EHMT2表达水平分析
评估EHMT2在HCC中的表达及其临床意义
利用TCGA和GTEx数据库分析EHMT2 mRNA表达,并在HCC患者肿瘤及配对癌旁组织中进行RT-qPCR和Western blot验证,并分析生存预后。
EHMT2 promotes the pathogenesis of hepatocellular carcinoma by epigenetically silencing APC expression.
包含患者样本表达分析、细胞系基因敲除与功能实验(增殖、软琼脂、异种移植)、机制验证(ChIP、报告基因)及抑制剂回复实验,多层级验证。
Hep3B细胞系 Huh1细胞系 裸鼠异种移植模型 HCC患者肿瘤及癌旁组织
EHMT2在HCC中表达升高(mRNA和蛋白水平) EHMT2敲除后细胞增殖、软琼脂集落形成及异种移植瘤生长抑制 EHMT2结合APC启动子并介导H3K9me2沉默APC表达 UNC0642处理抑制H3K9me2、细胞增殖和肿瘤生长,且依赖EHMT2 APC过表达逆转UNC0642对细胞增殖和肿瘤生长的抑制
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估EHMT2在HCC中的表达及其临床意义
利用TCGA和GTEx数据库分析EHMT2 mRNA表达,并在HCC患者肿瘤及配对癌旁组织中进行RT-qPCR和Western blot验证,并分析生存预后。
验证EHMT2在HCC细胞增殖和肿瘤发生中的作用
利用CRISPR/Cas9构建EHMT2敲除的Hep3B和Huh1细胞,通过Ki67染色、MTT、软琼脂集落形成实验和裸鼠异种移植实验检测细胞增殖和肿瘤生长。
验证EHMT2抑制剂对HCC的体外和体内抗肿瘤效应
用UNC0642处理野生型和EHMT2敲除的Hep3B和Huh1细胞,检测H3K9me2水平、细胞增殖、集落形成,并进行异种移植实验评估体内肿瘤生长。
验证EHMT2对Wnt–β-catenin信号的调控
检测β-catenin亚细胞定位,使用TOP/FOP荧光素酶报告基因检测Wnt3a诱导的信号活性,并通过RT-qPCR和Western blot检测靶基因表达和β-catenin蛋白水平。
证明EHMT2直接结合APC启动子并介导H3K9me2沉默APC表达
利用ChIP-PCR检测EHMT2、H3K9me2和PolII在APC启动子的结合,以及UNC0642处理后APC mRNA和蛋白水平变化。
验证APC是EHMT2介导的肿瘤促进功能的关键下游
通过慢病毒稳定过表达APC,检测UNC0642对细胞增殖、集落形成和异种移植肿瘤生长的影响是否被逆转。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | Eagle最低必需培养基 | ATCC | 30-2003 |
| 杜氏改良Eagle培养基 | Gibco | -- | |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素/链霉素 | Gibco | -- | |
| 细胞转染 | PolyJet转染试剂 | Signagen | SL100688 |
| 基因敲除 | pX459质粒 | -- | -- |
| BbsI限制性内切酶 | New England Biolabs | R0539V | |
| 嘌呤霉素 | ThermoFisher Scientific | A1113803 | |
| RNA提取 | TaKaRa MiniBEST通用RNA提取试剂盒 | TaKaRa | 9767 |
| cDNA合成 | PrimeScript™ RT预混液 | TaKaRa | RR036B |
| RT-qPCR | TB Green快速qPCR预混液 | TaKaRa | RR430B |
| Thermal Cycler Dice实时荧光定量PCR仪III | TaKaRa | TP950 | |
| Western blot | 核蛋白提取试剂盒 | Sangon Biotech | C500009 |
| Pierce™ BCA蛋白定量试剂盒 | ThermoFisher Scientific | 23225 | |
| Pierce ECL蛋白印迹底物 | ThermoFisher Scientific | 32106 | |
| 蛋白质印迹成像 | Tanon 5200全自动图像分析系统 | Tanon | -- |
| 抗体 | EHMT2抗体 | Cell Signaling Technology | 3306 |
| β-Actin抗体 | Cell Signaling Technology | 3700 | |
| β-catenin抗体 | Cell Signaling Technology | 8480 | |
| H3K9me2抗体 | ThermoFisher Scientific | 49-1007 | |
| 免疫荧光 | 多聚赖氨酸 | Millipore Sigma | P4707 |
| Triton X-100 | Elabscience Biotechnology | E-IR-R122 | |
| Ki67抗体 | Proteintech | 27309-1-AP | |
| DAPI染料 | ThermoFisher Scientific | D1306 | |
| 徕卡显微镜 | Leica | -- | |
| 细胞增殖 | MTT检测试剂盒 | Abcam | ab211091 |
| Synergy HTX酶标仪 | BioTek | -- | |
| 动物实验 | BALB/c裸鼠 | Shanghai SLAC Laboratory Animal Co., Ltd | -- |
| 药物处理 | UNC0642 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者样本分析 | 样本量(n=33),肿瘤及癌旁组织配对,RNAlater保存,蛋白和RNA提取方法 阅读提示:Methods: Patient specimens |
| 细胞培养与基因敲除 | 细胞系来源(Hep3B: ATCC HB-8064;Huh1: JCRB0199),培养基种类,FBS浓度,sgRNA序列,转染试剂,嘌呤霉素筛选剂量和时间 阅读提示:Methods: Cell culture, Construction of KO cell lines |
| 体外功能实验 | MTT检测细胞数、时间点;软琼脂实验细胞数、培养时间;Ki67染色处理条件 阅读提示:Methods: Cell proliferation determination, Colony formation assay, Fig. 2 and 3 legends |
| 异种移植实验 | 小鼠品系、每组数量、注射细胞数、UNC0642给药剂量和途径(5 mg/kg腹腔注射,每3天) 阅读提示:Methods: Xenograft assay |
| 机制验证 | ChIP-PCR抗体和细胞数;TOP/FOP荧光素酶实验条件;Wnt3a条件培养基浓度;UNC0642预处理条件 阅读提示:Methods: Western blot, Immunofluorescence staining, Results: 图4和5图注 |