SNX3表达分析
检测SNX3在肺纤维化患者和博来霉素诱导小鼠模型中的表达水平及其与纤维化程度的相关性。
利用GEO数据集GSE76808进行生信分析,建立博来霉素诱导的PF小鼠模型,通过蛋白质组学、Western blotting、IF和IHC检测SNX3表达。
Targeting sorting nexin 3 to treat pulmonary fibrosis by dual modulating Wnt/β-catenin signaling.
包含AT2细胞特异性敲除和过表达小鼠模型、体外细胞实验、IP-MS/蛋白质组学机制验证,以及体内药物干预和药代动力学评估,证据层级完整。
AT2细胞特异性Snx3-cKO小鼠 AT2细胞特异性Snx3-cTg小鼠 博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型 原代AT2细胞和成纤维细胞
SNX3在AT2细胞中的表达水平与β-catenin激活及纤维化进展相关 SNX3敲除对博来霉素诱导的纤维化保护作用及Wnt/β-catenin信号下调 SNX3过表达诱导自发性肺纤维化及β-catenin上调 LC4和TDN-LC4对SNX3的靶向抑制作用及抗纤维化效果 TDN-LC4的肺靶向性及药代动力学参数
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
检测SNX3在肺纤维化患者和博来霉素诱导小鼠模型中的表达水平及其与纤维化程度的相关性。
利用GEO数据集GSE76808进行生信分析,建立博来霉素诱导的PF小鼠模型,通过蛋白质组学、Western blotting、IF和IHC检测SNX3表达。
验证SNX3在肺纤维化中的功能作用,确定其缺失是否缓解纤维化,过表达是否促进纤维化。
构建AT2细胞特异性Snx3敲除(cKO)和过表达(cTg)小鼠,给予他莫昔芬诱导Cre重组,然后建立BLM模型或观察自发纤维化,评估肺功能、组织学变化和β-catenin水平。
验证SNX3是否通过与Wls相互作用调节其细胞内回收和降解,从而激活Wnt/β-catenin通路。
通过IP-MS、co-IP和PLA确认相互作用,检测Wls蛋白水平和与Rab5a、LAMP1的共定位,在cKO和cTg小鼠及细胞中验证。
鉴定SNX3的新货物蛋白,并验证其是否介导β-catenin的降解调控。
通过IP-MS和蛋白质组学筛选SNX3相互作用蛋白,鉴定CK-1α,并通过co-IP、IF和功能实验验证SNX3对CK-1α回收和降解的调控。
验证SNX3通过CK-1α调控β-catenin信号在肺纤维化中的功能。
在Snx3-cKO小鼠中通过AAV6-CK-1α过表达,评估对BLM诱导的纤维化和β-catenin信号的影响。
筛选靶向SNX3的小分子抑制剂并验证其抗纤维化效果。
通过分子对接筛选化合物库,鉴定LC4,通过co-IP和IF验证其与SNX3的结合,并在体外评价其对纤维化标志物的影响。
开发并表征TDN-LC4纳米药物递送系统,以提高LC4的疗效和靶向性。
通过化学结合和π-π堆积将LC4负载到DNA四面体上,通过凝胶电泳、TEM、DLS等表征,并评估细胞摄取和稳定性。
评估LC4和TDN-LC4在体内对肺纤维化的治疗效果和安全性。
在Snx3-cTg和N-Tg小鼠中建立BLM模型,给予LC4、TDN-LC4或pirfenidone治疗,评估肺功能、组织学变化和器官毒性。
评估TDN-LC4在肺部的靶向性和药代动力学特征。
通过Cy5标记的TDN-LC4进行荧光成像,检测其在主要器官的分布,并使用LC-MS/MS分析药代动力学参数。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物实验 | 他莫昔芬 | Sigma-Aldrich | T5648 |
| 博来霉素 | Macklin | B802467 | |
| 原代细胞分离 | 胰蛋白酶 | Sigma | T4799-5G |
| I型胶原酶 | Sigma | C0130 | |
| 细胞培养 | DMEM/F12培养基 | Procell | PM150312 |
| 胎牛血清 | ABW | 0050S | |
| 免疫组织化学/免疫荧光 | 抗SNX3抗体 | Servicebio | K009182P |
| 抗α-SMA抗体 | Proteintech | 23081-1-AP | |
| 抗SP-C抗体 | Proteintech | 10774-1-AP | |
| 抗CD31抗体 | Servicebio | GB15063 | |
| 抗CD68抗体 | Servicebio | GB11309 | |
| 抗胶原蛋白1抗体 | Proteintech | 66761-1-Ig | |
| 抗Wls抗体 | Proteintech | 23081-1-AP | |
| 抗CK-1α抗体 | Santa Cruz | SC-74582 | |
| 抗β-catenin抗体 | Proteintech | 51667-2-AP | |
| 免疫荧光 | CY3-酪胺 | Servicebio | G1223 |
| FITC-酪胺 | Servicebio | G1222 | |
| DAPI | Servicebio | G1012 | |
| 显微成像 | EVOS M7000显微镜 | Thermo Fisher | -- |
| 羟脯氨酸检测 | 羟脯氨酸检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng | A030-2-1 |
| 免疫荧光 | 抗SNX3抗体 | Proteintech | 10772-1-AP |
| 抗SNX3抗体 | Santa Cruz | sc-376667 | |
| 抗ACTA2抗体 | Proteintech | 14395-1-AP | |
| 抗CK-1α抗体 | Abcam | EPR19824 | |
