差异基因筛选与验证
识别PND模型中差异表达的基因,并验证Cirbp表达变化
使用GEO数据库GSE95426筛选差异基因,绘制火山图;通过qRT-PCR验证PND小鼠海马中Cirbp mRNA表达。
The cold-inducible RNA-binding protein-Thioredoxin 1 pathway ameliorates mitochondrial dysfunction and mitochondrial dynamin-related protein 1 level in the hippocampus of aged mice with perioperative neurocognitive dysfunction.
包含GEO数据库筛选、PND小鼠模型(胫骨骨折手术)、Cirbp过表达与Trx1抑制剂干预、行为学、分子与形态学等多层级验证。
老龄C57BL/6小鼠胫骨骨折手术PND模型 小鼠海马组织
PND模型建立:18月龄雄性C57BL/6小鼠行胫骨骨折手术 Cirbp过表达:海马立体定向注射over-Cirbp质粒(1μg/μl,每侧3μl),术前48小时 Trx1抑制:腹腔注射PX-12(25 mg/kg),术前30分钟 认知评估:Morris水迷宫训练7天(术前第7至第1天),探针试验于术后第1和3天 分组:sham、surgery、surgery+over-Cirbp、surgery+over-vector、surgery+over-Cirbp+PX-12
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别PND模型中差异表达的基因,并验证Cirbp表达变化
使用GEO数据库GSE95426筛选差异基因,绘制火山图;通过qRT-PCR验证PND小鼠海马中Cirbp mRNA表达。
构建PND模型并实施Cirbp过表达和Trx1抑制干预
对18月龄小鼠行胫骨骨折手术建立PND模型。手术前2天海马注射over-Cirbp或over-vector质粒,部分小鼠术前30分钟腹腔注射PX-12。
评估Cirbp过表达对PND小鼠认知功能的影响
进行Morris水迷宫测试,包括训练试验和探针试验,记录逃避潜伏期、平台穿越次数和目标象限停留时间。
检测Cirbp、Trx1、Drp1和cytc的表达水平
提取海马组织,分离线粒体和胞浆,通过WB检测Cirbp、Trx1、Drp1和cytc的蛋白水平;通过IF检测Cirbp表达。
评估Cirbp过表达对线粒体功能和氧化应激的影响
使用ELISA检测TNF-α和IL-6,使用试剂盒测定MDA含量和SOD活性,使用TEM观察线粒体形态,使用TUNEL检测凋亡。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 基因表达分析 | TRIzol试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| qRT-PCR | HiScript® III RT SuperMix试剂盒 | Vazyme | -- |
| 2× ChamQ SYBR® qPCR预混液试剂盒 | Vazyme | -- | |
| 体内转染 | Entranster-in vivo DNA转染试剂 | Engreen | 18668-11-2 |
| 药物处理 | PX-12 | Selleck | -- |
| 线粒体提取 | 动物组织线粒体提取试剂盒 | Beyotime Institute of Biotechnology | C3606 |
| 蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | CWBIO | -- |
| Western blot | 化学发光HRP底物 | Tanon 4600 | -- |
| 免疫荧光 | 抗Cirbp抗体 | Proteintech | 10209-2-AP |
| 山羊抗兔IgG | Proteintech | SA00013-2 | |
| DAPI | -- | -- | |
| ELISA | TNF-α ELISA试剂盒 | MultiSciences | EK282 |
| IL-6 ELISA试剂盒 | MultiSciences | EK206 | |
| 氧化应激检测 | MDA检测试剂盒 | Beyotime Biotech | S0131S |
| SOD检测试剂盒 | Elabscience | E-BC-K022-M | |
| 透射电镜 | 透射电子显微镜 | HITACHI | HT7700-SS |
| 凋亡检测 | CoraLite®594 TUNEL凋亡检测试剂盒 | Proteintech | PF00009 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| PND模型建立 | 动物品系、年龄、性别、体重;手术方式(胫骨骨折内固定);麻醉药物及剂量;术后处理(镇痛) 阅读提示:Methods 2.2 Animals, 2.8 Establishing the PND mouse model |
| Cirbp过表达 | 质粒构建及对照;转染试剂浓度及用量;注射体积、坐标、时间 阅读提示:Methods 2.5 Transfection of the plasmid in vivo |
| 药物处理 | PX-12剂量、给药途径、时间;溶剂配制 阅读提示:Methods 2.6 Drug administration |
| 行为学测试 | Morris水迷宫训练天数、探针试验时间点、记录指标 阅读提示:Methods 2.7 Morris water maze |
| 分子检测 | 抗体稀释比例、内参蛋白、组织裂解及线粒体提取方法 阅读提示:Methods 2.9-2.12 |