临床样本与动物模型验证ACSS2表达
确定ACSS2在DN肾损伤中的表达变化
通过PAS染色和免疫组化检测DN患者肾组织病理变化及ACSS2表达,免疫荧光共染ACSS2与足细胞标记物WT-1;Western blot检测db/db小鼠和STZ诱导糖尿病小鼠肾脏ACSS2表达。
Activation of acetyl-CoA synthetase 2 mediates kidney injury in diabetic nephropathy.
研究包含患者肾组织、足细胞体外模型、ACSS2敲除及药理抑制糖尿病小鼠模型等多层级验证,且包含功能验证和机制验证。
人肾活检组织(DN患者与正常肾组织) 小鼠足细胞系(SV40永生化) STZ诱导的糖尿病小鼠模型(野生型与ACSS2敲除) db/db小鼠模型
ACSS2在DN患者和糖尿病小鼠足细胞中的表达升高 高糖环境下ACSS2促进足细胞表型转化及炎症因子表达,抑制自噬 ACSS2通过H3K9ac表观遗传激活raptor,促进mTORC1通路激活 ACSS2抑制剂或基因敲除改善STZ小鼠肾损伤、白蛋白尿及足细胞损伤 TFEB作为mTORC1下游效应分子介导自噬抑制
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定ACSS2在DN肾损伤中的表达变化
通过PAS染色和免疫组化检测DN患者肾组织病理变化及ACSS2表达,免疫荧光共染ACSS2与足细胞标记物WT-1;Western blot检测db/db小鼠和STZ诱导糖尿病小鼠肾脏ACSS2表达。
验证ACSS2在足细胞损伤中的作用
用高糖(30 mmol/L)处理小鼠足细胞,转染ACSS2 siRNA或给予ACSS2抑制剂(10 μmol/L)24小时,检测ACSS2、nephrin、α-SMA、炎症因子及自噬标志物。
在体内验证ACSS2缺失对肾损伤的保护作用
通过CRISPR/Cas9生成全身ACSS2敲除小鼠,STZ诱导糖尿病,检测血糖、肾脏重量/体重比、尿白蛋白肌酐比、肾组织病理及自噬标志物。
确定ACSS2缺失影响的信号通路
对糖尿病和糖尿病ACSS2 KO小鼠肾皮质进行RNA-Seq,鉴定差异表达基因,KEGG和GSEA分析,发现mTORC1相关通路富集。
验证ACSS2通过表观遗传调控raptor表达及mTORC1信号
Western blot和免疫荧光检测mTORC1通路蛋白(raptor、p-mTOR、p-S6K1、p-4EBP);ChIP检测raptor启动子H3K9ac水平;使用OSS_128167(抑制H3K9去乙酰化)进行回补实验。
验证TFEB在ACSS2介导的自噬抑制中的作用
检测ACSS2抑制剂或siRNA处理后p-TFEB水平及TFEB核转位,并通过TFEB siRNA敲低验证自噬基因表达变化。
验证药理抑制ACSS2对肾损伤的治疗潜力
STZ诱导糖尿病小鼠给予ACSS2抑制剂(50 mg/kg灌胃,12周),检测肾损伤指标及自噬相关变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物模型诱导 | 链脲佐菌素 | MilliporeSigma | S0130 |
| 药物干预 | ACSS2抑制剂 | Selleck Chemicals | S8588 |
| 尿蛋白检测 | 小鼠白蛋白ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-M0792c |
| 尿肌酐检测 | 肌酐检测试剂盒 | Jiancheng | C011-2-1 |
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | Wisent | -- |
| 胎牛血清 | 文中未明确说明 | -- | |
| 重组小鼠γ-干扰素 | PeproTech | -- | |
| siRNA转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| RNA提取 | Trizol试剂 | Vazyme | R401-01 |
| RT-qPCR | SYBR Green试剂 | Vazyme | Q711-02 |
| ABI 7300 PCR仪 | Applied Biosystems | -- | |
| Western blot | 抗ACSS2抗体 | Abcam | ab133664 |
| 抗p62抗体 | Abcam | ab56416 | |
| 抗S6K1抗体 | Abcam | ab32529 | |
| 抗磷酸化S6K1抗体 | Abcam | ab59208 | |
| 抗nephrin抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-376522 | |
| 抗α-SMA抗体 | Proteintech | 14395-1-AP | |
| 抗LC3抗体 | Proteintech | 14600-1-AP | |
| 抗Raptor抗体 | Cell Signaling Technology | 2280 | |
| 抗mTOR抗体 | Cell Signaling Technology | 2983 | |
| 抗磷酸化mTOR抗体 | Cell Signaling Technology | 5536 | |
| 抗4EBP抗体 | Cell Signaling Technology | 9644 | |
| 抗磷酸化4EBP抗体 | Cell Signaling Technology | 2855 | |
| 抗H3K9ac抗体 | Cell Signaling Technology | 9649 | |
| 免疫荧光 | 共聚焦显微镜(FV3000) | Olympus | FV3000 |
| RNA测序 | Illumina NovaSeq 6000测序仪 | Illumina | -- |
| 统计分析 | GraphPad Prism 7.0软件 | GraphPad | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 人类肾活检样本 | DN患者10例,对照组肾癌旁组织5例;ACSS2表达检测方法(IHC、IF) 阅读提示:Methods: Human kidney biopsy specimens; Results: Figure 1 |
| STZ诱导糖尿病小鼠模型 | 小鼠品系(C57BL/6J)、性别(雄性)、8周龄;STZ剂量(50 mg/kg连续5天,腹腔注射);分组及样本量(Ctrl n=6, ACSS2 KO n=5, DM n=6, KO+DM n=6);12周后处死;血糖标准(>16.7 mmol/L) 阅读提示:Methods: STZ-induced mouse model; Figure 3 |
| ACSS2抑制剂处理 | ACSS2抑制剂来源(Selleck)、给药剂量(50 mg/kg灌胃,每日一次,持续12周);分组(Ctrl, DM, DM+抑制剂,各n=6) 阅读提示:Methods: Intervention of ACSS2 inhibitor; Figure 5 |
| 细胞培养与高糖处理 | 小鼠足细胞系来源;培养条件(RPMI 1640, 10% FBS, 10 U/mL γ-IFN,增殖33°C, 分化37°C至少7天);高糖浓度(30 mmol/L);对照(11 mmol/L);siRNA或抑制剂处理时间(24h) 阅读提示:Methods: Cell culture, siRNA transfection, and inhibitors; Figure 2 |
| 分子检测 | Western blot抗体及货号;RT-qPCR引物序列(Supplemental Table 1);ChIP实验条件(抗体H3K9ac,raptor引物) 阅读提示:Methods: Western blotting; RNA extraction...; ChIP assay; Supplemental Tables |
| 转录组分析 | RNA-Seq平台(NovaSeq 6000),DEG筛选阈值(FDR<0.05,fold-change>2或<0.5) 阅读提示:Methods: RNA-Seq; Results: Figure 4A |