临床组织和细胞系中UBE2C表达分析
评估UBE2C在乳腺癌组织和细胞系中的表达水平及其与临床病理特征和预后的关系。
使用TCGA数据库分析UBE2C表达,IHC检测40对乳腺组织,RT-qPCR和Western blot检测细胞系。
MAZ-Mediated ubiquitin-conjugating enzyme E2C upregulation promotes breast cancer progression via the MAPK signaling pathway.
包含临床组织样本IHC、多种细胞系体外功能实验(增殖、迁移、侵袭、周期、凋亡)、转录调控验证(双荧光素酶、ChIP)、裸鼠体内成瘤及MAPK通路回复实验等多层级验证。
MDA-MB-231细胞系 MDA-MB-468细胞系 MCF-7细胞系 裸鼠皮下移植瘤模型
使用siRNA敲低UBE2C或MAZ,以及pcDNA3.1-UBE2C过表达质粒 CCK-8增殖实验、克隆形成、划痕和Transwell迁移侵袭实验 流式细胞术检测细胞周期和凋亡 双荧光素酶和ChIP实验验证MAZ结合UBE2C启动子 MAPK激活剂Ro67-7476处理UBE2C敲低细胞
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估UBE2C在乳腺癌组织和细胞系中的表达水平及其与临床病理特征和预后的关系。
使用TCGA数据库分析UBE2C表达,IHC检测40对乳腺组织,RT-qPCR和Western blot检测细胞系。
验证UBE2C对乳腺癌细胞增殖、迁移、侵袭、周期和凋亡的影响。
在MDA-MB-231和MDA-MB-468细胞中敲低UBE2C,在MCF-7和SK-BR-3细胞中过表达UBE2C,进行CCK-8、克隆形成、划痕、Transwell、流式细胞术和Western blot检测。
验证MAZ是否直接结合UBE2C启动子并调控其转录。
预测转录因子,敲低MAZ检测UBE2C表达,双荧光素酶和ChIP-qPCR验证结合。
验证UBE2C是否通过MAPK信号通路促进乳腺癌进展。
RNA-seq和KEGG分析,Western blot检测MAPK蛋白,使用MAPK激活剂Ro67-7476处理UBE2C敲低细胞,评估增殖、迁移和侵袭。
验证UBE2C在体内对乳腺癌生长的影响。
将稳定敲低或过表达UBE2C的细胞皮下注射到裸鼠,测量肿瘤体积和重量,IHC检测Ki67。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫组织化学 | DAB显色试剂盒 | ZSGB-BIO | ZLI-9018 |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Pricella | PM150210 |
| 胎牛血清 | Pricella | 164210-50 | |
| 青霉素-链霉素 | Pricella | PB180120 | |
| MCF-10A专用培养基 | Pricella | CM-0525 | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | L3000015 |
| RNA提取和PCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596018CN |
| PrimeScript逆转录试剂盒 | TOLOBIO | 22107 | |
| SYBR Premix Ex Taq | Yugong Biotech | EG20117M | |
| Western blot | 裂解缓冲液 | Solarbio | R0010 |
| PVDF膜 | Millipore | ISEQ00010 | |
| 细胞增殖实验 | CCK-8试剂盒 | MCE | HY-K0301 |
| Transwell实验 | Transwell小室 | Corning | 3422 |
| 基质胶 | Corning | 356234 | |
| 细胞周期实验 | 碘化丙啶 | Beyotime | C1052 |
| 细胞凋亡实验 | Annexin V-FITC凋亡检测试剂盒 | Beyotime | C1062M |
| ChIP实验 | Pierce™磁性ChIP试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 26157 |
| 抗MAZ抗体 | Proteintech | 39935 | |
| 正常IgG | Cell Signaling Technology | 2729 | |
| 双荧光素酶实验 | 双荧光素酶报告基因检测试剂盒 | Vazyme | DL101-01 |
| 细胞培养 | 嘌呤霉素 | 文中未明确说明 | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 免疫组织化学 | 患者样本数、抗体浓度和孵育时间、IHC评分标准 阅读提示:Methods 部分 Immunohistochemistry (IHC) 小节 |
| 细胞培养和转染 | 细胞系来源、培养条件(DMEM、10% FBS、1%青霉素-链霉素)、MCF-10A专用培养基、转染试剂和浓度、嘌呤霉素筛选浓度(2 μg/ml和0.5 μg/ml) 阅读提示:Methods 部分 Cell culture and cell transfection 小节 |
| 细胞增殖、迁移和侵袭实验 | 细胞接种密度(CCK-8: 2×10^3细胞/孔;Transwell: 5×10^4细胞/孔)、血清饥饿时间(24小时)、Matrigel包被 阅读提示:Methods 部分 Cell proliferation assay, Wound healing assay, Cell migration and invasion assays 小节 |
| 细胞周期和凋亡检测 | PI染色浓度和孵育时间、Annexin V-FITC和PI染色比例、流式细胞仪设置 阅读提示:Methods 部分 Cycle assay 和 Apoptosis assay 小节 |
| 转录调控验证 | ChIP抗体用量(5 μg anti-MAZ, 1 μg IgG)、双荧光素酶报告基因构建和转染比例 阅读提示:Methods 部分 Chromatin immunoprecipitation (ChIP) assay 和 Dual-luciferase reporter assay 小节 |
| MAPK通路验证 | Ro67-7476浓度(IC50: 40.75 μM和47.74 μM)和处理时间 阅读提示:Figure 7 legend |
| 体内成瘤实验 | 细胞注射数量(5×10^6)、小鼠品系和年龄(雌性裸鼠5-6周)、测量频率(每3天,共6周) 阅读提示:Methods 部分 Xenograft model in nude mice 小节 |