多组学分析揭示OP脂质代谢重编程
表征OP组织中的细胞组成和分子改变,关注脂质代谢
对OP和对照肺组织进行scRNA-seq、空间转录组、蛋白质组和代谢组分析,鉴定差异表达基因和代谢物
Integrated multi-omics profiling landscape of organising pneumonia.
包含多组学分析(scRNA-seq、空间转录组、蛋白质组、代谢组)、OP小鼠模型、细胞实验(siCD36敲低、C16 Cer处理)及功能验证(铁死亡指标、线粒体形态、纤维化标志物)。
OP患者肺组织及健康对照 C57小鼠OP模型(盐酸诱导) FABP4+肺泡巨噬细胞 THP-1、RAW264.7细胞及Beas2B、MLE-12上皮细胞
CD36在OP巨噬细胞中的表达降低 siCD36敲低效率验证 C16 Cer浓度及处理时间 铁死亡指标检测(Fe2+、MDA、GSH) DPP7和FABP4对上皮细胞纤维化的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
表征OP组织中的细胞组成和分子改变,关注脂质代谢
对OP和对照肺组织进行scRNA-seq、空间转录组、蛋白质组和代谢组分析,鉴定差异表达基因和代谢物
验证OP中巨噬细胞脂质代谢改变和CD36下调
建立盐酸诱导的C57小鼠OP模型,提取肺泡巨噬细胞检测脂质代谢物、脂滴染色和CD36、CES1、SCD1表达
验证CD36缺失促进巨噬细胞铁死亡
在肺泡巨噬细胞和RAW264.7细胞中敲低CD36,检测铁死亡相关蛋白和指标,观察线粒体形态
验证C16 Cer在CD36缺失诱导的巨噬细胞铁死亡中的作用
用C16 Cer处理肺泡巨噬细胞,检测铁死亡指标、蛋白表达和线粒体形态
验证巨噬细胞分泌的DPP7和FABP4促进上皮细胞纤维化
用siCD36处理巨噬细胞收集条件培养基,或用DPP7和FABP4刺激Beas2B和MLE-12细胞,检测纤维化标志物
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 样本处理 | Hanks平衡盐溶液 | -- | -- |
| 单细胞悬液制备 | 胶原酶I/IV | -- | -- |
| 单细胞测序 | Countstar Rigel S2细胞计数仪 | -- | -- |
| NovaSeq 6000测序仪 | Illumina | -- | |
| Cell Ranger软件 | 10x Genomics | v6.0.1 | |
| 空间转录组 | Visium CytAssist空间基因表达 | 10x Genomics | PN-1000520 |
| Leica DMI8全玻片扫描仪 | Leica | -- | |
| Spaceranger软件 | 10x Genomics | -- | |
| 蛋白质组学 | MaxQuant | -- | 1.3.0.5 |
| 代谢组学 | Agilent Ultivo三重四极杆液质联用系统 | Agilent | -- |
| 动物模型 | 单核细胞分离试剂盒 | Miltenyi Biotec | -- |
| 脂滴染色 | LipidSpot 488脂滴染料 | Biotium | 70065-T |
| 脂质染色 | BODIPY TR神经酰胺 | -- | -- |
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Life Technologies | -- |
| DMEM培养基 | Life Technologies | -- | |
| F12培养基 | Life Technologies | -- | |
| 胎牛血清 | Life Technologies | -- | |
| PMA | -- | -- | |
| 脂多糖 | -- | -- | |
| 干扰素-γ | -- | -- | |
| 白细胞介素-13 | -- | -- | |
| 白细胞介素-4 | -- | -- | |
| 细胞处理 | C16神经酰胺 | Shanghai Hongye Biotechnology | MFCD00871748 |
| 细胞转染 | interferin转染试剂 | Polyplus | -- |
| Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | -- | |
| 细胞纤维化处理 | DPP7因子 | Jining Shiye Company | -- |
| FABP4因子 | Jining Shiye Company | -- | |
| RT-qPCR | Trizol试剂 | Invitrogen | 12183555 |
| Evo M-MLV反转录试剂盒 | Accurate Biology | AG11706 | |
| SYBR Green Pro Taq HS试剂盒 | Accurate Biology | AG11701 | |
| ABI7500实时荧光定量PCR仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Western blot | 抗SCD1抗体 | Proteintech Group | 28678-1-AP |
| 抗CD36抗体 | Proteintech Group | 18836-1-AP | |
| 抗CES1抗体 | Proteintech Group | 16912-1-AP | |
| 抗β-actin抗体 | Proteintech Group | 66009-1-Ig | |
| 抗FTH1抗体 | Chengdu Zen Bioscience | R382071 | |
| 抗FTL抗体 | Chengdu Zen Bioscience | 220988 | |
| 抗GPX4抗体 | Proteintech Group | 67763-1-Ig | |
| 抗SLC3A2抗体 | Proteintech Group | 15193-1-AP | |
| 抗vimentin抗体 | Proteintech Group | 10366-1-AP | |
| 抗N-cadherin抗体 | Proteintech Group | 22018-1-AP | |
| 抗E-cadherin抗体 | Proteintech Group | 20874-1-AP | |
| HRP标记的羊抗兔抗体 | Jackson ImmunoResearch Laboratories | 111-035-144 | |
| HRP标记的羊抗鼠抗体 | Jackson ImmunoResearch Laboratories | 115-035-003 | |
| ELISA | DPP7 ELISA试剂盒 | -- | -- |
| FABP4 ELISA试剂盒 | -- | -- | |
| Fe2+检测 | 铁离子检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-K773-M |
| BioTek SynergyH1酶标仪 | BioTek | -- | |
| GSH检测 | 谷胱甘肽检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute | A006-2-1 |
| MDA检测 | 丙二醛检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute | A003-2 |
| ATP检测 | CellTiter-Glo试剂 | Promega | G7572 |
| 脂质过氧化检测 | BODIPY 581/591 C11探针 | Thermo Fisher Scientific | D3861 |
| 流式分析 | FACS Calibur流式细胞仪 | BD | -- |
| 统计 | GraphPad Prism软件 | GraphPad | 8.0.2 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 多组学分析 | 样本量:3例OP和3例对照;scRNA-seq细胞数:30770个;差异筛选阈值:FC>2, p<0.05 阅读提示:Methods 2.2-2.5, Results 3.1 |
| OP小鼠模型 | 雄性C57小鼠12周龄;盐酸剂量1.5 mL/kg,每周两次,共两次,4周;模型验证:肺泡腔纤维素样渗出和巨噬细胞聚集 阅读提示:Methods 2.6 |
| 细胞培养和处理 | THP-1细胞PMA分化100 ng/mL,M1极化:LPS 100 ng/mL和IFN-γ 20 ng/mL处理48h;M2极化:IL-13 20 ng/mL和IL-4 20 ng/mL处理48h;C16 Cer浓度100 nM处理48h 阅读提示:Methods 2.10 |
| CD36敲低 | siRNA序列;转染试剂:Lipofectamine 2000;敲低效率:Western blot验证48h后 阅读提示:Methods 2.11 |
| 铁死亡指标检测 | Fe2+、MDA、GSH检测方法及试剂盒;透射电镜线粒体形态分析参数 阅读提示:Methods 2.16-2.20, Results 3.4 |