筛选ESCC TAM相关lncRNAs
识别与ESCC中TAM浸润相关的lncRNAs
对TCGA和GEO数据集进行差异表达分析,并与免疫相关lncRNAs取交集,通过ImmLnc分析免疫细胞浸润相关性,筛选出与TAM浸润显著相关的lncRNAs。
LINC00330/CCL2 axis-mediated ESCC TAM reprogramming affects tumor progression.
包含临床样本分析、体外细胞功能实验(增殖、侵袭、凋亡、EMT)、体内异种移植瘤模型,以及细胞共培养、RNA pulldown、RIP等机制验证,证据层级相互独立。
ESCC临床肿瘤组织及配对癌旁组织 ESCC细胞系(Kyse450、EC109等) THP-1来源的巨噬细胞(M0、M1、M2) BALB/c裸鼠皮下异种移植瘤模型
LINC00330过表达或敲低后ESCC细胞增殖、侵袭、凋亡和EMT的变化 LINC00330表达与M2 TAM浸润的负相关性 LINC00330过表达或敲低后CCL2蛋白表达及下游信号通路(如JAK/STAT3、ERK1/2、AKT/mTORC1)的变化 LINC00330与CCL2蛋白的相互作用(通过RNA pulldown和RIP验证) CCL2过表达或敲低对LINC00330介导的TAM重编程和ESCC细胞功能的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别与ESCC中TAM浸润相关的lncRNAs
对TCGA和GEO数据集进行差异表达分析,并与免疫相关lncRNAs取交集,通过ImmLnc分析免疫细胞浸润相关性,筛选出与TAM浸润显著相关的lncRNAs。
评估LINC00330在ESCC中的表达水平及其与预后的关系
利用TCGA、GEO数据库及22对临床样本,通过RT-PCR检测LINC00330表达,并使用Kaplan-Meier分析进行生存分析。
探究LINC00330在体外对ESCC细胞增殖、侵袭、凋亡和EMT的影响
构建LINC00330过表达和敲低质粒,转染或感染ESCC细胞系(Kyse450、EC109),通过CCK-8、Transwell、流式细胞术、RT-PCR和Western blot检测细胞功能变化。
验证LINC00330对体内肿瘤生长的影响
将稳定过表达或敲低LINC00330的Kyse450细胞皮下注射到BALB/c裸鼠,监测肿瘤体积和重量。
评估LINC00330表达与ESCC肿瘤微环境中TAM浸润的关系
利用单细胞测序数据(PRJNA777911)、CIBERSORTx和GEPIA分析免疫细胞浸润,并通过RT-PCR检测临床样本和鼠肿瘤组织中TAM标志物。
探究LINC00330是否影响巨噬细胞极化
用过表达或敲低LINC00330的ESCC细胞条件培养基处理M0、M1和M2巨噬细胞,或在巨噬细胞中直接过表达/敲低LINC00330,检测M1/M2标志物表达。
揭示LINC00330调控CCL2表达和下游信号通路的分子机制
通过转录组测序、亚细胞定位、RNA pulldown、银染色、RIP、WB和RT-PCR等实验,验证LINC00330与CCL2蛋白的相互作用及其对下游信号通路的影响。
确认CCL2是LINC00330发挥功能的关键下游分子
在LINC00330过表达或敲低的ESCC细胞中,再过表达或敲低CCL2,检测对巨噬细胞极化和ESCC细胞增殖、侵袭、EMT的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Solarbio | 31800-500 |
| DMEM培养基 | Solarbio | 12100 | |
| 胎牛血清 | Gibco | 10270-106 | |
| 青霉素-链霉素 | NCM Biotech | C100C5 | |
| THP-1专用培养基 | Proser | CM-023 | |
| 巨噬细胞极化 | 佛波醇12-豆蔻酸酯13-乙酸酯 | Selleckchem | S7791 |
| 干扰素-γ | Proteintech | AF-345-05-20 | |
| 白介素-4 | Proteintech | AF-214-14-5 | |
| 细胞转染 | Lipofectamine2000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| PEI转染试剂 | Polysciences | 23966-1 | |
| 慢病毒包装 | 慢病毒浓缩试剂盒 | BIOMIGA | BW-V2001 |
| 慢病毒感染 | 聚凝胺 | HANBIO | 20207023 |
| 稳定细胞系筛选 | 嘌呤霉素 | HANBIO | HB-PU-500 |
| 细胞增殖检测 | CCK-8试剂盒 | Bimake | B34304 |
| 细胞侵袭检测 | 0.1%结晶紫溶液 | Solarbio | G1062 |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Vazyme | R401-01 |
| RNA定量 | NanoDrop 2000分光光度计 | Allsheng | Nano-100 |
| 逆转录 | HiScript III第一链cDNA合成试剂盒 | Vazyme | R312-02 |
| HiScript II Q RT SuperMix | Vazyme | R223-01 | |
| RT-PCR | HiScript Universal SYBR qPCR Master Mix | Vazyme | Q511-02 |
| Pikorea196实时荧光定量PCR检测系统 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| Western blot | 细胞裂解液 | Solarbio | R0020 |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Solarbio | PC0020 | |
| 蛋白上样缓冲液 | New Saimei Biotechnology, Inc. | WB2001 | |
