泛癌分析ACE2表达和免疫相关性
评估ACE2在不同癌症中的表达模式及其与免疫特征的相关性
基于TCGA RNA-seq数据,分析ACE2表达,并计算其与免疫调节因子、TIICs、免疫检查点和TMB的相关性
Angiotensin-converting enzyme 2 identifies immuno-hot tumors suggesting angiotensin-(1-7) as a sensitizer for chemotherapy and immunotherapy in breast cancer.
包含TCGA和METABRIC生物信息学分析、TMA免疫组化验证、细胞实验(ACE2过表达)、BALB/c小鼠模型药效评估以及患者血浆样本分析,涉及多个独立证据层级和功能验证。
BALB/c小鼠4T1乳腺癌移植瘤模型 MDA-MB-231细胞系 乳腺癌组织微阵列(TMA) 接受新辅助化疗的乳腺癌患者血浆样本
ACE2表达高低分组(中位数截断值) Ang-1-7给药剂量(1 mg/kg,皮下注射) 多西他赛给药剂量(10 mg/kg,腹腔注射) 抗PD-1抗体给药剂量(200 μg,腹腔注射) TMA队列中ACE2表达与CD8+ T细胞浸润和PD-L1表达的相关性
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估ACE2在不同癌症中的表达模式及其与免疫特征的相关性
基于TCGA RNA-seq数据,分析ACE2表达,并计算其与免疫调节因子、TIICs、免疫检查点和TMB的相关性
验证ACE2表达与乳腺癌炎症性TME和免疫表型的关联
在TCGA-BC和METABRIC队列中,根据ACE2表达中位数分组,比较免疫调节因子、TIICs浸润、癌症免疫循环活性、免疫检查点表达、T细胞炎症评分、TMB、MMR缺陷状态和IPS评分
在临床样本中验证ACE2表达与免疫表型和临床特征的关系
对包含125例乳腺癌和15例癌旁组织的TMA进行IHC染色,评估ACE2、CD8和PD-L1表达,并根据CD8+ T细胞空间分布划分免疫表型
评估ACE2过表达对乳腺癌细胞增殖和PD-L1表达的影响
在MDA-MB-231细胞中过表达ACE2,通过CCK-8、qPCR和Western blot检测细胞增殖和PD-L1表达
评估Ang-1-7对化疗和免疫治疗的增敏作用
在BALB/c小鼠4T1移植瘤模型中,使用Ang-1-7、多西他赛、抗PD-1单药或联合治疗,监测肿瘤体积和重量,并检测肿瘤组织中CD3+和CD8+ T细胞浸润及细胞因子表达
评估血浆Ang-1-7水平与新辅助化疗反应的关系
收集30例接受多西他赛新辅助化疗的乳腺癌患者化疗前后血浆,ELISA检测Ang-1-7水平,并与Miller-Payne标准评估的反应进行相关性分析
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | Leibovitz's L-15培养基 | KeyGEN BioTECH | -- |
| DMEM培养基 | KeyGEN BioTECH | -- | |
| 胎牛血清 | Hyclone | -- | |
| Lipofectamine 3000试剂 | Invitrogen | -- | |
| qRT-PCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| 一步法TB Green™ PrimeScript™ RT-PCR试剂盒II | TaKaRa | -- | |
| Western blotting | 核浆蛋白提取试剂盒 | KeyGEN BioTECH | -- |
| ACE2抗体 | Abcam | ab15348 | |
| PD-L1抗体 | ProteinTech | 17952-1-AP | |
| Tubulin抗体 | ProteinTech | 10094-1-AP | |
| IHC | ACE2抗体 | Abcam | ab15348 |
| CD8抗体 | Abcarta | PA067 | |
| PD-L1抗体 | GeneTech | GT2280 | |
| Aperio数字病理切片扫描仪 | -- | -- | |
| ELISA | Ang-1-7 ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-H5518 |
| 动物实验 | 血管紧张素-(1-7) | MedChemExpress | HY-12403 |
| 多西他赛 | Aladdin | D107320 | |
| PD-1抗体 | BioXCell | BE0273 | |
| IHC | CD8抗体 | ABclonal | A11856 |
| CD3抗体 | ProteinTech | 17617-1-AP | |
| ELISA | IFN-γ ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-M0048 |
| CXCL9 ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-M0020 | |
| CXCL10 ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-M0021 | |
| TGF-β1 ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-0162 | |
| IL-10 ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-M0046 | |
| IHC | OlyVIA玻片扫描仪 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 组学数据获取 | TCGA和METABRIC数据集版本、样本量、数据标准化处理 阅读提示:Methods中“Public datasets retrieval”部分 |
| ACE2表达分组 | ACE2表达中位数截断值(50% cutoff) 阅读提示:Methods中“Assessment of the immunological features in TME of BC”部分 |
| 免疫细胞浸润评估 | 五种算法(TIMER、EPIC、MCP-counter、quanTIseq、TISIDB)的参数设置 阅读提示:Methods中“Assessment of the immunological features in TME of BC”部分 |
| TMA IHC | TMA芯片编号(HBreD050Bc01和HBreD090Bc03)、样本量、抗体稀释度、评分标准(IRS) 阅读提示:Methods中“Immunohistochemistry and semi-quantitative evaluation”部分 |
| 细胞实验 | ACE2过表达质粒转染浓度、转染时间、CCK-8检测时间点 阅读提示:Methods中“Cell culture and plasmid transfection”、“Cell Counting Kit-8 (CCK-8) assay”部分 |
| 动物实验 | 小鼠品系、周龄、体重、细胞接种量、给药剂量和频率、治疗终点 阅读提示:Methods中“Mouse BC model and pharmacodynamic evaluation”部分 |
| 血浆样本分析 | 患者纳入标准、化疗方案、血浆采集时间点、ELISA重复数、Miller-Payne评估标准 阅读提示:Methods中“Clinical samples”和“Enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA)”部分 |