临床样本中INHBA表达检测及其临床意义分析
验证INHBA在胃癌组织中的表达情况及其与临床病理特征和预后的相关性。
利用GEO数据库(GSE63089、GSE66229)和GEPIA2分析INHBA表达及生存预后;通过qRT-PCR检测34对胃癌及癌旁组织的INHBA mRNA表达;通过IHC检测50对胃癌及癌旁组织的INHBA蛋白表达,并统计分析其与性别、年龄、肿瘤病灶、大小、分化、淋巴结转移和TNM分期的关系。
INHBA Promotes the Progression of Gastric Cancer by Activating MAPK Signaling Pathway via Targeting ITGA6.
涉及临床样本表达验证(IHC、qRT-PCR)、细胞功能实验(CCK-8、克隆形成、迁移侵袭、凋亡)、动物模型(皮下异种移植)和机制验证(RNA-seq、Co-IP、Co-IF、WB、挽救实验)。
胃癌细胞系(NUGC-3、Hs746T、HGC-27、AGS) 人胃黏膜细胞系GES-1 BALB/c裸鼠皮下异种移植瘤模型 胃癌与癌旁配对组织样本(50对,用于IHC和qRT-PCR)
INHBA在胃癌组织中的表达是否高于癌旁组织(qRT-PCR和IHC验证) INHBA敲低或过表达对GC细胞增殖、迁移、侵袭和凋亡的影响(CCK-8、划痕、Transwell、流式) INHBA过表达对裸鼠移植瘤生长的影响(肿瘤体积、重量及Ki67增殖指数) INHBA与ITGA6的物理相互作用(Co-IP和Co-IF) ITGA6过表达是否能逆转INHBA敲低对MAPK信号通路(p-MEK、p-ERK)及细胞功能的影响(挽救实验)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证INHBA在胃癌组织中的表达情况及其与临床病理特征和预后的相关性。
利用GEO数据库(GSE63089、GSE66229)和GEPIA2分析INHBA表达及生存预后;通过qRT-PCR检测34对胃癌及癌旁组织的INHBA mRNA表达;通过IHC检测50对胃癌及癌旁组织的INHBA蛋白表达,并统计分析其与性别、年龄、肿瘤病灶、大小、分化、淋巴结转移和TNM分期的关系。
明确INHBA对胃癌细胞增殖、迁移、侵袭和凋亡的影响。
在NUGC-3和Hs746T细胞中敲低INHBA(siRNA),在HGC-27和AGS细胞中过表达INHBA(pcDNA3.1-INHBA),通过CCK-8、克隆形成、划痕、Transwell迁移/侵袭和流式细胞术分别检测细胞增殖、迁移、侵袭和凋亡的变化。
验证INHBA过表达对体内肿瘤生长的影响。
将稳定过表达INHBA的HGC-27细胞和对照细胞皮下注射至BALB/c裸鼠,定期测量肿瘤体积,18天后处死小鼠,称重肿瘤,并通过HE染色和Ki67 IHC分析组织学特征和增殖能力。
寻找INHBA的潜在下游靶点并验证其相互作用。
对siNC和siINHBA处理的NUGC-3细胞进行RNA-seq,差异表达基因与GEPIA2数据库高表达基因取交集,筛选出ITGA6作为候选靶点;通过Co-IF和Co-IP验证INHBA与ITGA6的物理相互作用;通过qRT-PCR和WB检测INHBA敲低或过表达对ITGA6表达的影响。
证明INHBA通过ITGA6调控MAPK信号通路,并验证其功能依赖关系。
通过KEGG通路富集分析发现MAPK通路。在NUGC-3细胞中敲低INHBA并过表达ITGA6,通过WB检测MAPK通路蛋白(p-MEK、p-ERK)的表达变化;通过CCK-8、克隆形成、划痕和Transwell实验检测ITGA6过表达能否逆转INHBA敲低导致的细胞功能抑制。在AGS细胞中过表达INHBA并敲低ITGA6,进行类似的检测。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | Gibco | -- |
| DMEM培养基 | Gibco | -- | |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素-链霉素溶液 | Solarbio | -- | |
| 转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | L3000008 |
| pcDNA3.1-INHBA质粒 | GenePharma | -- | |
| G418抗生素 | Solarbio | -- | |
| RNA提取 | RNA-Easy试剂 | Vazyme | R701-01 |
