临床样本和数据库分析MSI2表达及与铁死亡相关基因的相关性
评估MSI2在CRC中的表达水平及其与铁死亡抑制分子的关联。
使用TCGA、GEPIA、CPTAC数据库分析MSI2表达;对50对临床CRC标本进行qRT-PCR和免疫荧光检测;分析MSI2与铁死亡相关基因的相关性。
Musashi-2 Deficiency Triggers Colorectal Cancer Ferroptosis by Downregulating the MAPK Signaling Cascade to Inhibit HSPB1 Phosphorylation.
包含体外细胞实验(增殖、迁移、侵袭、铁死亡表型)、体内异种移植和转移模型、CAC小鼠模型、蛋白质组学及机制验证(Co-IP、Western blot)等多个独立证据层级,并进行功能验证和机制验证。
结直肠癌细胞系SW620、LOVO、HT29 M-NSG小鼠异种移植瘤模型 M-NSG小鼠肝转移和肺转移模型 MSI2敲除CAC小鼠模型
MSI2敲低或过表达的稳定细胞系构建(shRNA序列及嘌呤霉素筛选) erastin处理浓度(1-10 μg/mL)和时间(8-24h) ferrostatin-1处理浓度(10和20 μM) 体内模型细胞注射数量(1×10^6细胞)及小鼠品系 HSPB1过表达质粒挽救了MSI2敲低表型
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估MSI2在CRC中的表达水平及其与铁死亡抑制分子的关联。
使用TCGA、GEPIA、CPTAC数据库分析MSI2表达;对50对临床CRC标本进行qRT-PCR和免疫荧光检测;分析MSI2与铁死亡相关基因的相关性。
确定MSI2是否影响CRC细胞的恶性表型。
在SW620、LOVO和HT29细胞中敲低或过表达MSI2,通过CCK-8、集落形成、Transwell迁移和侵袭实验评估细胞功能。
确定MSI2是否调控CRC细胞的铁死亡过程。
检测MSI2敲低或过表达后的ROS水平、脂质ROS、erastin诱导的细胞死亡、铁离子水平、GSH水平和线粒体形态。
阐明MSI2调控铁死亡的分子机制。
通过4D无标记蛋白质组学分析鉴定差异表达蛋白,用Co-IP验证MSI2与p-ERK的相互作用,Western blot验证MAPK通路及铁死亡相关蛋白表达。
证实MSI2在体内对CRC肿瘤生长和转移的作用。
建立异种移植瘤模型、肝转移模型、肺转移模型和CAC小鼠模型,观察肿瘤生长和转移情况,并通过IHC分析蛋白表达。
验证HSPB1是否能逆转MSI2缺失引起的铁死亡表型。
在MSI2敲低的SW620和LOVO细胞中过表达HSPB1,检测铁死亡相关指标、细胞存活和体内肿瘤生长。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | HyClone | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素/链霉素 | HyClone | -- | |
| 细胞功能检测 | CCK-8试剂盒 | Yeasen | #40203ES76 |
| 铁死亡诱导 | Erastin | Selleck | #S7242 |
| 铁死亡抑制 | Ferrostatin-1 | Selleck | #S7243 |
| 铁离子检测 | 细胞总铁比色检测试剂盒 | Elabscience | #E-BC-K880-M |
| 细胞亚铁比色检测试剂盒 | Elabscience | #E-BC-K881-M | |
| GSH检测 | 还原型谷胱甘肽检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering | #A006-2-1 |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | #15596026 |
| cDNA合成 | FastKing gDNA去除RT Super Mix | TIANGEN | #KR118 |
| qRT-PCR | Super Real Pre-Mix Plus (SYBR Green) | TIANGEN | #FP205 |
| LightCycler480 II | Roche | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Solarbio | #R0010 |
| InStab蛋白酶抑制剂混合物 | Yeasen | #20124ES03 | |
| InStab磷酸酶抑制剂混合物 | Yeasen | #20109ES05 | |
| Pierce BCA蛋白检测试剂盒 | Thermo Fisher | #23227 | |
