多队列转录组分析
分析AGTRAP在胶质瘤中的表达、临床相关性及预后价值
利用TCGA、CGGA、GEO等公共队列进行差异表达、生存分析、ROC曲线和单因素/多因素Cox回归分析。
Angiotensin II Receptor-Associated Protein (AGTRAP) Enhances Glioma Cell Survival Through the IL-6/JAK2/STAT3 Pathway and Correlates With an Immunosuppressive Microenvironment.
包含多队列转录组分析、体外细胞功能实验(增殖、凋亡)、机制验证(IL-6/JAK2/STAT3)和原位异种移植动物模型,证据层级独立且包含功能验证。
胶质瘤细胞系A172和U251 原位异种移植模型(NCG小鼠,U251-luc细胞) PMA诱导分化的THP-1巨噬细胞
AGTRAP敲低使用慢病毒载体,序列为sh1和sh2,需验证敲低效率 细胞培养条件:DMEM(Pricella PM150210)或PRIM1640(Pricella PM150110)加10% FBS和1% PS IL-6处理浓度和时间:重组IL-6的具体浓度和时间在文中未明确说明 原位模型:4周龄雌性NCG小鼠,立体定向注射2×10^5 U251-luc细胞(2μL),监测28天 统计显著性阈值:p<0.05
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
分析AGTRAP在胶质瘤中的表达、临床相关性及预后价值
利用TCGA、CGGA、GEO等公共队列进行差异表达、生存分析、ROC曲线和单因素/多因素Cox回归分析。
验证AGTRAP对胶质瘤细胞增殖和凋亡的影响
在A172和U251细胞中敲低AGTRAP,进行CCK8、EdU染色、克隆形成和流式凋亡检测。
评估AGTRAP对胶质瘤体内生长的影响
使用U251-luc细胞建立NCG小鼠原位异种移植模型,监测生物发光信号、肿瘤体积和重量,并进行免疫荧光和TUNEL染色。
验证AGTRAP是否通过IL-6/JAK2/STAT3通路发挥作用
检测敲低后IL-6、p-JAK2、p-STAT3等蛋白水平;使用重组IL-6进行拯救实验,观察细胞增殖、凋亡和信号恢复情况。
分析AGTRAP表达与肿瘤免疫微环境的关系
使用多种算法计算免疫细胞浸润,进行免疫组化和Transwell共培养实验。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Pricella | PM150210 |
| 胎牛血清 | Gibco | A5256701 | |
| 青霉素-链霉素 | Pricella | PB180120 | |
| PRIM1640培养基 | Pricella | PM150110 | |
| 细胞分化 | 佛波酯 | MCE | HY-18739 |
| 细胞转染 | 嘌呤霉素 | MCE | HY-B1743 |
| 细胞增殖检测 | CCK8试剂 | Biosharp | BS350B |
| EdU试剂 | Beyotime | C0075 | |
| 分子表达检测 | TRIzol试剂 | Vazyme | R411 |
| SYBR Green荧光定量PCR预混液 | Vazyme | Q713 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Biosharp | BL504 |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Biosharp | BL629 | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0012S | |
| 抗AGTRAP抗体 | GeneTex | GTX64875 | |
| 抗CDK2抗体 | Beyotime | AF1063 | |
| 抗Bcl2抗体 | abcam | ab182858 | |
| 抗Bax抗体 | abcam | ab32503 | |
| 抗裂解型caspase-3抗体 | abcam | ab2302 | |
| 抗IL-6抗体 | abcam | ab214429 | |
| 抗磷酸化JAK2抗体 | CST | 8082 | |
| 抗JAK2抗体 | CST | 3230 | |
| 抗磷酸化STAT3抗体 | CST | 9145 | |
| 抗STAT3抗体 | CST | 9139 | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | abcam | ab8226 | |
| ECL检测系统 | Biorad | -- | |
| 动物实验 | 异氟烷 | -- | -- |
| 高速微型钻 | Fine Science Tools | -- | |
| 汉密尔顿注射器 | -- | -- | |
| IVIS Spectrum成像系统 | PerkinElmer | -- | |
| 组织学检测 | TUNEL试剂 | Elabscience | E-CK-A320 |
| 免疫荧光 | 抗Ki67抗体 | abcam | ab16667 |
| 抗IBA1抗体 | CST | 17198 | |
| 流式细胞术 | FITC-Annexin V和PE-PI | -- | -- |
| BD FACSCantoll流式细胞仪 | BD | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系A172、U251和THP-1的培养条件(培养基、血清、抗生素) 阅读提示:Methods 2.7 Cell Culture |
| 基因敲低 | 慢病毒载体构建和感染条件,shRNA靶序列 阅读提示:Methods 2.8 Cell Transfection |
| 细胞增殖检测 | CCK8、EdU和克隆形成的具体操作参数(细胞密度、时间、试剂浓度) 阅读提示:Methods 2.9-2.11 |
| 细胞凋亡检测 | 流式凋亡检测的试剂和染色时间 阅读提示:Methods 2.19 Flow Cytometry |
| 蛋白质检测 | Western blot的抗体稀释比例和孵育条件 阅读提示:Methods 2.13 Western Blot Analysis |
| 体内实验 | 小鼠品系、年龄、性别、细胞注射数量、体积、坐标、监测时间 阅读提示:Methods 2.14 Orthotopic Xenograft Tumor Model |
| 组织学检测 | TUNEL和免疫荧光的实验条件(抗原修复、抗体浓度等) 阅读提示:Methods 2.15 TUNEL Staining 和 2.16 Immunofluorescence |
| 免疫组化 | AGTRAP和IBA1抗体的浓度、抗原修复方法、评分标准(ISS) 阅读提示:Methods 2.17 Immunohistochemistry and Immunostaining Score (ISS) |