数据获取与预处理
整合椎间盘退变和正常的基因表达数据,消除批次效应,为后续分析做准备。
从GEO下载GSE23130和GSE15227数据集,使用limma进行背景校正和标准化,用SVA消除批次效应,根据Thompson分级将38个样本分为退变组和对照组,并进行PCA聚类验证。
Identification of Core Senescence-Related Genes and Characterization of Comprehensive Immune Landscape in Intervertebral Disc Degeneration.
整合转录组与单细胞测序数据,并用细胞模型验证关键基因表达,但缺乏动物模型与功能机制验证。
人椎间盘组织样本(GSE23130、GSE15227) 人髓核组织单细胞测序(GSE144889) 人/大鼠髓核细胞(IL-1β诱导模型)
CTGF在退化髓核组织的表达上调(转录组+单细胞测序) IL-1β处理建立椎间盘退变细胞模型,验证CTGF蛋白表达 免疫细胞浸润的评估(B细胞、T细胞、巨噬细胞等)在轻度和重度退化样本间的差异
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
整合椎间盘退变和正常的基因表达数据,消除批次效应,为后续分析做准备。
从GEO下载GSE23130和GSE15227数据集,使用limma进行背景校正和标准化,用SVA消除批次效应,根据Thompson分级将38个样本分为退变组和对照组,并进行PCA聚类验证。
筛选退变组与对照组间的差异表达基因,并探究其生物学功能。
使用limma识别568个差异表达基因,通过clusterProfiler进行GO和KEGG富集分析,利用热图和火山图可视化。
确定与衰老相关的差异表达基因(SRDEGs)并分析其蛋白相互作用。
将差异表达基因与543个衰老相关基因取交集,得到28个SRDEGs,导入STRING构建PPI网络,选择相互作用分数>0.7的互作。
鉴定与椎间盘退变高度相关的基因模块,筛选核心衰老相关基因。
使用WGCNA包,选择前8000个基因构建共表达网络,软阈值β设为6,鉴定出蓝色模块与椎间盘退变相关性最高,提取1999个基因,与SRDEGs交叠得到8个IVDD-SRDEGs。
利用LASSO和随机森林算法从IVDD-SRDEGs中筛选核心衰老相关基因。
使用LASSO回归和随机森林(设置决策树数量为1000)筛选基因,取两种方法重叠的基因作为核心基因。
评估核心基因对椎间盘退变的诊断价值。
构建列线图、校准曲线、临床决策曲线和临床影响曲线,并用ROC曲线评估预测能力。
在单细胞水平验证核心基因表达,并分析椎间盘退变中的细胞组成和免疫浸润。
分析GSE144889数据集,进行UMAP聚类、细胞注释,比较不同退化程度样本的细胞比例,并分析核心基因表达。
验证核心基因在细胞模型中的蛋白表达和细胞衰老表型。
用IL-1β处理人/大鼠髓核细胞,通过Western blot检测CTGF和collagen II表达,通过SA-β-gal染色评估细胞衰老。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM-F12培养基 | Biosharp | BL305A |
| 胎牛血清 | VivaCell | -- | |
| 药物处理 | 白细胞介素-1β | Aladdin | -- |
| Western blot | RIPA裂解液 | -- | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Aladdin | B665595 | |
| β-肌动蛋白一抗 | Proteintech | 20536-1-AP | |
| 结缔组织生长因子一抗 | Proteintech | 25474-1-AP | |
| II型胶原一抗 | abcam | ab307674 | |
| 山羊抗兔IgG二抗 | Sigma-Aldrich | AP307P | |
| ECL底物 | -- | -- | |
| 自动化化学发光成像系统 | Tannon-5200 | Tannon-5200 | |
| 细胞衰老检测 | 衰老β-半乳糖苷酶染色试剂盒 | -- | -- |
| 细胞培养 | 人髓核细胞 | Procell | CP-H097 |
| 大鼠髓核细胞 | Procell | CP-R145 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 数据预处理 | 数据来源GSE23130和GSE15227,样本量38,批次效应消除方法,分组标准 阅读提示:Methods 2.1和Results 3.1 |
| 差异表达分析 | 筛选阈值|logFC|>1, p<0.05 阅读提示:Methods 2.3和Results 3.2 |
| WGCNA | 软阈值β=6,最小模块大小90,模块与性状相关性阈值 阅读提示:Methods 2.5和Results 3.4 |
| 细胞模型验证 | 细胞类型、IL-1β浓度10 ng/mL、处理时间24小时、培养条件 阅读提示:Methods 2.9和Results 3.8 |
| 单细胞RNA测序 | 数据GSE144889,过滤参数,归一化方法,聚类参数 阅读提示:Methods 2.8和Results 3.7 |