FUS表达分析
评估FUS在RCC组织和细胞系中的表达水平及其临床意义。
通过TCGA数据库分析FUS表达,Western blot检测临床标本和细胞系中FUS蛋白水平。
Fused in Sarcoma (FUS) promotes renal cell carcinoma progression via the KCMF1/FUS/CENPT axis and activation of the JNK signaling pathway.
包含临床样本分析、体外细胞功能实验、体内异种移植模型、Co-IP、RIP、RNA pull-down等机制验证,以及JNK通路抑制剂回复实验。
RCC细胞系(OSRC-2、Caki-1、A498、ACHN等) 裸鼠皮下异种移植瘤模型 临床肾细胞癌组织样本及配对癌旁组织 TCGA肾癌队列数据
FUS在RCC组织和细胞系中的表达水平 FUS过表达和敲低的效率验证 KCMF1与FUS的相互作用及其对FUS核转位的影响 FUS与CENPT mRNA的直接结合 JNK通路抑制剂SP-600125对FUS介导效应的逆转作用
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估FUS在RCC组织和细胞系中的表达水平及其临床意义。
通过TCGA数据库分析FUS表达,Western blot检测临床标本和细胞系中FUS蛋白水平。
验证FUS对RCC细胞增殖、迁移和侵袭的影响。
通过慢病毒转染建立FUS过表达和敲低的稳定细胞系,进行CCK8、克隆形成、划痕愈合和Transwell实验。
探究FUS对细胞凋亡和上皮-间质转化的影响。
流式细胞术检测凋亡率,Western blot检测凋亡相关蛋白(Bax, Bcl-2)和EMT相关蛋白(E-cadherin, Vimentin),免疫荧光验证EMT标志物。
鉴定FUS的相互作用蛋白,并验证KCMF1对FUS表达和定位的影响。
Co-IP实验验证KCMF1与FUS相互作用,Western blot检测KCMF1过表达对FUS表达的影响,MG132处理评估蛋白酶体作用,核质分离检测FUS核转位。
验证FUS是否通过结合CENPT mRNA上调其表达。
RIP和RIP-qPCR检测FUS与CENPT mRNA结合,RNA pull-down验证直接相互作用,Western blot和qRT-PCR检测CENPT表达变化。
探究FUS是否通过JNK信号通路促进RCC进展。
Western blot检测p-JNK、JNK及MAPK通路其他成员(p38, ERK1/2)变化,使用SP-600125抑制剂处理并检测功能表型。
验证FUS在体内对肿瘤生长的影响及JNK通路的作用。
皮下注射FUS过表达或对照细胞建立裸鼠异种移植瘤模型,测量肿瘤体积和重量,并用SP-600125处理。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Pricella | PM150210 |
| 胎牛血清 | Pricella | 164210-50 | |
| 青霉素-链霉素 | Pricella | PB180120 | |
| 细胞增殖检测 | CCK-8试剂 | MCE | HY-K0301 |
| 细胞侵袭实验 | 基质胶 | ABW Bio | 0827045 |
| RNA提取 | RNA-easy 提取试剂 | Vazyme | R701 |
| 逆转录 | 逆转录试剂盒 | Accurate Biology | AG11728 |
| qRT-PCR | SYBR Green 预混实时荧光定量PCR试剂盒 | Accurate Biology | AG11701 |
| Western blot | RIPA裂解液 | Solarbio | R0020 |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Solarbio | PC0020 | |
| 抗FUS抗体 | Abcam | ab243880 | |
| 抗CENPT抗体 | Abcam | ab86595 | |
| 抗BAX抗体 | Affinity | AF0120 | |
| 抗Bcl-2抗体 | Affinity | AF6139 | |
| 抗E-钙黏蛋白抗体 | Affinity | AF0131 | |
| 抗波形蛋白抗体 | Affinity | BF8006 | |
| 抗JNK抗体 | Abcam | ab179461 | |
| 抗ERK抗体 | Abcam | ab184699 | |
| 抗p38抗体 | Abcam | ab170099 | |
| 抗GAPDH抗体 | Abcam | ab9485 | |
| 辣根过氧化物酶标记二抗 | Elabscience | E-AB-1003/E-AB-1122 | |
| 免疫共沉淀 | Pierce™ 免疫共沉淀试剂盒 | Thermo Scientific™ | 26149 |
| 抗Flag标签抗体 | Abcam | ab205606 | |
| 抗Myc标签抗体 | CST | 2276 | |
| RNA免疫沉淀 | RNA免疫沉淀试剂盒 | Bersinbio | Bes5101 |
| RNA pull-down | RNA pull-down试剂盒 | Genecreate | JKR23004 |
| 核质分离 | 核质蛋白提取试剂盒 | Beyotime | P0028 |
| 流式细胞术 | Annexin V-FITC/PE-A凋亡检测试剂盒 | Elabscience | -- |
| 流式细胞仪 | ThermoFisher | A24864 | |
| 免疫荧光 | 封闭液 | Abcam | ab126587 |
| 荧光标记二抗 | Elabscience | E-AB-1056/E-AB-1060 | |
| DAPI染色液 | -- | -- | |
| 徕卡SP8激光共聚焦显微镜 | LEICA | -- | |
| 药物处理 | MG132蛋白酶体抑制剂 | TargetMol | T12628 |
| JNK通路抑制 | SP-600125 | -- | -- |
| 动物实验 | BALB/c裸鼠 | Jinan Pangyue Laboratory Animal Breeding Co Ltd | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与转染 | 细胞系来源、培养基、FBS浓度、MOI值、转染后筛选时间 阅读提示:Materials and methods: Cell culture, Transfection |
| 体外功能实验 | 细胞接种密度、CCK8检测时间点、Transwell基质胶稀释比例、细胞迁移侵袭时间 阅读提示:Materials and methods: CCK8 assay, Colony formation assay, Wound healing assay, Transwell assay |
| 凋亡检测 | 细胞密度、Annexin V和PI染色体积、孵育时间 阅读提示:Materials and methods: Flow cytometry |
| 蛋白相互作用 | 细胞裂解液体积、抗体用量、孵育时间 阅读提示:Materials and methods: Co-IP, RNA pull-down |
| 核质分离 | PMSF浓度、离心速度和时间 阅读提示:Materials and methods: Nuclear and cytoplasmic extraction |
| 动物实验 | 小鼠品系、周龄、性别、分组样本量、注射细胞数、肿瘤测量频率 阅读提示:Materials and methods: Tumor xenograft models |