临床样本和数据库分析
评估HOXB2在卵巢癌组织中的表达及其与预后和顺铂耐药的相关性。
分析TCGA、GTEx和GEO数据集,进行差异表达和生存分析;使用组织微阵列和临床样本进行IHC验证。
HOXB2 promotes cisplatin resistance by upregulating lncRNA DANCR in ovarian cancer.
包含临床样本分析、体外细胞实验、体内动物模型及机制验证,功能验证与机制研究均具备。
A2780/DDP细胞(顺铂耐药卵巢癌细胞系) OVCAR8(OV8)细胞系 皮下异种移植瘤模型(BALB/c裸鼠) 卵巢癌患者组织样本
HOXB2在TCGA和GTEx数据库中的表达差异 细胞系A2780/DDP和OV8的HOXB2表达水平 shRNA敲低HOXB2的序列和转染方法 顺铂处理浓度和时间(IC50测定、凋亡测定) 小鼠模型中顺铂给药剂量(5 mg/kg)和频率
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估HOXB2在卵巢癌组织中的表达及其与预后和顺铂耐药的相关性。
分析TCGA、GTEx和GEO数据集,进行差异表达和生存分析;使用组织微阵列和临床样本进行IHC验证。
验证HOXB2对卵巢癌细胞增殖和顺铂耐药的影响。
在A2780/DDP和OV8细胞中敲低HOXB2,通过CCK-8、克隆形成、EdU、流式凋亡和DNA损伤检测评估细胞增殖和耐药性。
评估敲低HOXB2对体内肿瘤生长和顺铂敏感性的影响。
将shNC或shHOXB2 A2780/DDP细胞皮下植入裸鼠,然后分为PBS和CDDP组,测量肿瘤体积和重量,并进行组织学分析。
探究HOXB2调控顺铂耐药和增殖的分子机制。
通过RNA-Seq和GSEA分析差异表达基因,验证ABC转运蛋白和ERK通路,并检测DANCR的表达和功能。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 杜氏改良Eagle培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素/链霉素 | -- | -- | |
| 药物处理 | 顺铂 | MCE | HY-17,394 |
| 细胞转染 | jetPRIME转染试剂 | Polyplus | -- |
| 细胞增殖检测 | CCK-8试剂盒 | Bimake | B34304 |
| 免疫荧光和EdU实验 | 15 µ 8孔培养板 | Ibidi | 80,826 |
| 抗γH2A.X抗体 | Servicebio | GB111841 | |
| DAPI | -- | -- | |
| EdU掺入检测试剂盒 | Abbkine | KTA2030 | |
| 细胞凋亡检测 | Annexin V-FITC/PI凋亡检测试剂盒 | Elabscience | E-CK-A211 |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | Servicebio | G2033 |
| 蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher | 23,227 |
| Western blot | 抗HOXB2抗体 | Abways | AY2582 |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Abways | AB0035 | |
| 抗β-微管蛋白抗体 | Proteintech | 10086-1-AP | |
| 抗Chk2抗体 | Abways | CY5633 | |
| 抗磷酸化Chk2 (Thr68)抗体 | Abways | -- | |
| 抗Chk1抗体 | Cell Signaling Technology | 2360 | |
| 抗磷酸化Chk1 (Ser345)抗体 | Cell Signaling Technology | 2348 | |
| 抗ABCA1抗体 | Abcam | ab66217 | |
| 抗ABCG1抗体 | Proteintech | 13578-1-AP | |
| 抗磷酸化Erk1/2 (Thr202/Tyr204)抗体 | Cell Signaling Technology | 4370 | |
| 抗Erk1/2抗体 | Cell Signaling Technology | 4695 | |
| HRP底物 | Merck | WBKLS0500 | |
| Bio-Rad成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| RNA提取 | RNA TRIzol试剂 | Takara | 9108 |
| RT-PCR | PrimeScript逆转录试剂盒 | Takara | RR037A |
| qPCR | SYBR Master Mix | Bimake | B21703 |
| 7500实时荧光定量PCR仪 | Applied Biosystems | -- | |
| 免疫组织化学 | 抗Ki67抗体 | Servicebio | GB111141 |
| TUNEL检测 | TUNEL试剂盒 | Servicebio | GB1507-50T |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本分析 | 组织微阵列样本数(117例)、患者化疗史、批次和抗体 阅读提示:Materials and methods 中的 Clinical samples 和 Figure 1D-E 图注 |
| 细胞培养和转染 | 细胞系、培养基、血清浓度、敲低序列、转染试剂、嘌呤霉素筛选剂量和时间 阅读提示:Materials and methods 中的 Cell culture 和 Cell transfection |
| 药物处理 | 顺铂浓度、处理时间 阅读提示:Materials and methods 中的 Cell culture 和具体实验部分 |
| 体外功能实验 | 细胞接种密度、处理时间、试剂盒型号 阅读提示:Materials and methods 中的 CCK-8、克隆形成、EdU、凋亡实验 |
| 体内动物实验 | 细胞种植数量、小鼠周龄和性别、顺铂给药剂量和周期、肿瘤测量方法 阅读提示:Materials and methods 中的 Mouse xenograft models 和 Figure 4 |