EB对胰腺癌细胞体外功能的影响
评估EB对胰腺癌细胞活力、增殖、迁移和侵袭的抑制作用。
使用CCK8检测细胞活力,EdU染色检测DNA合成,集落形成实验检测增殖能力,划痕实验和Transwell实验检测迁移和侵袭能力,并以奥沙利铂作为阳性对照。
Eupalinolide B suppresses pancreatic cancer by ROS generation and potential cuproptosis.
包含体外细胞功能实验(CCK8、EdU、集落形成、划痕、Transwell)、体内异种移植瘤模型、RNA-seq转录组分析及机制验证(铜离子检测、蛋白表达、FDX1敲低等)。
PANC-1人胰腺癌细胞系 MiaPaCa-2人胰腺癌细胞系 PANC-1异种移植裸鼠模型
EB处理浓度梯度 EB对胰腺癌细胞与正常细胞HPNE的选择性毒性 EB引起ROS水平升高,NAC可抑制 EB增加细胞内铜离子水平,TTM可逆转细胞死亡 FDX1敲低后EB诱导的细胞死亡被部分逆转
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估EB对胰腺癌细胞活力、增殖、迁移和侵袭的抑制作用。
使用CCK8检测细胞活力,EdU染色检测DNA合成,集落形成实验检测增殖能力,划痕实验和Transwell实验检测迁移和侵袭能力,并以奥沙利铂作为阳性对照。
验证EB在体内的抗肿瘤效果。
建立PANC-1细胞异种移植裸鼠模型,腹腔注射不同剂量EB,测量肿瘤体积和重量,并通过H&E染色和Ki-67免疫组化评估肿瘤组织。
识别EB诱导细胞死亡的模式。
使用多种抑制剂(Nec-1、Fer-1、Z-Vad-FMK、3-MA、DFO、TTM、NAC)处理EB暴露的细胞,检测细胞活力;并通过流式细胞术和荧光成像检测ROS水平。
揭示EB处理后胰腺癌细胞中差异表达基因和富集通路。
对PANC-1细胞进行DMSO或10μM EB处理24小时,提取RNA进行RNA-seq,利用limma包分析差异表达基因(p<0.05, logFC>1.5),并使用clusterProfiler进行KEGG和GSEA分析。
验证EB是否影响细胞内铜水平及铜死亡相关蛋白表达。
采用铜比色法、ICP-MS和铜离子探针检测细胞内铜水平;Western blot检测HSP70、LIAS和FDX1蛋白表达;并进行FDX1敲低实验观察对细胞死亡的影响。
验证铜离子在EB诱导细胞死亡中的作用。
使用CuCl2和TTM干预EB处理的细胞,检测细胞活力、ROS水平和铜死亡相关蛋白表达。
评估EB与ES联合使用对胰腺癌细胞功能的影响,并验证铜离子在其中的作用。
CCK8检测细胞活力,EdU、集落形成、划痕和Transwell实验评估联合处理对增殖、迁移和侵袭的影响;并检测CuCl2和TTM对联合处理下细胞活力、ROS和蛋白表达的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | C11995500B |
| 胎牛血清 | ExCell Bio | FSP500 | |
| 胰蛋白酶 | Gibco | 25200072 | |
| 磷酸盐缓冲液 | Servicebio | G4250 | |
| 药物处理 | Eupalinolide A | ChemFaces | CFN90381 |
| Eupalinolide O | ChemFaces | CFN91839 | |
| Eupalinolide B | AbMole | M4619 | |
| Elesclomol | Selleck | S1052 | |
| 抑制实验 | Z-VAD-FMK | Selleck | S7023 |
| SP600125 | Selleck | S1460 | |
| 甲磺酸去铁胺 | Selleck | S5742 | |
| 3-甲基腺嘌呤 | Selleck | S2767 | |
| Necrostatin-1 | Selleck | S8037 | |
| Ferrostatin-1 | Selleck | S7243 | |
| 阳性对照 | 奥沙利铂 | Selleck | S1224 |
| 抗氧化剂 | N-乙酰半胱氨酸 | MedChemExpress | HY-B0215 |
| 铜螯合剂 | 四硫代钼酸铵 | MedChemExpress | HY-W076067 |
| 铜离子检测 | 铜离子探针CS1 | MedChemExpress | HY-141511 |
| 转染 | Lipofectamine 3000 | Invitrogen | L3000015 |
| 溶剂 | 二甲基亚砜 | MP Biomedicals | 196055 |
| 铜含量检测 | 细胞铜比色检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-K775-M |
| 增殖检测 | EdU Apollo567体外检测试剂盒 | Ribo Bio | C10310-1 |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | NCM Biotech | C6005 |
| 凋亡检测 | FITC Annexin V检测试剂盒 | KEYGEN BIOTECH | KGA108 |
| ROS检测 | 活性氧检测试剂盒(H2DCFDA) | KEYGEN BIOTECH | KGA7501 |
| 免疫印迹 | LIAS多克隆抗体 | proteintech | 11577-1-AP |
| HSP70多克隆抗体 | proteintech | 10995-1-AP | |
| FDX1多克隆抗体 | proteintech | 12592-1-AP | |