| 逆转录 | PrimeScript逆转录试剂盒 | Takara Bio | RR037A |
| qRT-PCR | AceQ通用SYBR qPCR预混液 | Vazyme | -- |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解液 | Solarbio | R0010 |
| 蛋白酶/磷酸酶抑制剂 | Boster | AR1182 | |
| 蛋白定量 | 蛋白定量试剂盒 | Solarbio | PC0020 |
| Western blot | 聚偏二氟乙烯膜 | Merck Millipore | -- |
| INHBA抗体 | Proteintech | 17524-1-AP | |
| ITGA6抗体 | Proteintech | 27189-1-AP | |
| MEK1/2抗体 | Proteintech | 11049-1-AP | |
| 磷酸化MEK1抗体 | Proteintech | 28930-1-AP | |
| ERK1/2抗体 | Proteintech | 66192-1-Ig | |
| 磷酸化ERK1/2抗体 | Proteintech | 28733-1-AP | |
| Odyssey扫描系统 | LI-COR Biosciences | -- | |
| 增殖检测 | CCK-8试剂盒 | Dojindo | CK04 |
| GloMax发光检测仪 | Promega | -- | |
| 凋亡检测 | Annexin V-FITC/PI细胞凋亡检测试剂盒 | NeoBioscience | FAK015.50 |
| 流式细胞仪 | BD Biosciences | 342976 | |
| 免疫组化 | 兔两步法检测试剂盒 | ZSGB-Bio | PV-6001 |
| Ki67抗体 | Proteintech | 27309-1-AP | |
| 免疫荧光 | 牛血清白蛋白 | Solarbio | A8020 |
| Triton X-100裂解液 | Solarbio | T8200 | |
| INHBA抗体 | Proteintech | 17524-1-AP | |
| ITGA6抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-374057 | |
| Cy3标记抗兔IgG | Beyotime Biotechnology | A0516 | |
| FITC标记抗小鼠IgG | Beyotime Biotechnology | A0568 | |
| DAPI染色液 | Beyotime Biotechnology | -- | |
| 免疫共沉淀 | Pierce经典磁珠IP/Co-IP试剂盒 | Thermo Scientific | 88804 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本分析 | 样本来源(50对胃癌及癌旁组织)、INHBA表达检测方法(IHC和qRT-PCR)、临床病理因素相关性(性别、年龄、肿瘤病灶、大小、分化、淋巴结转移、TNM分期) 阅读提示:Materials and Methods 2.1, 2.4, 2.11; Results 3.1 |
| 细胞培养和转染 | 细胞系(NUGC-3, Hs746T, HGC-27, AGS, GES-1)、培养基(RPMI 1640或DMEM)、转染试剂(Lipofectamine 3000)、siRNA序列和质粒、转染后检测时间点 阅读提示:Materials and Methods 2.2, 2.3 |
| 细胞功能实验 | 细胞增殖(CCK-8增殖曲线)、迁移和侵袭(Transwell实验)、凋亡(流式细胞术)的具体操作条件、时间点和细胞密度 阅读提示:Materials and Methods 2.6-2.9 |
| 动物实验 | 动物品系(BALB/c裸鼠)、周龄和性别、分组(每组5只)、细胞接种量(6×10^6)、肿瘤测量时间点、实验终点 阅读提示:Materials and Methods 2.10 |
| 机制验证 | RNA-seq样本处理和差异基因筛选阈值、Co-IP和Co-IF的实验条件、MAPK通路蛋白检测(p-MEK, p-ERK)及挽救实验设计 阅读提示:Materials and Methods 2.12-2.15; Results 3.5, 3.7 |