含药血清制备与蛋白质组学/代谢组学分析
鉴定SRW影响的关键蛋白和代谢通路,探索其抗衰老潜在机制。
制备SRW含药血清,处理293T细胞,进行iTRAQ/TMT定量蛋白质组学和UPLC-MS/MS代谢组学分析,结合网络药理学预测靶点。
Flavonoid compounds from Shenrong Guben Huanshao Pill alleviates senescence-associated mitochondrial dysfunction through NDUFV2 and LDHB mediated metabolic reprogramming.
体外多种细胞(293T/3T3/WI-38/IEC-6)衰老模型、体内多模型(X射线辐射、D-Gal系统衰老、APP/PS1 AD模型)验证,并包含蛋白质组学、代谢组学及siRNA干扰等机制验证。
293T细胞 NIH/3T3细胞 WI-38细胞 X射线诱导的肠衰老小鼠模型
D-Gal诱导细胞衰老模型,浓度60 mg/mL SRW含药血清处理浓度5%,处理24小时 siRNA敲低NDUFV2/LDHB,转染48小时检测蛋白 X射线照射建立小鼠肠衰老模型,设置SRW和Dex处理组 统计分析:每个实验独立重复6次,采用t检验或单因素方差分析
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定SRW影响的关键蛋白和代谢通路,探索其抗衰老潜在机制。
制备SRW含药血清,处理293T细胞,进行iTRAQ/TMT定量蛋白质组学和UPLC-MS/MS代谢组学分析,结合网络药理学预测靶点。
验证SRW是否缓解D-Gal诱导的细胞衰老和细胞周期阻滞。
使用WI-38、3T3、IEC-6等细胞,D-Gal诱导衰老,SRW或雷帕霉素处理,检测衰老标志物、β-半乳糖苷酶染色、细胞周期。
验证SRW在体内多种衰老模型中的保护作用。
建立X射线诱导的肠道衰老小鼠模型、D-Gal诱导的系统衰老小鼠模型和APP/PS1阿尔茨海默病小鼠模型,评估组织病理、衰老标志物和认知功能。
探讨SRW是否通过改善线粒体功能来延缓衰老。
检测ATP含量、线粒体膜电位、ROS水平、线粒体形态(TEM),并检测线粒体分裂/融合蛋白FIS1、OPA1、PHB2等。
验证NDUFV2和LDHB是否介导SRW的线粒体保护作用。
通过siRNA敲低NDUFV2或LDHB,及双敲低,观察对线粒体功能、乳酸水平、衰老标志物和ATP的影响。
鉴定SRW中具有抗衰老活性的具体化合物。
通过UPLC-MS/MS鉴定入血成分,筛选黄酮类化合物,对NDUFV2和LDHB进行分子对接,并用细胞实验验证抗衰老活性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 试剂 | D-半乳糖 | Aladdin | G100367 |
| 药物处理 | 雷帕霉素 | Aladdin | S115842 |
| ATP检测 | ATP含量检测试剂盒 | Solarbio | BC0300 |
| 乳酸检测 | 乳酸含量检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng | A019-2-1 |
| 衰老检测 | β-半乳糖苷酶染色试剂盒 | Beyotime | C0602 |
| ROS检测 | DCFH-DA荧光探针 | Solarbio | D6470 |
| 线粒体染色 | MitoTracker绿色荧光探针 | Beyotime | C1048 |
| 线粒体膜电位检测 | JC-1染料 | Solarbio | M8650 |
| 线粒体ROS检测 | MitoSOX红色荧光探针 | Hongye | GLPBIO-GC68230 |
| 凋亡检测 | Annexin V-PE/7-AAD细胞凋亡检测试剂盒 | Servicebio | G1512 |
| 细胞周期检测 | 细胞周期与凋亡检测试剂盒 | Servicebio | G1700 |
| 药物 | 参茸固本还少丸 | Foci Pharmaceutical | Z20043832 |
| 活性成分 | 杨梅素 | Aladdin | M111175 |
| 木犀草素 | Aladdin | L107329 | |
| 伽马倒捻子素 | Vicky Biotechnology | 31271-07-5 | |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解液 | Solarbio | R0010 |
| BCA定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | KeyGen Biotech | KGB2101-250 |
| 细胞核染色 | DAPI染料 | Solarbio | S2110 |
| siRNA转染 | GenePharma siRNA-mate Plus转染试剂盒 | GenePharma | G04026 |
