发现ACOD1在BAS中表达上调
通过人类样本多组学分析和小鼠模型鉴定ACOD1在BAS中的表达变化
对正常和BAS肉芽组织进行单细胞RNA测序、免疫组化、免疫荧光;建立小鼠BAS模型并在伤后第1天进行转录组测序、Western blot、qPCR、IF和FISH检测ACOD1表达
ACOD1-itaconate in macrophage attenuates oxidative stress and inflammation in benign airway stenosis by upregulating and transferring FTH1.
包含人类样本多组学分析、小鼠模型、体外巨噬细胞和成纤维细胞共培养、功能验证(敲低/过表达)及机制验证(NRF2、FTH1、SCARA5)。
小鼠气管刮伤诱导良性气道狭窄模型 Raw264.7巨噬细胞 THP-1来源人巨噬细胞 成纤维细胞(小鼠气管成纤维细胞和人气管成纤维细胞)
ACOD1敲除小鼠(ACOD1−/− C57BL/6J) 4-OI给药剂量:25 mg/kg腹腔注射 LPS处理浓度:1 μg/ml 4-OI处理浓度:125 μM 抗SCARA5中和抗体给药:3 μL气管内注射
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
通过人类样本多组学分析和小鼠模型鉴定ACOD1在BAS中的表达变化
对正常和BAS肉芽组织进行单细胞RNA测序、免疫组化、免疫荧光;建立小鼠BAS模型并在伤后第1天进行转录组测序、Western blot、qPCR、IF和FISH检测ACOD1表达
评估ACOD1缺失对急性和慢性炎症及纤维化的影响
使用ACOD1敲除小鼠建立BAS模型,通过HE染色、micro-CT、免疫荧光检测炎症和纤维化标志物
验证外源性衣康酸衍生物4-OI能否减轻急性和慢性炎症及纤维化
腹腔注射4-OI或溶剂对照,通过HE染色、Masson染色、qPCR、免疫荧光检测炎症指标和胶原沉积
探究ACOD1在巨噬细胞中的表达及对炎症和氧化应激的调控作用
用LPS刺激巨噬细胞,检测ACOD1表达;通过过表达和敲低ACOD1检测炎症因子和ROS水平;用4-OI处理观察抗炎和抗氧化效果
验证NRF2是否介导4-OI诱导的FTH1上调及其在抗氧化应激中的作用
使用NRF2抑制剂ML385和siRNA敲低NRF2,Western blot和免疫荧光检测FTH1表达和ROS水平;RNA-seq和免疫组化分析NRF2通路激活
证明4-OI促进巨噬细胞外泌体FTH1分泌,并被成纤维细胞摄取导致铁死亡
分离外泌体并表征;用DiD标记外泌体观察摄取;共培养体系检测成纤维细胞铁死亡标志物(脂质过氧化、线粒体形态)
确定SCARA5是否介导FTH1的细胞间转移及对纤维化的影响
单细胞数据分析和CellChat预测相互作用;Co-IP验证结合;siRNA敲低SCARA5;体内注射抗SCARA5抗体观察纤维化变化
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | 4-辛基衣康酸 | MedChem Express | HY-112675 |
| 脂多糖 | MedChem Express | HY-D1056 | |
| ML385 | MedChem Express | HY-100523 | |
| GW4869 | MedChem Express | HY-19363 | |
| 去铁胺 | MedChem Express | HY-B1625 | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Hyclone | SH30243.01 |
| 胎牛血清 | Hyclone | SH30406.05 | |
| 青霉素-链霉素 | Hyclone | SV30010 | |
| 二甲基亚砜 | MedChem Express | HY-Y0320 | |
| 玉米油 | MedChem Express | HY-Y1888 | |
| RAW264.7细胞系 | Procell | CL-0190 | |
| THP-1细胞系 | Procell | CL-0233 | |
| 小鼠气管成纤维细胞 | Procell | CP-M008 | |
| 人气管成纤维细胞 | Procell | CP-H247 | |
| 转染 | Lipofectamine 3000 | Invitrogen | L3000001 |
| qRT-PCR | RNeasy试剂盒 | Vazyme | RC112 |
| iScript cDNA合成试剂盒 | Vazyme | R323 | |
| SYBR Green预混液 | Vazyme | Q711 | |
| Western blot | 核浆蛋白提取试剂盒 | Solarbio | EX1470 |
| 蛋白质分子量标准 | Epizyme | WJ103 | |
| 辣根过氧化物酶标记的山羊抗兔IgG | Proteintech | SA00001-2 | |
| Co-immunoprecipitation | FTH1抗体 | Cell Signaling Technology | 4393 |
| ELISA | FTH1 ELISA试剂盒 | Cusabio | CSB-EL009030MO |
| ROS检测 | 荧光法细胞内ROS检测试剂盒 | Sigma | MAK142 |
| 铁检测 | Phen Green SK荧光指示剂 | Thermo Fisher Scientific | P14312 |
| 外泌体标记 | DiD荧光染料 | Beyotime | C1039 |
| 脂质过氧化检测 | C11-BODIPY探针 | Invitrogen | D3861 |
| 物学分析 | 重组FTH1蛋白 | Cusabio | CSB-EP009030MO |
| 体内给药 | 抗SCARA5抗体 | Bio-Techne | AF4754 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型构建 | 小鼠品系:C57BL/6J,8周龄,雌雄兼有;麻醉:腹腔注射氯胺酮/甲苯噻嗪(100/10 mg/kg);手术:颈部消毒(75%乙醇),中线切口1.5 cm,气管横切口2/3周径,1 mm直径刷子插入气管6 mm,刮擦3次;术后3%异氟烷麻醉下颈椎脱臼处死。 阅读提示:Methods: Modeling of BAS in mice |
| 4-OI给药方案 | 剂量:25 mg/kg;给药途径:腹腔注射;溶剂:10% DMSO + 90%玉米油;时间:伤前12小时、伤后立即(5分钟内)、伤后第2、4、6天;取样时间:急性期(24小时)和纤维化期(第7天)。 阅读提示:Methods: Drug administration; Figure 3B, 3M |
| 细胞处理 | RAW264.7和THP-1细胞用1 μg/ml LPS和/或125 μM 4-OI处理24小时;共培养使用Transwell,6孔板,成纤维细胞在下室,巨噬细胞在上室;外泌体分泌抑制:10 μM GW4869预处理12小时;铁死亡抑制:5 μM DFO预处理2小时。 阅读提示:Methods: Cell culture and treatment |
| 外泌体分离与鉴定 | 差速离心:300g 10分钟,2000g 20分钟,100,000g 120分钟;鉴定标志物:TSG101, CD63, CD81, calnexin;NTA和TEM表征。 阅读提示:Methods: Isolation and identification of exosomes |
| 体内SCARA5抑制 | 抗SCARA5中和抗体(AF4754,Bio-Techne)气管内注射,每次3 μL,于伤后立即和第4天给药;评估纤维化指标:α-SMA和COL1表达。 阅读提示:Methods: Drug administration; Figure 7H |