椎间盘退变中核心衰老相关基因的鉴定及综合免疫景观的表征

Identification of Core Senescence-Related Genes and Characterization of Comprehensive Immune Landscape in Intervertebral Disc Degeneration.

作者信息Qiang Xu, Zeshuang Lian, Aoting Wang, Ding Li, Ye Wang, Yu Guo, Jialin Qin, Junfang Wang, Songyun Zhao
PMID41133114
发布时间2025-10-22
DOI10.1155/ijog/2521994

实验完整度

整合转录组与单细胞测序数据,并用细胞模型验证关键基因表达,但缺乏动物模型与功能机制验证。

主要模型

人椎间盘组织样本(GSE23130、GSE15227) 人髓核组织单细胞测序(GSE144889) 人/大鼠髓核细胞(IL-1β诱导模型)

重点核对

CTGF在退化髓核组织的表达上调(转录组+单细胞测序) IL-1β处理建立椎间盘退变细胞模型,验证CTGF蛋白表达 免疫细胞浸润的评估(B细胞、T细胞、巨噬细胞等)在轻度和重度退化样本间的差异

摘要

背景:椎间盘退变是一种与年龄和免疫反应密切相关的肌肉骨骼退行性疾病。然而,衰老和免疫浸润在椎间盘退变中的机制仍不清楚。本研究旨在探讨参与椎间盘退变的关键衰老相关基因和免疫细胞。方法:我们从GEO数据库下载了基因表达谱,并从人类衰老基因组资源中获取了543个人类衰老相关基因。利用差异表达基因分析、GO、KEGG、PPI网络分析等来鉴定衰老相关差异表达基因。然后,我们使用WGCNA和机器学习算法来探索核心基因,并在单细胞RNA测序和细胞模型中验证了结果的可靠性。结果:我们鉴定了一个核心衰老相关的差异表达基因,结缔组织生长因子。RNA测序显示,退变组中CTGF的表达显著上调,这一发现被单细胞RNA测序和体外模型一致验证。CTGF在风险预测和临床检测中显示出对椎间盘退变有良好的诊断价值(AUC:0.8361,95% CI:0.668–0.9953)。此外,我们在椎间盘组织中观察到内皮细胞、平滑肌细胞和红细胞,表明退变后血管侵入髓核。值得注意的是,在轻度和重度退变的髓核组织中均检测到免疫细胞浸润,包括B细胞、T细胞、浆细胞和巨噬细胞,且轻度退变组的免疫细胞丰度显著高于重度退变组。结论:CTGF可能在椎间盘退变中发挥关键作用,增进了我们对疾病发病机制的理解,并显示出作为诊断和治疗靶点的潜力。值得注意的是,重度椎间盘退变中免疫细胞浸润减少可能源于内在修复机制的激活或免疫耗竭状态。研究椎间盘退变过程中免疫细胞群体的动态变化可能阐明免疫在疾病发病机制中的关键作用,并为诊断和治疗干预提供新策略。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
椎间盘退变中关键的衰老相关基因和免疫浸润机制是什么?
核心机制
CTGF在椎间盘退变中表达上调,可能通过促进纤维化参与发病机制;免疫细胞浸润程度随退变进展而降低,可能与修复机制或免疫耗竭有关。
主要证据
整合微阵列数据分析鉴定出CTGF和GSK3A;单细胞测序证实CTGF在退化髓核细胞中高表达;体外IL-1β诱导的细胞模型验证CTGF蛋白表达升高。
研究意义
揭示CTGF作为椎间盘退变潜在诊断和治疗靶点的价值,并提示免疫浸润的动态变化可能为免疫治疗提供新策略。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

数据获取与预处理

整合椎间盘退变和正常的基因表达数据,消除批次效应,为后续分析做准备。

从GEO下载GSE23130和GSE15227数据集,使用limma进行背景校正和标准化,用SVA消除批次效应,根据Thompson分级将38个样本分为退变组和对照组,并进行PCA聚类验证。

2

差异表达基因与功能富集分析

筛选退变组与对照组间的差异表达基因,并探究其生物学功能。

使用limma识别568个差异表达基因,通过clusterProfiler进行GO和KEGG富集分析,利用热图和火山图可视化。

3

衰老相关差异表达基因鉴定与PPI网络分析

确定与衰老相关的差异表达基因(SRDEGs)并分析其蛋白相互作用。

将差异表达基因与543个衰老相关基因取交集,得到28个SRDEGs,导入STRING构建PPI网络,选择相互作用分数>0.7的互作。

4

WGCNA分析

鉴定与椎间盘退变高度相关的基因模块,筛选核心衰老相关基因。

使用WGCNA包,选择前8000个基因构建共表达网络,软阈值β设为6,鉴定出蓝色模块与椎间盘退变相关性最高,提取1999个基因,与SRDEGs交叠得到8个IVDD-SRDEGs。

5

机器学习筛选核心基因

利用LASSO和随机森林算法从IVDD-SRDEGs中筛选核心衰老相关基因。

使用LASSO回归和随机森林(设置决策树数量为1000)筛选基因,取两种方法重叠的基因作为核心基因。

6

诊断价值评估

评估核心基因对椎间盘退变的诊断价值。

构建列线图、校准曲线、临床决策曲线和临床影响曲线,并用ROC曲线评估预测能力。

7

单细胞RNA测序验证与免疫景观分析

在单细胞水平验证核心基因表达,并分析椎间盘退变中的细胞组成和免疫浸润。

分析GSE144889数据集,进行UMAP聚类、细胞注释,比较不同退化程度样本的细胞比例,并分析核心基因表达。

8

体外细胞模型验证

验证核心基因在细胞模型中的蛋白表达和细胞衰老表型。

用IL-1β处理人/大鼠髓核细胞,通过Western blot检测CTGF和collagen II表达,通过SA-β-gal染色评估细胞衰老。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
DMEM-F12培养基BiosharpBL305A
胎牛血清VivaCell--
白细胞介素-1βAladdin--
RIPA裂解液----
BCA蛋白定量试剂盒AladdinB665595
β-肌动蛋白一抗Proteintech20536-1-AP
结缔组织生长因子一抗Proteintech25474-1-AP
II型胶原一抗abcamab307674
山羊抗兔IgG二抗Sigma-AldrichAP307P
ECL底物----
自动化化学发光成像系统Tannon-5200Tannon-5200
衰老β-半乳糖苷酶染色试剂盒----
人髓核细胞ProcellCP-H097
大鼠髓核细胞ProcellCP-R145

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
数据预处理
数据来源GSE23130和GSE15227,样本量38,批次效应消除方法,分组标准
阅读提示:Methods 2.1和Results 3.1
差异表达分析
筛选阈值|logFC|>1, p<0.05
阅读提示:Methods 2.3和Results 3.2
WGCNA
软阈值β=6,最小模块大小90,模块与性状相关性阈值
阅读提示:Methods 2.5和Results 3.4
细胞模型验证
细胞类型、IL-1β浓度10 ng/mL、处理时间24小时、培养条件
阅读提示:Methods 2.9和Results 3.8
单细胞RNA测序
数据GSE144889,过滤参数,归一化方法,聚类参数
阅读提示:Methods 2.8和Results 3.7