| 磷酸化MAPK家族抗体套装 | CST | 9910T | |
| MAPK家族抗体套装 | CST | 9926T | |
| GAPDH抗体 | CST | 5174 | |
| HRP标记的山羊抗兔IgG(H+L) | proteintech | SA00001-2 | |
| 免疫组化 | Ki-67抗体 | ZSGB-BIO | ZM-0166 |
| 免疫印迹 | Caspase-3抗体 | CST | 14220 |
| Cleaved Caspase-3抗体 | CST | 9661 | |
| Caspase-9抗体 | CST | 9508 | |
| Cleaved Caspase-9抗体 | CST | 20750 | |
| PARP抗体 | CST | 9542 | |
| GPX4抗体 | Abcam | ab125066 | |
| ACSL4抗体 | proteintech | 22401-1-AP | |
| β-微管蛋白抗体 | CST | 2146 | |
| Western blot | Rneasy mini plus试剂盒 | Qiagen | -- |
| RNA-seq | Hieff NGS™ MaxUp双模式mRNA文库制备试剂盒 | -- | -- |
| Trizol试剂 | -- | -- | |
| Western blot | 裂解液 | Beyotime | P0013 |
| 蛋白酶体抑制剂 | KeyGEN | KGP603 | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo | 23227 | |
| PVDF膜 | Mili | IPVH00010 | |
| 细胞培养 | OPTI-MEM培养基 | -- | -- |
| 细胞铜含量检测 | Agilent 7850电感耦合等离子体质谱仪 | Agilent Technologies | 7850 |
| 显微镜 | 倒置显微镜 | Leica | Leica |
| 荧光显微镜 | 荧光倒置显微镜 | Nikon | Nikon-Ti2-U |
| 细胞培养 | CO2恒温培养箱 | ESCO | CLM-170B-8-CN |
| 生物安全柜 | ESCO | AC2-4S8-CN | |
| 凝胶成像 | 凝胶成像系统 | Bio-rad | ChemiDoc™ |
| 共聚焦显微镜 | 共聚焦显微镜 | Zeiss | LSM900 |
| 病理切片扫描 | 病理切片扫描仪 | TissueGnostics | TissueFAXS |
| 金属浴 | 振荡恒温金属浴 | Thermo | TUS-200P |
| 天平 | 分析天平 | OHAUS | EX623ZH |
| 离心机 | 冷冻离心机 | Eppendorf | 5425R |
| 冰箱 | 4°C冰箱 | Meiling | YC-525L |
| -20°C冰箱 | Haier | DW-40L508J | |
| -80°C冰箱 | CryoCube | CryoCube | |
| 流式细胞术 | 流式细胞仪 | BD | FACSMelody |
| 水浴锅 | 水浴锅 | BLUEPARD | BWS-27 |
| 分光光度计 | 紫外分光光度计 | Tecan | infinite |
| 离心机 | 离心机 | Thermo | Sorvall |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞活力检测 | 细胞接种密度、EB处理浓度和时间、CCK-8孵育时间 阅读提示:见STAR★Methods中'Cell viability assay' |
| 集落形成实验 | 细胞接种密度、EB处理浓度和处理时间、集落培养时间 阅读提示:见STAR★Methods中'Colony formation assay' |
| 细胞增殖检测 | 细胞接种密度、EB浓度、EdU孵育浓度和时间 阅读提示:见STAR★Methods中'Cell proliferation assay' |
| 划痕实验 | 细胞生长状态、EB处理浓度和时间、划痕后观察时间点 阅读提示:见STAR★Methods中'Cell scratch assay' |
| Transwell侵袭实验 | Matrigel稀释比例、细胞接种密度、EB处理浓度和时间、侵袭时间 阅读提示:见STAR★Methods中'Transwell invasion assay' |
| Western blot | 蛋白提取方法、抗体稀释比例、孵育条件 阅读提示:见STAR★Methods中'Western blot' |
| RNA-seq | EB处理浓度和时间、RNA提取方法、文库构建试剂盒、测序平台 阅读提示:见STAR★Methods中'RNA-seq' |
| 裸鼠异种移植瘤模型 | 小鼠品系、年龄、性别、细胞接种数量、EB给药剂量、频率和途径、治疗时间 阅读提示:见STAR★Methods中'Nude mouse xenograft tumor model' |
| ROS检测 | H2DCFDA浓度、孵育时间、EB处理浓度和时间 阅读提示:见STAR★Methods中'ROS/apotosis assay' |
| 铜离子检测 | 比色法试剂盒、ICP-MS参数、CS1探针浓度和孵育时间 阅读提示:见STAR★Methods中'Cell copper colorimetric assay'、'Measurement of intracellular copper ion content by ICP-MS'和'Measurement of intracellular copper ion content by fluorescent imaging' |