KKBS成分分析与代谢组学
鉴定KKBS的化学成分并确定其影响的主要代谢通路。
使用LC-MS/MS分析KKBS化学成分,对db/db小鼠血浆进行代谢组学分析,鉴定差异代谢物并富集KEGG通路。
Nephroprotective mechanism of Kunkui Baoshen decoction in diabetic kidney disease: Targeting the HERC2/NCOA4-mediated autophagy-dependent ferroptosis pathway.
包含代谢组学、转录组学、体外细胞实验、体内动物实验及机制验证(如Co-IP、泛素化突变体),多证据层级支持核心结论。
高糖诱导的HK-2细胞 db/db小鼠模型
db/db小鼠分组:模型组(0.5%羧甲基纤维素)、低剂量KKBS(11.05 g/kg)、高剂量KKBS(22.1 g/kg)、阳性对照(厄贝沙坦1.36 g/kg),每组n=8 HK-2细胞处理:正常糖5.5 mmol/L,高糖50 mmol/L,KKBS 14%,Fer-1 10 μM,处理24小时 KKBS制备:四味中药(黄芪30 g、雷公藤根15 g、酒萸肉10 g、黄蜀葵花30 g)煎煮浓缩至1 g/mL 铁死亡指标:Fe2+/Fe3+、MDA、ROS、GSH/GSSG、GPX4、SLC7A11 NCOA4泛素化检测:Co-IP、MG132(10 μM)和3-MA(5 mmol/L)处理
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定KKBS的化学成分并确定其影响的主要代谢通路。
使用LC-MS/MS分析KKBS化学成分,对db/db小鼠血浆进行代谢组学分析,鉴定差异代谢物并富集KEGG通路。
识别KKBS治疗DKD的关键靶基因和信号通路。
对KKBS治疗组和db/db组肾组织进行RNA-seq,鉴定差异表达基因,进行PPI网络和KEGG富集分析。
评估KKBS对高糖诱导的HK-2细胞损伤的保护作用。
使用HG诱导的HK-2细胞,检测细胞活力、迁移、凋亡、炎症、纤维化标志物。
评估KKBS对db/db小鼠DKD的肾保护作用。
使用db/db小鼠模型,KKBS灌胃12周,检测肾功能、组织病理、炎症和纤维化标志物。
验证KKBS是否抑制铁死亡。
在体内外检测铁死亡标志物,包括Fe2+/Fe3+、MDA、ROS、GSH/GSSG、GPX4、SLC7A11,并用Fer-1作为阳性对照。
验证KKBS是否通过调控NCOA4介导的铁蛋白自噬来抑制铁死亡。
检测自噬相关蛋白(ATG7、LC3、SQSTM1、FTH1),IF共定位,siRNA敲低NCOA4验证。
阐明KKBS促进NCOA4降解的分子机制。
用MG132和3-MA处理,检测NCOA4水平;Co-IP验证泛素化;HERC2过表达;泛素突变体分析;分子对接。
验证KKBS在体内对HERC2/NCOA4介导的自噬依赖性铁死亡通路的影响。
Western blot和免疫组化检测肾组织中HERC2、NCOA4、ATG7、SQSTM1、FTH1、LC3、SLC7A11、GPX4的表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM/F12培养基 | Procell | PM150312B |
| 胎牛血清 | Procell | PM150312B | |
| 细胞增殖检测 | 细胞计数试剂盒-8 | Beyotime Biotechnology | C0037 |
| 铁死亡指标检测 | 铁离子检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng | A039-2-1 |
| 脂质过氧化检测 | 丙二醛检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng | A003-1-2 |
| 氧化应激检测 | 活性氧检测试剂盒 | Beyotime Biotechnology | S0033S |
| 细胞培养 | 磷酸盐缓冲液 | Beyotime Biotechnology | C0221A |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | New Cell and Molecular Biotech | WB3100 |
| 蛋白定量 | BCA蛋白检测试剂盒 | New Cell and Molecular Biotech | WB6501 |
| Western blot | PVDF膜 | Merck Millipore | IPFL00010 |
| 快速封闭液 | New Cell and Molecular Biotech | P30500 | |
| HRP标记二抗 | New Cell and Molecular Biotech | WB20500 | |
| 增强化学发光底物 | New Cell and Molecular Biotech | P10300 | |
| 免疫共沉淀 | 蛋白A琼脂糖试剂盒 | Beyotime | P2051 |
| SDS蛋白上样缓冲液 | Beyotime | P0015A | |
| 细胞通透 | Triton X-100 | Beyotime | ST795 |
| 免疫荧光 | 荧光封闭液 | Beyotime | P0260 |
