单细胞测序分析
探究脓毒症心肌病中心肌组织细胞类型分布及DUSP1和PHB2的表达变化。
利用GEO数据库中的GSE190856数据集,对正常和脓毒症心肌病小鼠心脏进行单细胞RNA测序,分析细胞类型、基因表达及通路富集。
Astragaloside IV alleviates septic myocardial injury through DUSP1-Prohibitin 2 mediated mitochondrial quality control and ER-autophagy.
包含体内基因敲除/转基因小鼠模型、体外原代心肌细胞与HL-1细胞、单细胞测序、临床队列分析等多层级证据,并进行了功能验证(线粒体功能、自噬、凋亡)和机制验证(分子 docking、基因调控)。
LPS诱导的脓毒症心肌病小鼠模型(C57BL/6,8周龄) DUSP1/PHB2心肌细胞特异性敲除小鼠(DUSP1/PHB2CKO) DUSP1转基因小鼠(DUSP1TG) 原代心肌细胞及HL-1心肌细胞系
LPS诱导剂量:5 mg/kg,腹腔注射 AS给药剂量:25、50、100 mg/kg/天,连续14天 AS处理浓度:25、50、100 μmol/L 动物分组每组10只 DUSP1/PHB2基因修饰(心肌特异性敲除/转基因)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究脓毒症心肌病中心肌组织细胞类型分布及DUSP1和PHB2的表达变化。
利用GEO数据库中的GSE190856数据集,对正常和脓毒症心肌病小鼠心脏进行单细胞RNA测序,分析细胞类型、基因表达及通路富集。
评估黄芪甲苷IV对脓毒症心肌损伤的治疗作用。
通过腹腔注射LPS建立脓毒症心肌病小鼠模型,随后给予不同剂量的AS,观察心脏功能和组织损伤。
评估AS对心脏功能及心肌损伤标志物的影响。
使用超声心动图检测心脏功能,通过血清生化指标和免疫荧光染色评估心肌损伤。
验证AS对心肌细胞线粒体功能及DUSP1-PHB2通路的调控作用。
使用LPS处理原代心肌细胞或HL-1细胞,并给予不同浓度AS,检测线粒体功能、氧化应激、线粒体自噬等指标。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物实验 | 脂多糖 | -- | -- |
| 黄芪甲苷IV | -- | -- | |
| 细胞培养 | DMEM/F-12培养基 | Invitrogen | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青链霉素 | -- | -- | |
| 针头式过滤器 | Corning | -- | |
| DMEM/F12完全培养基 | Sigma-Aldrich | -- | |
| Opti-MEM培养基 | -- | -- | |
| 脂质体3000 | -- | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Yeasen | 19201ES60 |
| RT-qPCR | Hieff qPCR SYBR Green预混液试剂盒 | Yeasen | 11201ES08 |
| CFX96实时荧光定量PCR仪 | Bio-Rad | -- | |
| 免疫荧光 | GR-1抗体 | Proteintech | 65078-1-Ig |
| cTnT抗体 | Abcam | ab8295 | |
| LC3抗体 | Abcam | ab63817 | |
| 内质网抗体 | Abcam | ab92516 | |
| TOM20抗体 | Abcam | ab186735 | |
| DUSP1抗体 | CST | 35217 | |
| 二抗 | CST | 8878, 8953 | |
| 线粒体标记 | 线粒体红色荧光探针 | -- | -- |
| 线粒体膜电位检测 | JC-1染料 | -- | -- |
| 活性氧检测 | 活性氧染料 | -- | -- |
| 细胞核染色 | DAPI染色液 | -- | -- |
| ELISA | 小鼠MMP-9 ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-M3052 |
| 小鼠IL-10 ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-M0046 | |
| 小鼠IL-17A ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-M0047 | |
| 丙二醛ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-0060 | |
| 超氧化物歧化酶分型检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-K020-M | |
| 谷胱甘肽过氧化物酶4试剂盒 | Elabscience | E-BC-K096-S | |
| 线粒体复合物活性检测 | 细胞线粒体复合物I活性检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-K834-M |
| 细胞线粒体复合物V活性检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-K838-M | |
| 细胞线粒体复合物III活性检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-K836-M | |
| mPTP检测 | 线粒体通透性转换孔检测试剂盒 | Beijing Biological Laboratory | HR0959 |
| 荧光显微镜 | 奥林巴斯BX53荧光显微镜 | Olympus | -- |
| 代谢分析 | Seahorse XF细胞外通量分析仪 | Agilent | 103592-100 |
| XF24细胞培养板 | Agilent | 100777-004 | |
| XF DMEM培养基 | Agilent | 103757-100 | |
| 蛋白提取 | 蛋白提取试剂盒 | Invent Biotechnologies | SD-001/SN-002 |
| 蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0012 |
| Western blot | PVDF膜 | Bio-Rad | 1620260 |
| PHB2抗体 | Abcam | ab182139 | |
| DUSP1抗体 | Abcam | ab236501 | |
| NLRP3抗体 | Abcam | ab263899 | |
| GSDMD抗体 | Abcam | ab209845 | |
| α-微管蛋白抗体 | Abcam | ab7291 | |
| Caspase-1抗体 | Abcam | ab179515 | |
| IL-1β抗体 | Abcam | ab283818 | |
| FUNDC1-Tyr18抗体 | Abcam | ab224722 | |
| ATG5抗体 | Abcam | ab228668 | |
| Beclin1抗体 | Abcam | ab62557 | |
| TFAM抗体 | Abcam | ab176558 | |
| NRF1抗体 | Abcam | ab302520 | |
| PGC1α抗体 | Abcam | ab191838 | |
| IL-18抗体 | Abcam | ab207323 | |
| DRP1抗体 | Abcam | ab184248 | |
| Fis1抗体 | Abcam | ab229969 | |
| MFF抗体 | Proteintech | 17090-1-AP | |
| GAPDH抗体 | Abcam | ab8245 | |
| MFN1抗体 | Abcam | ab126575 | |
| MFN2抗体 | Abcam | ab124773 | |
| OPA1抗体 | Abcam | ab157457 | |
| IRE1抗体 | Abcam | ab37073 | |
| ATF4抗体 | Abcam | ab216839 | |
| ATF6抗体 | Abcam | ab37149 | |
| CHOP抗体 | Abcam | ab317378 | |
| BIP抗体 | Abcam | ab21685 | |
| 二抗 | CST | 7074, 7076 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型 | 小鼠品系、周龄(8周)、LPS剂量(5mg/kg)、给药途径(腹腔注射)、AS剂量(25/50/100mg/kg/天)、给药天数(14天)、每组动物数(10只) 阅读提示:Materials and Methods - Animal treatment and drug intervention |
| 细胞模型 | 细胞类型(原代心肌细胞、HL-1)、LPS浓度(10μg/mL)、AS浓度(25/50/100μmol/L)、细胞培养条件(DMEM/F12, 10%FBS, 1%双抗) 阅读提示:Materials and Methods - Cell culture and drug treatment |
| 基因操作 | siRNA转染条件(细胞融合度70-90%)、腺病毒感染条件(MOI计算)、基因敲除小鼠品系(DUSP1/PHB2CKO) 阅读提示:Materials and Methods - Cell culture and drug treatment |
| 分子检测 | 抗体稀释比例、qPCR引物序列、Western blot抗体信息 阅读提示:Materials and Methods - Western blotting analysis, RT-qPCR |
| 统计数据 | 统计方法(t检验、ANOVA等)、显著性阈值(P<0.05) 阅读提示:Materials and Methods - Statistical analysis |