| 动物实验 | SD大鼠 | -- | -- |
| C57BL/6J小鼠 | -- | -- | |
| APP/PS1小鼠 | Shulaibao Biotechnology | -- | |
| 细胞培养 | 293T细胞系 | Procell Life Science & Technology | CL-0005 |
| WI-38细胞系 | Procell Life Science & Technology | CL-0243 | |
| NIH/3T3细胞系 | Procell Life Science & Technology | CL-0171 | |
| IEC-6细胞系 | Procell Life Science & Technology | CL-0419 | |
| 仪器 | X-RAD Smart小动物精准放疗系统 | Precision X-Ray, Inc. | -- |
| Zeiss激光扫描共聚焦显微镜LM900 | Carl Zeiss AG | -- | |
| Agilent流式细胞仪NovoCyte Quanteon | Agilent Technologies, Inc. | -- | |
| 全景组织细胞扫描系统 | TissueGnostics GmbH | -- | |
| Agilent多功能酶标仪Synergy NEO2 | Agilent Technologies, Inc. | -- | |
| Nikon正置显微镜系统 | Nikon Corporation | -- | |
| Nikon倒置显微镜 | Nikon Corporation | -- | |
| Thermo Fisher Scientific活细胞荧光显微成像系统 | Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- | |
| 组织冷冻研磨机 | Shanghai Jingxin Industrial Development Co., Ltd. | -- | |
| 超声波细胞破碎仪 | Ningbo Xinzhi Biotechnology Co., Ltd. | -- | |
| 高速冷冻离心机 | Eppendorf AG | -- | |
| 透射电子显微镜 | Hitachi High-Tech Corporation | -- | |
| RIGOL L-3000高效液相色谱系统 | RIGOL Technologies Co., Ltd. | -- | |
| 液相色谱仪 | Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- | |
| 质谱仪 | Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- | |
| 蛋白电泳 | PVDF膜 | -- | -- |
| SDS-PAGE凝胶电泳 | -- | -- | |
| ECL检测 | 增强化学发光检测 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞衰老模型建立 | D-Gal浓度60 mg/mL,处理时间,细胞类型(WI-38、3T3、IEC-6等) 阅读提示:参见Materials and Methods部分‘细胞培养与衰老诱导’及Figure legends |
| SRW药物干预 | SRW含药血清浓度(5%),处理时间(24小时),给药途径和剂量(体内:2.52 g/kg 大鼠,人等效剂量0.4 g/kg) 阅读提示:参见Materials and Methods ‘Preparation of drug-containing serum, animal model establishment, and drug intervention’ |
| 线粒体功能检测 | ATP含量、JC-1膜电位、MitoTracker/MitoSOX染色浓度和孵育时间,透射电镜样品制备参数 阅读提示:参见Materials and Methods ‘MitoTracker staining, DCFH-DA staining, MitoSox red staining, β-galactosidase staining and JC-1 staining’及‘Transmission electron microscopy’ |
| 机制验证(siRNA敲低) | siRNA序列(NDUFV2和LDHB),转染浓度(15 pmol),转染时间(48小时) 阅读提示:参见Materials and Methods ‘Small interfering RNA transfection (siRNA)’ |
| 统计学设计 | 独立重复次数(6次)、统计方法(t检验或单因素方差分析)、显著性阈值(P<0.05) 阅读提示:参见Materials and Methods ‘Statistical analysis’ |