组织采集与单细胞转录组分析
鉴定鹿茸发生和再生相关组织的细胞组成
采集DoAP、AcAP、DoPP、AcPP和FP五种组织,进行scRNA-seq,鉴定细胞类型和亚群。
Single-cell transcriptome reveals core cell populations and androgen-RXFP2 axis involved in deer antler full regeneration.
包含scRNA-seq、bulk RNA-seq、IHC、WB、ELISA、qRT-PCR及体外DHT处理等多层级验证。
鹿茸发生骨膜(AP) 柄骨膜(PP) 面部骨膜(FP) AP细胞体外培养
样本分组:DoAP、AcAP、DoPP、AcPP和FP,每组三个个体混合 scRNA-seq细胞筛选:线粒体基因百分比>10%的细胞丢弃 DHT处理浓度:2、5、10 nM,处理24小时 qRT-PCR验证RXFP2 mRNA水平在AcAP与DoAP中的差异
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定鹿茸发生和再生相关组织的细胞组成
采集DoAP、AcAP、DoPP、AcPP和FP五种组织,进行scRNA-seq,鉴定细胞类型和亚群。
确定增殖细胞类型
通过细胞周期评分和IHC染色PCNA,鉴定增殖细胞主要为祖细胞、壁细胞和内皮细胞。
解析THY1+细胞的异质性和功能
对THY1+细胞进行亚聚类,鉴定SC1-SC5亚群,分析其标志基因和功能。
探究血管相关细胞的异质性
对内皮和壁细胞进行亚聚类,鉴定亚群并分析其转录特征。
比较鹿茸发生和再生过程中THY1+细胞分化轨迹
使用Monocle2对THY1+细胞、祖细胞和成骨软骨细胞进行轨迹分析,识别分化状态和关键基因。
识别鹿茸发生和再生中的转录因子调控网络
使用SCENIC分析调控子,比较DoAP/AcAP和DoPP/AcPP的调控子活性,发现AR调控子在AcAP中特异性激活。
验证RXFP2表达是否受雄激素调控
用不同浓度DHT处理AP细胞,检测RXFP2 mRNA表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 单细胞文库构建 | Chromium单细胞3'试剂v2 | 10X Genomics | -- |
| 单细胞测序 | HiSeq 4000 | Illumina | -- |
| 组织消化 | I型胶原酶 | Invitrogen | -- |
| II型胶原酶 | Invitrogen | -- | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Sigma-Aldrich | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 细胞处理 | 红细胞裂解液 | Beyotime | -- |
| 细胞计数 | AO/PI双荧光染色试剂盒 | Beyotime | -- |
| RNA提取 | Trizol试剂 | Invitrogen | -- |
| RNA质量检测 | 生物分析仪 | -- | -- |
| RNA-seq文库构建 | TruSeq RNA文库制备试剂盒v3 | Illumina | -- |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解液 | Beyotime | -- |
| Western blot | AKR1C4抗体 | ABclonal | A7430 |
| 山羊抗兔IgG | Solarbio | SE134 | |
| 增强化学发光检测试剂 | Thermo | -- | |
| 化学发光成像系统 | Tanon | -- | |
| ELISA | AKR1C4 ELISA试剂盒 | MlBio | -- |
| 酶标仪 | Thermo | -- | |
| 免疫组化 | KLF4抗体 | Bioss | bs-1064R |
| JUN抗体 | ABclonal | A11378 | |
| MYC抗体 | Elabscience | ENT0990 | |
| SNAI1抗体 | ABclonal | A11794 | |
| JUND抗体 | ABclonal | A11955 | |
| FOS抗体 | ABclonal | A0236 | |
| PCNA抗体 | ABclonal | A0264 | |
| THBS1抗体 | ABclonal | A2125 | |
| POSTN抗体 | ABclonal | A14556 | |
| IGF2抗体 | ABclonal | A2086 | |
| 兔/小鼠IgG | Abcam | ab172730, | |
| HRP标记二抗 | ABclonal | AS014, | |
| DAB显色液 | Maxim | -- | |
| PreciPoint M8扫描仪 | Meyer | -- | |
| 体外处理 | 5α-二氢睾酮 | Sigma | -- |
| qRT-PCR | PrimeScript RT试剂盒 | TaKaRa | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 组织采集 | 样本来源和发育阶段:DoAP取自7个月龄鹿,AcAP和FP取自10个月龄鹿,DoPP和AcPP取自2岁鹿;每种组织三个个体混合。 阅读提示:Methods中Collection of deer tissue samples |
| 单细胞悬液制备 | 消化条件:DMEM含100 μg/ml collagenase type I和type II,37°C消化40-80分钟;红细胞裂解。 阅读提示:Methods中Preparation of single-cell suspension |
| scRNA-seq数据处理 | 质控标准:基因数>200,线粒体基因百分比<10%,去除异常细胞;整合方法。 阅读提示:Methods中Single-cell data preprocessing |
| 体外药物处理 | AP细胞培养条件:DMEM+10% FBS,2.5×10^5 cells/well,37°C 5% CO2;DHT浓度2, 5, 10 nM,处理24小时。 阅读提示:Methods中Testosterone treatment |
| qRT-PCR | 引物序列和实验步骤。 阅读提示:Methods中cDNA synthesis and quantitative real-time PCR |