| 抗体 | MSI2抗体 | Abcam | #ab76148 |
| HSPB1抗体 | PTMBIO | #PTM-6188 | |
| p-HSPB1(Ser78)抗体 | PTMBIO | #PTM-6652 | |
| TFRC抗体 | Affinity | #AF5343 | |
| FTH1抗体 | Affinity | #DF6278 | |
| ACSL4抗体 | PTMBIO | #PTM-6141 | |
| GPX4抗体 | Abcam | #ab125066 | |
| actin抗体 | Sungene Biotech | #KM9001T | |
| β-tubulin抗体 | Sungene Biotech | #KM9003T | |
| P42/44抗体 | CST | #4695S | |
| p-P42/44抗体 | CST | #4370S | |
| P38抗体 | ZENBIO | #200782 | |
| p-P38抗体 | ZENBIO | #310091 | |
| MAPKAPK2抗体 | ZENBIO | #R27028 | |
| p-MAPKAPK2抗体 | ZENBIO | #310236 | |
| MAPK13抗体 | ZENBIO | #310008 | |
| PCNA抗体 | ZENBIO | #200947-2E1 | |
| HRP标记的山羊抗兔IgG | HUABIO | #HA1001 | |
| HRP标记的山羊抗小鼠IgG | HUABIO | #HA1006 | |
| 免疫共沉淀 | Protein A/G免疫沉淀磁珠 | Epizyme | YJ201 |
| 流式分析 | JC-1线粒体膜电位检测试剂盒 | LABLEAD | #J22202 |
| CellROX Deep Red (H2DCFDA) | Invitrogen | #C10422 | |
| BODIPY 581/591 C11 (C11-BODIPY) | Invitrogen | #D3861 | |
| 细胞死亡检测 | Annexin V-APC细胞凋亡检测试剂盒 | KeyGEN BioTECH | #KGA1021 |
| 流式分析 | CytoFlex流式细胞仪 | Beckman | -- |
| 免疫荧光 | TUNEL细胞死亡检测试剂盒(FITC) | Yeasen | #40306ES50 |
| Alexa Fluor 594二抗 | ZENBIO | #550043 | |
| Alexa Fluor 488二抗 | ZENBIO | #550037 | |
| DAPI核染色液 | ZETALIFE | -- | |
| 动物实验 | 氧化偶氮甲烷(AOM) | Sigma | -- |
| 葡聚糖硫酸钠(DSS) | MP Biomedicals | mol wt. 36-50 kDa | |
| 透射电镜 | Leica EM UC7超薄切片机 | Leica | -- |
| HITACHI HT7800透射电子显微镜 120 kV | HITACHI | -- | |
| 组织学 | Leica Aperio Versa 200显微镜 | Leica | -- |
| 免疫组化 | Ki67抗体 | Servicebio | #GB111499 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养和稳定细胞系构建 | 细胞系来源和STR鉴定、培养基成分、质粒转染试剂、shRNA序列、嘌呤霉素筛选浓度 阅读提示:Materials and Methods 中的 Cell Culture, Reagents and Detection 和 Establishment of Stable Cell Lines |
| 铁死亡诱导和检测 | erastin浓度、处理时间、ferrostatin-1浓度、ROS和脂质ROS检测试剂 阅读提示:Materials and Methods 中的 Cell Culture, Reagents and Detection 和 图3图注 |
| 体内实验 | 小鼠品系、细胞注射数量、肿瘤体积测量方法、转移模型建立方法、CAC模型诱导方法 阅读提示:Materials and Methods 中的 In Vivo Experiments 和 图6图注 |
| 机制验证实验 | Co-IP抗体、蛋白质组学分析方法、MAPK通路蛋白抗体 阅读提示:Materials and Methods 中的 Co-Immunoprecipitation 和 4D Label-free Proteomic Analysis,以及图5图注 |