siRNA敲低TMEM67后检测纤毛百分比和蜕膜化标志物表达。
探讨初级纤毛缺失是否影响肌动蛋白细胞骨架和RhoA信号通路。
通过免疫荧光检测F-Actin,Western blot检测RhoA和p-MLC2蛋白水平,并使用药物处理(CBA、TubA)和IFT88敲低验证。
验证纤毛缺失是否导致微核形成和核完整性破坏。
使用Lamin A免疫荧光计数含微核的细胞,Western blot检测Lamin A和Lamin B1水平。
确定微核中的dsDNA是否激活cGAS-STING通路。
用dsDNA抗体和Picogreen染色检测dsDNA,检测cGAS与dsDNA共定位,Western blot检测通路蛋白磷酸化水平。
检验药理学干预是否能恢复纤毛形成并改善蜕膜化。
使用CytoD、C3、Y27632处理细胞,检测纤毛参数、蜕膜化标志物和通路蛋白。
确定纤毛调控的下游分泌因子及其对蜕膜化的影响。
细胞因子阵列筛选差异分泌蛋白,验证CCL6敲低和重组蛋白对蜕膜化标志物的影响,ELISA检测CCL6分泌。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养与处理 | Ciliobrevin A | Selleck Chemicals | S8249 |
| Tubastatin A | Selleck Chemicals | S8049 | |
| C3转移酶 | Cytoskeleton | CT04 | |
| ML-7盐酸盐 | Selleck Chemicals | S8388 | |
| 花萼海绵诱癌素A | MedChemExpress | HY-18983 | |
| 细胞松弛素D | Abcam | ab143484 | |
| 小鼠CCL6蛋白 | MedChemExpress | HY-P7143 | |
| 2'3'-cGAMP | InvivoGen | tlrl-nacga23-1 | |
| RU.521 | MedChemExpress | HY-114180 | |
| RNA干扰 | Lipofectamine 2000 | Invitrogen | 11668019 |
| RNA提取与实时PCR | TRIzol试剂 | Takara | 9109 |
| PrimeScript逆转录试剂盒 | Vazyme | R222-01-AB | |
| SYBR Premix Ex Taq试剂盒 | Vazyme | Q311-02-AA | |
| Western blot | BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| PVDF膜 | Millipore | IPVH00010 | |
| ECL底物 | Millipore | WBKLS0100 | |
| Tanon成像系统 | Tanon | 5200 | |
| 免疫荧光 | 鬼笔环肽-iFluor488 | Abcam | ab176753 |
| Picogreen | Invitrogen | P7589 | |
| DAPI | Merck | D9542 | |
| Leica TCS SP8扫描激光共聚焦显微镜 | Leica | -- | |
| 细胞因子阵列 | Proteome Profiler小鼠XL细胞因子芯片 | R&D systems | ARY028 |
| ELISA | CCL6 ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-M267 |
| 免疫荧光 | 抗TMEM67抗体 | Proteintech | 13975-1-AP |
| 抗乙酰化微管蛋白抗体 | Abcam | ab179484 | |
| 抗Arl13b抗体 | Proteintech | 17711-1-AP | |
| 抗γ-微管蛋白抗体 | Sigma | T5326 | |
| 抗Lamin A抗体 | Abcam | ab26300 | |
| 抗dsDNA抗体 | Santa Cruz Biotechnology | SC-58749 | |
| 抗cGAS抗体 | Cell Signaling Technology | 31659s | |
| Western blot | 抗TMEM67抗体 | Abclonal | A15549 |
| 抗Arl13b抗体 | Proteintech | 17711-1-AP | |
| 抗IFT88抗体 | Proteintech | 13967-1-AP | |
| 抗α-微管蛋白(乙酰化K40)抗体 | Abcam | ab179484 | |
| 抗Lamin A/C抗体 | Cell Signaling Technology | 2032s | |
| 抗Lamin B1抗体 | Abcam | ab133741 | |
| 抗RhoA抗体 | Proteintech | 10749-1-AP | |
| 抗MLC2抗体 | Affinity | DF7911 | |
| 抗磷酸化肌球蛋白轻链2(Ser19)抗体 | Cell Signaling Technology | 3671s | |
| 抗cGAS抗体 | Cell Signaling Technology | 31659s | |
| 抗STING抗体 | Abcam | ab288157 | |
| 抗磷酸化STING(Ser365)抗体 | Cell Signaling Technology | 72971s | |
| 抗TBK1/NAK抗体 | Cell Signaling Technology | 38066s | |
| 抗磷酸化TBK1/NAK(Ser172)抗体 | Cell Signaling Technology | 5483s | |
| 抗IRF3抗体 | Cell Signaling Technology | 4302s | |
| 抗磷酸化IRF3(Ser396)抗体 | Cell Signaling Technology | 29047s | |
| 抗GAPDH抗体 | Santa Cruz Biotechnology | SC-32233 | |
| 抗α-微管蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 2144s | |
| 细胞培养 | Hanks平衡盐溶液 | Sigma | -- |
| 胰蛋白酶 | Amresco | -- | |
| 分散酶 | Roche Applied Science | -- | |
| 胶原酶I | Invitrogen | 17100-017 | |
| DMEM/F12培养基 | Sigma | D2906 | |
| 炭处理胎牛血清 | Biological Industries | -- | |
| 雌二醇-17β | -- | -- | |
| 孕酮 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与体外蜕膜化 | 小鼠子宫基质细胞的分离和培养条件,包括酶消化浓度、时间、培养基成分;体外蜕膜化诱导使用的雌激素和孕酮浓度及处理时间。 阅读提示:参见Methods中的“Isolation, culture, and in vitro decidualization of mouse uterine stromal cells”部分。 |
| 基因敲低 | siRNA序列和转染试剂(Lipofectamine 2000),转染时间(24小时),以及敲低效率验证。 阅读提示:参见Methods中的“RNA interference”部分。 |
| 药物处理 | 各药物(CBA、TubA、C3、Y27632、CalyA、CytoD、2'3'-cGAMP、RU.521等)的浓度、处理时间、溶剂对照(DMSO)。 阅读提示:参见Methods中的“Mouse treatments”和“Isolation, culture, and in vitro decidualization”部分。 |
| 荧光检测 | 免疫荧光染色的一抗、二抗浓度和孵育时间,显微镜型号(Leica TCS SP8),以及图像定量方法(Image J、Imaris)。 阅读提示:参见Methods中的“Immunofluorescence”和“Quantification of F-Actin fluorescence intensity and fiber length”部分。 |
| 分子检测 | Western blot的抗体信息(品牌、货号、稀释比例),RT-qPCR的引物序列和参考基因(Rpl7),统计方法。 阅读提示:参见Methods中的“Western blot”、“RNA extraction and real-time PCR”和“Statistics and reproducibility”部分。 |