| 抗PSMC3抗体 | Cloud-Clone | PAG278Hu01 | |
| 抗Rab5A抗体 | CST | 12666 | |
| 抗LAMP1抗体 | CST | 9091 | |
| Alexa Fluor 488/594标记二抗 | CST | 8890S | |
| DAPI | CST | 4083 | |
| 荧光显微成像 | FV3000荧光显微镜 | Olympus | -- |
| 蛋白质提取 | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| 磷酸酶和蛋白酶抑制剂 | Bimake | B15001 | |
| Western blotting | PVDF膜 | Millipore | -- |
| 电化学发光系统 | Tanon | -- | |
| 免疫共沉淀 | 免疫沉淀裂解液 | Beyotime | P0013 |
| Pierce蛋白A/G琼脂糖 | -- | -- | |
| Western blotting | 抗FN抗体 | Proteintech | 66761-1-Ig |
| 抗GAPDH抗体 | Proteintech | 10494-1-AP | |
| 抗Flag抗体 | Merck | F1804 | |
| 抗Lamin B1抗体 | Proteintech | 12987-1-AP | |
| 抗VPS35抗体 | Proteintech | 10236-1-AP | |
| 抗VPS26抗体 | Proteintech | 12804-1-AP | |
| 抗GFP抗体 | Proteintech | 66002-1-AP | |
| 细胞增殖检测 | BeyoClick EdU细胞增殖检测试剂盒(DAB) | Beyotime | C0085S |
| TDN-LC4合成 | 单链DNA | Sangon | -- |
| Tris-硫酸镁退火缓冲液 | Beyotime | -- | |
| HATU | -- | -- | |
| DIPEA | -- | -- | |
| TDN-LC4表征 | 透射电子显微镜 | Tecnai | -- |
| 动态光散射 | -- | -- | |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | -- | -- |
| 逆转录试剂盒 | -- | -- | |
| SYBR Green预混液 | -- | -- | |
| QuantStudio 5系统 | -- | -- | |
| 药代动力学 | 液相色谱-串联质谱 | -- | -- |
| Phoenix WinNonlin软件 | -- | -- | |
| 血液生化分析 | 日立7100全自动生化分析仪 | HITACHI | -- |
| PLA | Duolink原位红色检测试剂盒(小鼠/兔) | Sigma | DUO92101 |
| 统计分析 | GraphPad Prism软件(8.0.2版) | -- | -- |
| 图像处理 | ImageJ软件 | -- | -- |
| 动物模型 | AAV6-Wls载体 | Vigene | -- |
| AAV6-CK-1α载体 | Vigene | -- | |
| 体外实验 | 转化生长因子-β1 | -- | -- |
| 小分子药物 | LC4 | -- | -- |
| 吡非尼酮 | -- | -- | |
| Cy5标记的TDN-LC4 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| SNX3表达分析 | GSE76808数据集的样本组成和差异分析阈值;BLM小鼠模型剂量和给药方式 阅读提示:Methods: Acquisition of microarray data; Animal studies; Bleomycin-induced fibrosis model |
| 小鼠模型构建 | 他莫昔芬诱导剂量、频率和周期;Snx3-cKO和cTg小鼠品系来源和构建方法 阅读提示:Methods: Animal studies and ethics statement; Results: SNX3 deficiency alleviated pulmonary fibrosis; Overexpression of SNX3 caused pulmonary fibrosis |
| 细胞实验 | 原代AT2细胞和成纤维细胞的分离方法、培养条件和纯度验证;TGF-β1刺激浓度和时间 阅读提示:Methods: Primary alveolar type 2 epithelial cells (AT2s) and primary fibroblasts cells (FBs); Immunofluorescence staining and microscopy |
| 机制研究 | SNX3与Wls/CK-1α相互作用的验证方法(co-IP、PLA);Rab5a和LAMP1共定位的细胞处理条件 阅读提示:Methods: Western blotting and coimmunoprecipitation (co-IP) assays; Immunofluorescence staining and microscopy |
| 药物干预实验 | LC4和TDN-LC4的给药剂量、频率和周期;BLM联合给药的时序 阅读提示:Results: TDN-LC4 targeting SNX3 ameliorated pulmonary dysfunction and fibrosis; Methods: TDN-LC4 treatment |
| 生物分布和药代动力学 | Cy5-TDN-LC4的剂量、给药途径;采样时间点;药代动力学参数计算方法和统计比较 阅读提示:Methods: Bioluminescence imaging; Pharmacokinetic profiling |