细胞模型建立和OGDR处理
模拟缺血再灌注损伤,用于后续RNA-seq和机制研究。
使用bEND.3细胞进行氧糖剥夺/复氧复糖处理,建立体外IR模型。
Based on bioinformatics, SESN2 negatively regulates ferroptosis induced by ischemia reperfusion via the System Xc-/GPX4 pathway.
研究包含体外OGDR细胞模型和体内小鼠脑缺血再灌注模型,结合转录组测序、生物信息学分析、铁死亡指标检测及SESN2过表达/敲低的功能验证,形成了多层级证据链。
bEND.3细胞OGDR模型 C57BL/6小鼠局灶性脑缺血再灌注模型
OGD处理10小时,再灌注12小时 SESN2过表达或敲低效率验证 GPX4蛋白表达随时间变化(3、6、12、24、36小时) Fer-1预处理浓度20μM时间2小时
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
模拟缺血再灌注损伤,用于后续RNA-seq和机制研究。
使用bEND.3细胞进行氧糖剥夺/复氧复糖处理,建立体外IR模型。
筛选差异表达基因及铁死亡相关基因,识别关键通路和hub基因。
对对照组和OGDR组细胞进行RNA-seq,通过GO、KEGG、Reactome富集分析,PPI和MCODE分析筛选hub基因,并与铁死亡基因取交集。
确证OGDR/IR诱导铁死亡发生。
通过TEM观察线粒体形态,检测ROS、Fe2+、GSSG、MDA水平,评估铁死亡相关蛋白GPX4及System Xc-表达变化。
验证SESN2对铁死亡及System Xc-/GPX4通路的调控作用。
在bEND.3细胞中过表达或敲低SESN2,检测GPX4、SLC7A11、SLC3A2的表达变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| bEND.3细胞 | FuHeng Biology | FH0356 | |
| T25培养瓶 | Corning | -- | |
| OGDR处理 | 无糖DMEM | Solarbio | D6540 |
| 药物处理 | Fer-1 | -- | -- |
| 转录组测序 | TRIzol试剂 | -- | -- |
| 5300生物分析仪 | Agilent | -- | |
| ND-2000分光光度计 | NanoDrop | -- | |
| Illumina链特异性mRNA文库制备试剂盒 | Illumina | -- | |
| SuperScript双链cDNA合成试剂盒 | Invitrogen | -- | |
| Phusion DNA聚合酶 | NEB | -- | |
| Qubit 4.0荧光定量仪 | -- | -- | |
| NovaSeq X plus测序仪 | Illumina | -- | |
| ROS检测 | 活性氧检测试剂盒 | Beyotime | -- |
| EVOS M5000荧光显微镜 | Invitrogen | -- | |
| Fe2+检测 | 细胞亚铁离子比色检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-K881-M |
| MDA检测 | MDA检测试剂盒 | Beyotime | S0131S |
| 透射电镜 | 透射电子显微镜HT7700 | Hitachi | -- |
| 动物实验 | 7-0缝合线 | Doccol Corporation | -- |
| 异氟烷 | -- | -- | |
| 组织化学 | 普鲁士蓝溶液 | Servicebio | -- |
| DAB溶液 | Servicebio | -- | |
| DS-U3数码相机 | Nikon | -- | |
| 免疫荧光 | 抗SESN2抗体 | Abcam | ab178518 |
| 抗HMOX1抗体 | Servicebio | GB11549-50 | |
| 抗SLC7A11抗体 | Abcam | ab307601 | |
| 抗SLC3A2抗体 | Abcam | ab303510 | |
| 抗GPX4抗体 | Thermo Fisher Scientific | PA5-109274 | |
| 抗CD31抗体 | Servicebio | GB120005-50 | |
| Alexa Fluor 488二抗 | -- | GB25303 | |
| Cy3二抗 | -- | GB21301 | |
| DAPI | -- | -- | |
| Pannoramic MIDI玻片扫描仪 | 3DHISTECH | -- | |
| 激光共聚焦培养皿 | Corning | -- | |
| Triton X-100 | -- | -- | |
| Alexa Fluor 488二抗 | CST | 4412S | |
| LSM 980 Airyscan 2共聚焦显微镜 | Zeiss | -- | |
| 细胞转染 | 小干扰RNA | Tsingke Biotech | -- |
| jetPRIME转染试剂 | Polyplus | 114-15 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Epizyme | PC102 |
| 蛋白酶抑制剂 | Epizyme | GRF101 | |
| 磷酸酶抑制剂 | Epizyme | GRF101 | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0009 | |
| 上样缓冲液 | Epizyme | LT103 | |
| 硝酸纤维素膜 | Pall | -- | |
| 抗β-actin抗体 | Sigma-Aldrich | A5441 | |
| 辣根过氧化物酶标记二抗 | Santa Cruz | -- | |
| Pierce ECL化学发光底物 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 凝胶成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| PrimeScript RT预混液 | Takara | RR047A | |
| TB Green Premix Ex Taq II | Takara | RR820A |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与OGDR处理 | bEND.3细胞系来源、培养条件、OGD时间、再灌注时间、无糖DMEM来源 阅读提示:Methods 2.1和2.2 |
| 转录组测序 | RNA提取质量指标、文库构建试剂、测序平台、差异基因筛选标准 阅读提示:Methods 2.3和2.4 |
| 铁死亡指标检测 | ROS探针浓度、Fe2+、GSSG、MDA检测试剂盒的规格和厂家 阅读提示:Methods 2.5 |
| 动物模型 | 小鼠品系、性别、年龄、缺血时间、再灌注时间、体温维持 阅读提示:Methods 2.7 |
| SESN2过表达和敲低 | 转染试剂、转染时间、收集时间、siRNA序列或质粒载体 阅读提示:Methods 2.10 |