数据获取与差异表达基因筛选
识别与动脉粥样硬化相关的差异表达基因
从GEO数据库下载GSE57659和GSE76812数据集,使用Limma包筛选DEGs,阈值adj. p < 0.05且|log2FC| > 1。
Capg enhances proliferation, adipogenesis, and inflammatory response in preadipocytes: insights from bioinformatics analysis and functional validation.
包含生物信息学分析(DEG、WGCNA、PPI)和体外细胞实验(CCK-8、油红O、Western blot、ELISA),但缺乏体内动物验证及机制验证。
3T3-L1前脂肪细胞系 Ldlr−/−小鼠附睾脂肪组织(GEO数据集)
CAPG过表达慢病毒转染3T3-L1细胞(MOI=100) CCK-8细胞活力检测(每孔2000个细胞,培养48小时) 油红O染色定量(520 nm吸光度) Western blot检测CAPG、Cyclin D1、PPARγ、adiponectin表达 ELISA检测IL-6、MCP-1、TNF-α分泌
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别与动脉粥样硬化相关的差异表达基因
从GEO数据库下载GSE57659和GSE76812数据集,使用Limma包筛选DEGs,阈值adj. p < 0.05且|log2FC| > 1。
识别与HFD显著相关的基因模块
使用WGCNA构建基因共表达网络,软阈值为3,鉴定出蓝色、绿松石色和黑色模块与HFD显著相关,筛选MM > 0.8且GS > 0.2的基因,取蓝色和绿松石色模块共同基因。
确定与AS相关的关键基因
将DEGs与WGCNA关键基因取交集,通过STRING构建PPI网络,使用Cytoscape的CytoHubba插件按MCC算法评分选出前5个hub基因(Capg、Timp1、Lgals3、Agt、Mmp9),选择Capg进行后续研究。
验证CAPG对3T3-L1前脂肪细胞增殖的影响
用慢病毒转染3T3-L1细胞建立稳定过表达Capg的细胞系,通过CCK-8检测细胞活力,Western blot检测Cyclin D1表达。
评估CAPG是否促进前脂肪细胞分化
诱导Ctrl和Capg-OE组细胞分化,第10天进行油红O染色,定量分析脂质含量,Western blot检测PPARγ和adiponectin表达。
检测CAPG过表达对脂肪细胞炎症因子分泌的影响
收集细胞上清,通过ELISA检测IL-6、MCP-1和TNF-α浓度。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 高糖DMEM培养基 | Gibco | C11995500BT |
| 胎牛血清 | Gibco | 10091155 | |
| 细胞分化 | 3-异丁基-1-甲基黄嘌呤 | Sigma | I5879 |
| 胰岛素 | Solarbio | I8040 | |
| 地塞米松 | Solarbio | D6950 | |
| 罗格列酮 | Solarbio | IR0130 | |
| 细胞处理 | 棕榈酸 | Solarbio | -- |
| 慢病毒转染 | 嘌呤霉素 | Beyotime | ST551 |
| CCK-8实验 | CCK-8试剂盒 | Beyotime | C0038 |
| 油红O染色 | 油红O染色试剂盒 | Solarbio | G1262 |
| Western blot | RIPA裂解液 | Solarbio | R0010 |
| 磷酸酶抑制剂 | Solarbio | P1260 | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Pierce | 23225 | |
| PVDF膜 | Millipore | ISEQ00010 | |
| CAPG抗体 | Proteintech | 10194-1-AP | |
| β-微管蛋白抗体 | Proteintech | 10094-1-AP | |
| DDDDK标签抗体 | ABclonal | AE169PM | |
| PPARγ抗体 | CST | #2435T | |
| 脂联素抗体 | CST | #2789 | |
| Cyclin D1抗体 | MCE | HY-P80098 | |
| 辣根过氧化物酶标记的山羊抗兔IgG抗体 | CST | #7074 | |
| 脱脂奶粉 | Beyotime | P0216 | |
| ELISA | IL-6 ELISA试剂盒 | ABclonal | RK00008 |
| TNF-α ELISA试剂盒 | ABclonal | RK04875 | |
| MCP-1 ELISA试剂盒 | ABclonal | RK00381 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 生物信息学分析 | 数据集GSE57659和GSE76812的样本来源和饮食干预时间;DEG筛选阈值(adj. p < 0.05, |log2FC| > 1) 阅读提示:Methods: Data collection and preprocessing, Identification of differentially expressed gene; Figure 1 |
| WGCNA | 软阈值β=3,标度R2=0.9;模块相关性(蓝色、绿松石色、黑色模块) 阅读提示:Methods: Weighted gene co-expression network analysis; Figure 2 |
| 细胞培养与分化 | 3T3-L1细胞来源(Procell);分化诱导条件(浓度和时间);棕榈酸处理浓度和时间 阅读提示:Methods: Cell culture and treatment; Figure 5 |
| 稳定过表达细胞系建立 | 慢病毒MOI=100;嘌呤霉素筛选浓度4 μg/ml 阅读提示:Methods: Stable overexpression cell line establishment |
| 功能验证实验 | CCK-8细胞接种密度和培养时间;油红O染色定量方法;Western blot抗体稀释倍数和蛋白上样量;ELISA检测因子种类 阅读提示:Methods: CCK8, Lipid quantification, Western blot, ELISA; Figures 4-6 |