单细胞转录组分析
识别肝细胞和非实质细胞在PH后的动态变化
对PH后0、24、48小时的小鼠肝脏进行scRNA-seq,识别19个簇,包括肝细胞和NPCs。
Neutrophil and macrophage crosstalk might be a potential target for liver regeneration.
包含scRNA-seq分析、中性粒细胞耗竭动物实验、共培养实验和分子检测等多个独立验证层。
小鼠部分肝切除(PH)模型 C57BL/6小鼠 原代肝细胞和免疫细胞
中性粒细胞耗竭抗体的剂量(50 μg/天,PH前7天和PH后一次) PH手术切除肝叶的比例(右中叶30%、左中叶10%、左外侧叶30%) 分析时间点(PH后0、24、48小时) 小鼠周龄和性别(6-8周龄雄性C57BL/6)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别肝细胞和非实质细胞在PH后的动态变化
对PH后0、24、48小时的小鼠肝脏进行scRNA-seq,识别19个簇,包括肝细胞和NPCs。
验证中性粒细胞在肝脏再生中的功能
使用anti-Ly6G和anti-Gr-1抗体耗竭中性粒细胞,进行PH手术,评估存活率、肝脏重量、血清ALT/AST、增殖标志物。
探究中性粒细胞与其他免疫细胞的相互作用
使用CellChat分析scRNA-seq数据,确定中性粒细胞与巨噬细胞的相互作用。
验证中性粒细胞对单核细胞分化的影响
将骨髓来源的单核细胞与中性粒细胞共培养,检测巨噬细胞分化。
识别与肝脏再生相关的基因模块
使用WGCNA分析不同临床性状(如衰老、高脂饮食、PH)下的基因模块。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| scRNA-seq数据分析 | Seurat包 | -- | -- |
| harmony包 | -- | -- | |
| monocle | -- | -- | |
| 中性粒细胞耗竭实验 | InVivoMAb抗小鼠LY6G抗体 | Bio X Cell | BP0075-1 |
| InVivoMAb抗小鼠Ly6G/Ly6C (Gr-1)抗体 | Bio X Cell | BE0075 | |
| 抗大鼠IgG2a抗体 | Bio X Cell | BE0122 | |
| 大鼠IgG2a同型对照 | Bio X Cell | BP0089 | |
| 中性粒细胞分离 | Histopaque1077 | Sigma | -- |
| Histopaque1119 | Sigma | -- | |
| 细胞培养 | 胎牛血清 | Gibco | -- |
| 流式细胞术 | 可固定活性染料780 | BD Biosciences | 565388 |
| 抗小鼠CD45抗体 | TONBO | 75-0451-U100 | |
| 抗小鼠CD11b抗体 | TONBO | 85-0112-U100 | |
| 抗小鼠Ly6G抗体 | BioLegend | 127633 | |
| 抗小鼠F4/80抗体 | BioLegend | 123137 | |
| 抗小鼠Ly6C抗体 | TONBO | 20-5932-U100 | |
| 抗小鼠CLEC4F抗体 | BioLegend | 156804 | |
| BD Aria III流式细胞分选仪 | BD Biosciences | -- | |
| Western blot | Trizol试剂 | Invitrogen | -- |
| RT-qPCR | PrimeScript RT预混液 | Takara | -- |
| Q6实时荧光定量PCR仪 | Applied Biosystems | -- | |
| SYBR Green预混液 | Takara | -- | |
| 免疫荧光和免疫组化 | 牛血清白蛋白 | Sigma | A7906 |
| 抗Ly6G抗体 | Abcam | ab238132 | |
| 抗Ki67抗体 | Abcam | ab15580 | |
| 抗Pcna抗体 | Abcam | ab18197 | |
| HRP标记的山羊抗兔IgG | Proteintech | PR30011 | |
| CoraLite488标记的山羊抗兔IgG | Proteintech | SA00013-2 | |
| 罗丹明标记的山羊抗小鼠IgG | Proteintech | SA00007-2 | |
| 4',6-二脒基-2-苯基吲哚 | Abcam | -- | |
| 组织学分析 | 奥林巴斯显微镜 | Olympus | -- |
| 血清分析 | ALT检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-K235-M |
| AST检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-K236-M | |
| 数据分析 | ImageJ | NIH | -- |
| Prism | GraphPad Software Inc. | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| PH手术模型 | 切除的肝叶比例(右中叶30%、左中叶10%、左外侧叶30%) 阅读提示:Materials and methods: Animal experiments |
| PH手术模型 | 小鼠周龄、性别、品系和供应商 阅读提示:Materials and methods: Animal experiments |
| 中性粒细胞耗竭 | 抗体类型和剂量(50 μg/天,PH前7天和PH后一次) 阅读提示:Materials and methods: Animal experiments, Figure 7C |
| 分析时间点 | PH后0、24、48小时的样本采集 阅读提示:Results section, Figure legends |
| 流式细胞术 | 抗体的稀释比例和孵育条件 阅读提示:Materials and methods: Flow cytometry |