检测ER应激通路在PNF中的激活
验证ER应激通路在人和小鼠PNF中是否被激活
使用KEGG通路分析和GSEA分析已发表数据,Western blot检测DRG和PNF组织中ER应激相关蛋白表达。
Runx1/3-driven adaptive endoplasmic reticulum stress pathways contribute to neurofibromagenesis.
包含细胞球体外实验、药理学和遗传学抑制、细胞移植模型、基因敲除小鼠模型、人样本验证及机制研究,功能验证和机制验证明确。
小鼠施万细胞前体(SCP)神经纤维瘤球培养体系 Nf1fl/fl;DhhCre 小鼠模型 Perkfl/fl;Nf1fl/fl;DhhCre 小鼠模型 裸鼠细胞移植模型
PERK抑制剂GSK2606414处理神经纤维瘤球(浓度范围,文中未明确说明全部浓度) Perk shRNA敲低后神经纤维瘤球数量变化 Perk条件敲除小鼠(Perkfl/fl;Nf1fl/fl;DhhCre)的肿瘤数量和大小对比 ATF4与p21基因启动子结合(ChIP实验) Exportin-1抑制剂KPT-330处理对p21转位的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证ER应激通路在人和小鼠PNF中是否被激活
使用KEGG通路分析和GSEA分析已发表数据,Western blot检测DRG和PNF组织中ER应激相关蛋白表达。
验证PERK是否是神经纤维瘤细胞生长所必需的
使用PERK抑制剂GSK2606414处理WT和Nf1−/− DRG球以及PNF来源的球,检测球形成数量;使用shRNA敲低Perk验证特异性。
验证PERK在体内对神经纤维瘤形成和生长的作用
将shPerk或shNT处理的神经纤维瘤球移植到裸鼠皮下,观察肿瘤形成;在Perk条件敲除小鼠中分析肿瘤数目、大小和生存期。
检测ATF4下游靶基因p21在PNF中的表达和定位变化
通过Western blot检测总p21和磷酸化p21,免疫组化和免疫荧光检测p21在细胞核和细胞质的分布。
确认ATF4是否直接结合p21基因并调控其表达和转位
使用ChIP实验检测ATF4在p21内含子区域的结合,并用shATF4处理神经纤维瘤球检测p21变化。
验证Exportin-1是否介导p21从细胞核向细胞质的转位
使用p21免疫沉淀检测与XPO-1的相互作用,并用XPO-1抑制剂KPT-330处理神经纤维瘤球观察p21定位变化。
验证Runx转录因子是否调控核糖体基因表达和蛋白质合成,从而适应ER应激
使用基因本体分析、RNA-seq数据分析、qRT-PCR检测核糖体基因表达,并使用Click-iT蛋白合成试剂盒检测蛋白质合成速率。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | GSK2606414 | EMD Millipore | -- |
| KPT-330 | AdooQ Bioscience | -- | |
| CB-5083 | Chemgood | -- | |
| 动物实验 | PD-0325901 | Pfizer | -- |
| 细胞培养 | 二甲基亚砜 | Sigma-Aldrich | -- |
| 动物实验 | 甲基纤维素 | Sigma-Aldrich | -- |
| 聚山梨酯80 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 细胞培养 | Lenti-X浓缩器 | Takara Bio Inc | -- |
| Western blot | 抗小鼠PERK抗体 | Cell Signaling Technology | 3192S |
| 抗p-PERK抗体 | Cell Signaling Technology | 3179S | |
| 抗IRE1α抗体 | Cell Signaling Technology | 43294S | |
| 抗ATF6抗体 | Cell Signaling Technology | 65880 | |
| 抗p-eIF2α抗体 | Cell Signaling Technology | 3398S | |
| 抗ATF4抗体 | Cell Signaling Technology | 11815S | |
| 抗ERK1/2抗体 | Cell Signaling Technology | 4695S | |
| 抗p-ERK抗体 | Cell Signaling Technology | 5726S | |
| 抗CHOP抗体 | Cell Signaling Technology | 5554S | |
| 抗PARP抗体 | Cell Signaling Technology | 9542S | |
| 抗XPO-1抗体 | Cell Signaling Technology | 46249 | |
| 抗lamin B1抗体 | Cell Signaling Technology | 12586S | |
| 抗GAPDH抗体 | Cell Signaling Technology | 3683S | |
| 抗β-actin抗体 | Cell Signaling Technology | 5125S | |
| 抗p21抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-6246 | |
| 抗p-p21抗体 | Elabscience | E-AB-20947 | |
| 免疫组化/免疫荧光 | Ki67抗体 | Cell Signaling Technology | 12202S |
| 免疫组化 | Elite ABC试剂盒 | Vector Laboratories | -- |
| 免疫组化/免疫荧光 | DAPI | -- | -- |
| 免疫荧光 | Fluoromount G封片剂 | Electron Microscopy Sciences | -- |
| TUNEL检测 | 原位细胞死亡检测试剂盒 | Roche Diagnostics | 12156792910 |
| RNA提取与qRT-PCR | RNeasy试剂盒 | Qiagen | -- |
| cDNA合成 | High-Capacity cDNA逆转录试剂盒 | Life Technologies | -- |
| qRT-PCR | SYBR Green | Applied Biosystems | -- |
| 蛋白质合成检测 | Click-iT HPG Alexa Fluor 594蛋白质合成检测试剂盒 | ThermoFisher | C10429 |
| 显微观察 | Olympus CKX41显微镜 | Olympus | -- |
| 荧光显微观察 | Zeiss Axiovert 200 M显微镜 | Zeiss | -- |
| 共聚焦显微观察 | Nikon C2共聚焦显微镜 | Nikon | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与球形成实验 | 细胞密度、培养基成分、处理浓度和时间 阅读提示:Methods部分 'Mouse embryonic and neurofibroma cell derived sphere treatment' |
| Western blot | 抗体稀释度、孵育时间、蛋白上样量 阅读提示:Methods部分 'Western blots' |
| 动物实验 | 小鼠品系、基因型、给药剂量和途径、观察时间点 阅读提示:Methods部分 'Animals' 和 'Tumorigenesis assay in nude mice' |
| qRT-PCR | 引物序列、内参基因、循环条件 阅读提示:Methods部分 'Quantitative real-time PCR (qRT-PCR)' |
| 免疫沉淀 | 裂解液成分、抗体使用量、洗涤条件 阅读提示:Methods部分 'Immunoprecipitation assay' |
| 免疫组化/免疫荧光 | 抗原修复条件、抗体浓度、孵育时间 阅读提示:Methods部分 'Immunohistochemistry and immunofluorescence' |