| PVDF膜 | Millipore | IPVH00010 | |
| 封闭液 | Beyotime | P0252 | |
| 增强化学发光试剂盒 | Kemix | KE0101 | |
| Amersham Imager 680成像仪 | US GE | -- | |
| 流式细胞术 | APC-CD86抗体 | Proteintech | APC-65165 |
| PE-CD163抗体 | Proteintech | PE-65169 | |
| 凋亡检测 | 凋亡分析试剂盒 | Elabscience | E-CK-A211 |
| 流式细胞术 | BD FACS CaliburTM流式细胞仪 | BD Biosciences | 342975 |
| 亚细胞定位 | NE-PER™ 核和胞质提取试剂 | Thermo Scientific | 78833 |
| RNA pulldown | PCR扩增试剂盒 | Takara | R011 |
| T7 RNA聚合酶 | Roche | 10881775001 | |
| GeneJET RNA纯化试剂盒 | Thermo Scientific | K0731 | |
| Pierce RNA 3'末端生物素标记试剂盒 | Thermo Scientific | 20163 | |
| Pierce™磁性RNA-蛋白质Pull-Down试剂盒 | Thermo Scientific | 20164 | |
| Pierce™质谱兼容银染试剂盒 | Thermo Scientific | 24600 | |
| RIP | Magna RIP试剂盒 | Millipore | 17-700 |
| 蛋白酶K | Sigma-Aldrich | 70663 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与处理 | 细胞系来源和培养基配方(RPMI-1640或DMEM,10% FBS,1% 青霉素-链霉素),培养条件(37°C,5% CO2) 阅读提示:Methods: Clinical samples and cell lines |
| 巨噬细胞极化 | THP-1细胞分化条件(300 nM PMA 处理48小时),M1极化条件(20 ng/mL IFN-γ 处理48小时),M2极化条件(20 ng/mL IL-4 处理48小时) 阅读提示:Methods: Model of macrophage polarization |
| 质粒构建与转染 | LINC00330过表达质粒(pCMV6-LINC00330)和敲低质粒(pLKO.1-sh-LINC00330)的构建和序列,转染试剂(Lipofectamine2000或PEI),稳定细胞系筛选条件(1 μg/mL 嘌呤霉素处理1周) 阅读提示:Methods: Plasmid construction and cell transfection |
| 细胞功能实验 | CCK-8实验细胞密度(10^3细胞/孔),Transwell实验细胞数(4×10^4细胞/孔)和侵袭时间(28小时),凋亡检测试剂盒和染色时间(15分钟) 阅读提示:Methods: Cell proliferation and invasion, Flow cytometry |
| RNA提取与RT-PCR | RNA提取试剂(TRIzol),逆转录试剂盒(HiScript III 1st Strand cDNA Synthesis Kit, HiScript II Q RT SuperMix),qPCR Master Mix(HiScript Universal SYBR qPCR Master Mix),内参基因(GAPDH),相对定量方法(2^-ΔΔCt) 阅读提示:Methods: RNA extraction and real-time polymerase chain reaction |
| Western blot | 蛋白裂解液和BCA定量试剂盒,SDS-PAGE凝胶浓度(12%),一抗信息(E-cadherin, Snail, Vimentin, N-cadherin, CCL2, CCR2, p-ERK1/2, p-AKT, p-STAT3, p-mTORC1, GAPDH)及稀释比例(未明确说明),二抗孵育时间和浓度(1/10,000) 阅读提示:Methods: Western blot analysis |
| 流式细胞术 | 单细胞悬液制备,抗体(APC-CD86, PE-CD163)和同型对照,凋亡检测试剂盒(FITC/PI),上机仪器(BD FACS CaliburTM) 阅读提示:Methods: Flow cytometry |
| 亚细胞定位 | 细胞数量(5×10^6),NE-PER试剂盒操作步骤,离心条件(约16,000×g),RNA提取和RT-PCR检测LINC00330和CCL2 阅读提示:Methods: Subcellular localization assay |
| RNA pulldown | RNA探针(生物素标记的正义和反义序列),磁珠(链霉亲和素偶联),细胞裂解液(EC109),洗脱和银染步骤 阅读提示:Methods: LINC00330 RNA pulldown, silver staining, and western blotting |
| RIP | 细胞裂解液(100 μL),抗体(CCL2),蛋白酶K处理,RNA纯化和RT-PCR 阅读提示:Methods: RNA immunoprecipitation assay |
| 体内异种移植瘤实验 | 小鼠品系和年龄(BALB/c, 6-8周龄),细胞注射量(5×10^6细胞/0.1mL),观察时间(4-6周),肿瘤体积计算公式(V=L×W^2×0.5) 阅读提示:Methods: Xenograft experiments |
| 统计分析 | 实验重复次数(至少三次),数据表示方法(均值±SD),统计检验方法(t检验,ANOVA,Pearson相关性,Kaplan-Meier log-rank检验),显著性阈值(P<0.05) 阅读提示:Methods: Statistical analysis |