EIF1AY作为男性MM预后预测因子的鉴定
确定EIF1AY是否与男性MM患者的临床结局相关。
分析GBD、TCGA、GEO等数据库,结合临床样本qRT-PCR和FISH检测EIF1AY表达和缺失,评估与预后、分期等的关联。
Y chromosome-linked EIF1AY deletion drives sex differences in multiple myeloma.
包含临床样本分析、细胞功能实验、动物模型、多重分子机制验证(Co-IP、RNA pull-down、RIP等)等多个独立证据层级,并进行功能验证和机制验证。
RPMI 8226细胞系 U266细胞系 THP-1来源巨噬细胞 原代人单核细胞来源巨噬细胞 NOD-Prkdcscid II2rgtm201(−/−)/V小鼠异种移植瘤模型
EIF1AY和RPS4Y1表达水平(mRNA和蛋白) EIF1AY缺失状态(FISH检测) 巨噬细胞极化标志物(CD206、IL-10、TGF-β、ARG1) IL-4和IL-13分泌水平 DDR1表达 CD134表达
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定EIF1AY是否与男性MM患者的临床结局相关。
分析GBD、TCGA、GEO等数据库,结合临床样本qRT-PCR和FISH检测EIF1AY表达和缺失,评估与预后、分期等的关联。
验证EIF1AY是否影响MM细胞增殖及巨噬细胞极化。
构建EIF1AY敲低和过表达细胞模型,检测细胞增殖;用条件培养基处理巨噬细胞,检测M2极化标志物;异种移植瘤模型评估体内肿瘤生长。
鉴定EIF1AY调控巨噬细胞极化和募集的分子介质。
利用GSE143583数据集进行转录组分析,结合WGCNA和膜蛋白数据库筛选候选基因;通过qRT-PCR、Western blot和IF验证DDR1表达;功能实验评估DDR1对巨噬细胞极化和募集的影响。
验证RPS4Y1是否调控EIF1AY表达并影响下游功能。
构建RPS4Y1敲低和过表达模型,检测EIF1AY表达;体外共培养和迁移实验评估对巨噬细胞极化和募集的影响;Co-IP和结构模拟验证RPS4Y1-EIF1AY相互作用。
确定CD134是否为RPS4Y1-EIF1AY轴的下游效应分子。
分析TCGA数据确认CD134在男性MM中下调;siRNA敲低和过表达CD134检测对巨噬细胞极化和募集的影响;RNA pull-down和RIP验证CD134 mRNA与RPS4Y1-EIF1AY复合物的直接结合;放线菌素D追踪实验检测mRNA稳定性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | Guidechem | #AB-FBS-1050S | |
| 青霉素-链霉素 | Shanghai BasalMedia Technologies Co., Ltd. | #S110JV | |
| RNA提取和qRT-PCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| SweScript一步法逆转录cDNA试剂盒 | -- | -- | |
| SYBR Green主混合物 | -- | -- | |
| qRT-PCR设备 | ThermoFisher 7500系统 | ThermoFisher | -- |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解液 | -- | -- |
| 蛋白酶和磷酸酶抑制剂混合物 | Solarbio | -- | |
| Western blot | PVDF膜 | Amersham | -- |
| QuickBlock™封闭液 | Beyotime | -- | |
| Super ECL Plus底物 | Biosharp | BL520B | |
| 蛋白水平检测 | GAPDH抗体 | Proteintech | 10494-1-AP |
| β-微管蛋白抗体 | Proteintech | 10094-1-AP | |
| EIF1AY抗体 | Proteintech | 11193-1-AP | |
| RPS4Y1抗体 | Proteintech | 17296-1-AP | |
| CD134抗体 | Proteintech | 20006-1-AP | |
| 二抗 | Proteintech | RGAR004 | |
| 转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| 免疫共沉淀 | 蛋白A/G琼脂糖珠 | Santa Cruz Biotechnology | -- |
| 巨噬细胞分化和迁移 | 佛波醇12-十四酸酯13-乙酸酯 | Solarbio | #P6741 |
| 巨噬细胞迁移 | 24孔Transwell小室 | Corning | #3422 |
| 流式细胞术 | CD206-PE抗体 | BD Biosciences | #555954 |
| LSRFortessa流式细胞仪 | BD Biosciences | -- | |
| 免疫组织化学 | EIF1AY抗体 | Immunoway | #YT1503 |
| Ki67抗体 | Servicebio | #GB111499-100 | |
| DAB检测试剂盒 | -- | -- | |
| 免疫荧光 | DDR1抗体 | Cell Signaling Technology | #5583 |
| 二抗 | Proteintech | #RGAR004 | |
| DAPI染料 | -- | -- | |
| RNA免疫沉淀 | RIP试剂盒 | BersinBio | -- |
| RNA pull-down | 生物素标记RNA探针 | -- | -- |
| PrimeSTAR Max预混液 | Takara | -- | |
| T7 RNA聚合酶 | Invitrogen | -- | |
| DNase I | -- | -- | |
| RNeasy小型试剂盒 | QIAGEN | -- | |
| 链霉亲和素磁珠 | -- | -- | |
| 抗Flag抗体 | -- | -- | |
| 动物实验 | NOD-Prkdcscid II2rgtm201(−/−)/V小鼠 | Viewsolid Biotech Co., Ltd. | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源(THP-1、RPMI 8226、AMO-1、U266),培养基(RPMI-1640),血清和双抗添加量,培养条件(37°C,5% CO2) 阅读提示:Methods - Cell lines and cell culture |
| EIF1AY表达分析 | 临床样本数量(54例男性MM患者,30例健康对照),qRT-PCR方法,FISH探针及检测位点 阅读提示:Methods - Clinical specimens, Quantitative RT-PCR, Figure legends 1K-1O |
| EIF1AY功能实验 | 细胞系(RPMI 8226和U266),转染方式(慢病毒和siRNA),感染时间和筛选浓度(puromycin 3 μg/mL,4周),细胞增殖检测方法 阅读提示:Methods - Lentivirus infection and siRNA transfection, Figure legends 2A-2E |
| 巨噬细胞极化实验 | THP-1分化条件(PMA 150 ng/mL,48小时),CM处理条件,M2极化标志物(IL-10, TGF-β, ARG1, CD206)检测方法 阅读提示:Methods - Flow cytometry, Chemotactic migration, Figure legends 2G-2I |
| 体内异种移植瘤模型 | 小鼠品系(NOD-Prkdcscid II2rgtm201(−/−)/V),年龄(4-6周龄),体重(18-20克),分组(shNC, shEIF1AY, vector, oe-EIF1AY),注射细胞数量未明确说明,肿瘤监测时间(每4天,共30天) 阅读提示:Methods - Tumor xenograft, Figure legends 2B-2D |