整合蛋白质组学和转录组学分析筛选关键分子
鉴定与动脉粥样硬化中PANoptosis相关的关键差异表达蛋白和基因。
对HFD喂养的ApoE−/−小鼠主动脉进行蛋白质组学分析,对GSE83112数据集进行转录组学分析,比较DEGs和DEPs,并通过人类GSE111782数据集和单细胞RNA测序GSE159677进一步验证。
Macrophage-derived galectin-3 contributes to pyroptosis, apoptosis and necroptosis through TLR4/MyD88/NF-κB/NLRP3 during atherosclerosis.
整合蛋白质组学与转录组学分析、单细胞转录组学、体外细胞实验、体内动物模型及功能验证(siRNA、基因敲除、AAV敲低)证实半乳糖凝集素-3通过TLR4/MyD88/NF-κB/NLRP3轴调控PANoptosis。
ox-LDL诱导的THP-1巨噬细胞 高脂饮食喂养的ApoE−/−小鼠 galectin-3−/−/ApoE−/−双缺陷小鼠 人颈动脉内膜切除术和下肢截肢的动脉粥样硬化标本
ox-LDL处理THP-1巨噬细胞的浓度和时间(100 µg/mL,24-48小时) HFD喂养ApoE−/−小鼠的周龄、饮食配方和周期(6周龄,HFD D12108C,4个月) NLRP3激动剂尼日利亚菌素的剂量和给药方式(5 mg/kg体重,腹腔注射,每周三次) TLR4敲低使用AAV-F4/80-shTLR4尾静脉注射(4周龄注射,2周后HFD喂养16周)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定与动脉粥样硬化中PANoptosis相关的关键差异表达蛋白和基因。
对HFD喂养的ApoE−/−小鼠主动脉进行蛋白质组学分析,对GSE83112数据集进行转录组学分析,比较DEGs和DEPs,并通过人类GSE111782数据集和单细胞RNA测序GSE159677进一步验证。
确认人类动脉粥样硬化病变中巨噬细胞存在焦亡、凋亡和坏死性凋亡的共现及与半乳糖凝集素-3的关联。
使用HE、Movat、油红O染色观察病理形态,透射电镜观察巨噬细胞超微结构,Western blot检测NLRP3/GSDMD/caspase-3/8/RIPK3/pMLKL,免疫荧光检测共定位。
验证ox-LDL是否诱导巨噬细胞焦亡、凋亡和坏死性凋亡,以及半乳糖凝集素-3敲低是否减轻这些效应。
用ox-LDL处理THP-1巨噬细胞,使用siRNA敲低半乳糖凝集素-3,检测细胞死亡(annexin V/PI、PI/Hoechst、LDH释放)、相关蛋白(NLRP3/GSDMD/caspase-3/8/RIPK3/pMLKL)和炎症因子。
验证半乳糖凝集素-3通过NLRP3发挥促炎作用,并确认NLRP3激动剂尼日利亚菌素逆转半乳糖凝集素-3敲低的效果。
通过共免疫沉淀和免疫荧光验证半乳糖凝集素-3与NLRP3的结合,在ox-LDL处理细胞中给予NLRP3激动剂尼日利亚菌素,检测细胞死亡和相关蛋白。
验证半乳糖凝集素-3缺失或敲低是否减轻动脉粥样硬化病变,NLRP3激动剂是否加重病变。
使用galectin-3−/−/ApoE−/−小鼠、AAV-F4/80-shGalectin-3敲低小鼠,并给予NLRP3激动剂尼日利亚菌素,评估主动脉病变面积、主动脉根部病理、炎症因子和PANoptosis蛋白。
验证TLR4/MyD88/NF-κB/NLRP3通路在动脉粥样硬化中的作用及上下游调控关系。
使用AAV-F4/80-shTLR4敲低巨噬细胞TLR4,体内评估病变面积、炎症因子和通路蛋白;体外使用ox-LDL和NF-κB激活剂berubicin、NLRP3激动剂nigericin进行救援实验。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| RPMI-1640培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 佛波醇12-十四酸酯13-乙酸酯 | -- | -- | |
| 药物处理 | 氧化低密度脂蛋白 | -- | -- |
| 尼日利亚菌素 | -- | -- | |
| 贝卢比星 | -- | -- | |
| RNA干扰 | 半乳糖凝集素-3小干扰RNA | RiboBio Co. Ltd | -- |
| 蛋白质组学 | 二硫苏糖醇 | -- | -- |
| 胰蛋白酶 | -- | -- | |
| Q-Orbitrap Exploris 480质谱仪 | -- | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | -- | -- |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| 半乳糖凝集素-3抗体 | Proteintech | 60207-1-Ig | |
| GSDMD抗体 | Affinity Biosciences | AF4012 | |
| NLRP3抗体 | Affinity Biosciences | DF7438 | |
| caspase-3抗体 | Proteintech | 66470-2-Ig | |
| caspase-8抗体 | Proteintech | 66093-1-Ig | |
| RIPK3抗体 | ABclonal | A5431 | |
| MLKL抗体 | ABclonal | A26436 | |
| 磷酸化MLKL抗体 | ABclonal | AP0949 | |
| TLR4抗体 | Servicebio | GB11519 | |
| MyD88抗体 | Servicebio | GB12269 | |
| NF-κB抗体 | Proteintech | 10745-1-AP | |
| 磷酸化NF-κB抗体 | Servicebio | GB113882 | |
| GAPDH抗体 | Proteintech | 60004-1-Ig | |
| 免疫荧光 | Alexa Fluor 594 | -- | -- |
| Alexa Fluor 488 | -- | -- | |
| Alexa Fluor 555 | -- | -- | |
| 细胞凋亡检测 | Annexin V-FITC/PI凋亡检测试剂盒 | -- | -- |
| LDH检测 | LDH检测试剂盒 | Jiancheng | -- |
| caspase-3活性检测 | 比色法检测试剂盒 | Elabscience Biotechnology Co. Ltd | E-CK-A383 |
| 动物模型 | ApoE−/−小鼠 | Changzhou Cavens Experimental Animal Co. Ltd | -- |
| 半乳糖凝集素-3−/−/ApoE−/−小鼠 | Cyagen Biosciences Inc. | -- | |
| 高脂饮食 | Research Diets Inc. | D12108C | |
| 病毒载体 | AAV-F4/80-shGalectin-3 | Genechem | -- |
| AAV-F4/80-shTLR4 | Genechem | -- | |
| 细胞培养 | Lipofectamine 3000转染试剂 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养和诱导 | THP-1细胞用100 nM PMA处理48小时分化为巨噬细胞,ox-LDL浓度100 µg/mL处理24-48小时 阅读提示:Materials and Methods 2.4 Cell culture and treatment |
| 体外基因敲低 | siGalectin-3序列和转染效率,使用siGalectin-3_1 (CCTTAGCTGGCTCTGGAAA) 阅读提示:Materials and Methods 2.5 RNA interference |
| 动物模型 | 6周龄雄性ApoE−/−小鼠,HFD D12108C喂养4个月;nigericin剂量5 mg/kg体重腹腔注射每周三次 阅读提示:Materials and Methods 2.10 Animal experiments |
| AAV介导的体内敲低 | 4周龄小鼠尾静脉注射AAV-F4/80-shGalectin-3或AAV-F4/80-shTLR4,2周后HFD喂养16周 阅读提示:Materials and Methods 2.7 and 2.10 |
| 蛋白质组学 | 样品制备、LC-MS/MS参数、MaxQuant软件版本和分析参数 阅读提示:Materials and Methods 2.1 Proteomics analysis |