网络药理学分析
预测GK治疗OA的潜在靶点和信号通路。
利用SwissTargetPrediction和SuperPred预测GK靶点,GeneCards和OMIM获取OA相关靶点,取交集后构建PPI网络,进行GO和KEGG富集分析。
Ginkgetin delays the progression of osteoarthritis by inhibiting the NF-κB and MAPK signaling pathways.
包含网络药理学、体外细胞实验(MTT、Western blot、免疫荧光、ELISA、RNA-seq等)和体内ACLT大鼠模型,并进行功能与机制验证。
SW1353人软骨细胞 TBHP诱导的SW1353细胞氧化应激模型 ACLT诱导的SD大鼠OA模型
GK预处理浓度:5 μM和10 μM TBHP诱导浓度:300 μM处理4小时 大鼠分组:Control、ACLT、ACLT+GK(n=10) GK给药方式:关节腔注射,10 mg/kg,每周两次,持续8周 体内实验终点:8周后处死,取膝关节进行组织学和Western blot检测
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
预测GK治疗OA的潜在靶点和信号通路。
利用SwissTargetPrediction和SuperPred预测GK靶点,GeneCards和OMIM获取OA相关靶点,取交集后构建PPI网络,进行GO和KEGG富集分析。
确定GK的安全浓度和TBHP的诱导条件,并评估GK对TBHP损伤的保护作用。
MTT法检测不同浓度GK和TBHP对SW1353细胞活力的影响,确定后续实验条件。
评估GK对TBHP诱导的氧化应激的改善作用。
检测细胞内ROS水平、线粒体膜电位、LDH释放、SOD和CAT活性以及MDA含量。
验证GK对TBHP诱导的软骨细胞凋亡的抑制作用。
PI染色、Hoechst 33342染色观察凋亡形态,Western blot检测Bcl-2、Bax、Bad和Cleaved-caspase 3蛋白表达。
评估GK对TBHP诱导的炎症介质产生和ECM降解的影响。
Griess法检测NO,ELISA检测TNF-α和IL-6,Western blot检测iNOS、COX-2、Collagen II、MMP3、MMP13和ADAMTS-5。
探索GK调控的分子机制。
对Con、TBHP、TBHP+GK三组进行RNA-seq,分析差异表达基因并进行GO和KEGG富集分析。
验证GK是否通过抑制NF-κB和MAPK通路发挥保护作用。
Western blot检测NF-κB通路相关蛋白(p65、p-p65、IκBα、p-IκBα)和MAPK通路相关蛋白(p38、p-p38、JNK、p-JNK、ERK、p-ERK)的表达。
验证GK在ACLT诱导的OA大鼠模型中的保护作用。
构建ACLT模型,关节腔注射GK,8周后通过组织学染色和Western blot检测软骨损伤和ECM降解相关蛋白。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 药物处理 | 银杏双黄酮 | TargetMol | T4S2126 |
| 二甲基亚砜 | Solarbio | -- | |
| ROS检测 | 2',7'-二氯二氢荧光素二乙酸酯 | Sigma Aldrich | D6883 |
| 二氢乙啶 | Sigma Aldrich | 37291 | |
| 细胞活力检测 | 甲基噻唑基二苯基四唑溴盐 | Aladdin | M158055 |
| 线粒体膜电位检测 | JC-1线粒体膜电位检测试剂盒 | Yeasen | 40706ES60 |
| 凋亡检测 | Hoechst 33342 | Yeasen | 40732ES03 |
| LDH检测 | LDH细胞毒性检测试剂盒 | Beyotime | C0016 |
| NO检测 | Griess试剂盒 | Beyotime | S0021S |
| 抗氧化酶活性检测 | SOD活性检测试剂盒 | Solarbio | BC0175 |
| CAT活性检测试剂盒 | Solarbio | BC0205 | |
| MDA检测 | MDA含量检测试剂盒 | Solarbio | BC0025 |
| ELISA | IL-6和TNF-α ELISA试剂盒 | BOSTER | -- |
| RNA-seq | Trizol试剂 | Seville Biotechnology | -- |
| KAPA链特异性mRNA测序试剂盒 | KAPA Biosystems | -- | |
| Illumina NovaSeq 6000测序仪 | Illumina | -- | |
| Western blot | Western和IP细胞裂解液 | Beyotime | -- |
| 一步法PAGE凝胶 | Epizyme | -- | |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| 一抗 | -- | -- | |
| 山羊抗兔IgG (H+L) | Elabscience | -- | |
| 动物实验 | SD大鼠 | 北京维通利华 | -- |
| 水合氯醛 | -- | -- | |
| 组织学 | 番红O-固绿软骨染色试剂盒 | Solarbio | -- |
| Western blot | BCA蛋白定量试剂盒 | Elabscience | -- |
| 荧光显微镜 | 倒置荧光显微镜 | Nikon | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 网络药理学 | 数据库版本、筛选阈值、PPI网络参数 阅读提示:见网络药理学分析方法部分 |
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基成分、培养条件 阅读提示:见细胞培养和试剂部分 |
| 药物处理 | GK浓度、预处理时间、TBHP浓度和刺激时间 阅读提示:见细胞处理与MTT实验部分 |
| 凋亡检测 | Hoechst和PI染色浓度和时间 阅读提示:见Hoechst染色和PI染色部分 |
| Western blot | 抗体稀释倍数、蛋白上样量、电泳和转膜条件 阅读提示:见Western blot分析部分 |
| 动物实验 | 大鼠品系、年龄、体重、分组、手术方式、GK剂量和给药频率 阅读提示:见动物与体内实验部分 |