| FITC标记二抗 | Beyotime | P0196 | |
| Cy3标记二抗 | Beyotime | P0183 | |
| DAPI染色液 | Beyotime | C1005 | |
| 动物实验 | db/db小鼠 | Jiangsu Ailingfei Biotechnology | -- |
| 羧甲基纤维素 | -- | -- | |
| 厄贝沙坦 | -- | -- | |
| 免疫组化 | Mayer苏木素 | Servicebio | G1080 |
| 细胞培养 | TRIzol试剂 | Magen | -- |
| RNA-seq | mRNA-seq文库制备试剂盒 | ABclonal | -- |
| RNA提取 | RNA提取试剂系统 | Beyotime Biotechnology | R0017M |
| 逆转录 | 逆转录试剂盒 | Vazyme | R323 |
| 细胞培养 | 支原体检测试剂盒 | Lonza | -- |
| 细胞转染 | HERC2过表达质粒 | Sangon Biotech | -- |
| NCOA4敲低siRNA | Sangon Biotech | -- | |
| Western blot | Caspase-3抗体 | Proteintech | 19677-1-AP |
| Bax抗体 | Proteintech | 50599-2-Ig | |
| TNF-α抗体 | Proteintech | 17590-1-AP | |
| GAPDH抗体 | Proteintech | 10494-1-AP | |
| IL-6抗体 | Proteintech | 21865-1-AP | |
| E-钙黏蛋白抗体 | Proteintech | 20874-1-AP | |
| TGF-β1抗体 | Proteintech | 81746-2-RR | |
| α-平滑肌肌动蛋白抗体 | Proteintech | 14395-1-AP | |
| GPX4抗体 | Proteintech | 30388-1-AP | |
| 免疫球蛋白G抗体 | Proteintech | 11541-1-AP | |
| 泛素抗体 | Proteintech | 10201-2-AP | |
| SLC7A11抗体 | Affinity | DF12509 | |
| ATG7抗体 | Affinity | DF6130 | |
| SQSTM1抗体 | Affinity | AF5384 | |
| LC3抗体 | Affinity | AF5402 | |
| HERC2抗体 | Shanghai Caiyou Industry | CY-15460R | |
| FTH1抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-376594 | |
| NCOA4抗体 | Abcam | ab314553 | |
| NCOA4抗体(单克隆) | Beijing Novus | H00008031-M04G |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| KKBS制备 | 药材来源、煎煮条件(浸泡30分钟,加水10倍量煎煮30分钟,第二次8倍量),浓缩至1 g/mL。 阅读提示:Methods:Analysis of KKBS components and metabonomics analysis |
| 细胞培养与处理 | HK-2细胞系来源(Procell,CL-0109),培养条件(低糖DMEM/F12+10% FBS,37°C,5% CO2),处理浓度(HG 50 mmol/L,KKBS 14%,Fer-1 10 μM),处理时间24小时。 阅读提示:Methods:Culturing conditions |
| 动物实验 | db/db小鼠来源、周龄(8周)、性别(雄性),分组(模型、L-KKBS 11.05 g/kg、H-KKBS 22.1 g/kg、厄贝沙坦1.36 g/kg),每组8只,给药方式(口服灌胃),治疗周期12周,DKD确诊标准(空腹血糖≥16.7 mmol/L,UACR≥30 mg/g)。 阅读提示:Methods:Animal experimentation and Animal grouping and model establishment |
| 转录组学 | 每组n=3,RNA提取方法,文库制备试剂盒,测序平台(NovaSeq 6000或MGISEQ-T7),差异基因筛选标准(|log2FC|>1,P<0.05)。 阅读提示:Methods:Transcriptomic analysis |
| 代谢组学 | 血浆样本来源(db/db小鼠),LC-MS/MS条件,数据处理(Progenesis QI),统计阈值(VIP>1,P<0.05)。 阅读提示:Methods:Metabonomics analysis |
| 机制验证 | 蛋白质降解抑制剂MG132(10 μM)和3-MA(5 mmol/L)浓度,Co-IP抗体验证,泛素突变体(K48R等),分子对接蛋白结构(HERC2 PDB 7Q40,NCOA4 PDB 1T5Z)。 阅读提示:Methods:Western blot and co-immunoprecipitation,Figure 11 |