建立并验证黑色素瘤相关内皮细胞模型
建立模拟黑色素瘤相关内皮细胞特征的共培养模型,以研究肿瘤细胞对内皮细胞的影响。
使用Transwell共培养体系,将A2058或A375黑色素瘤细胞与HUVEC共培养72小时,建立TA-HUVEC,并通过CCK8、迁移、成管实验和蛋白表达验证其促血管生成表型。
Lactate-mediated histone lactylation promotes melanoma angiogenesis via IL-33/ST2 axis.
包含体外共培养模型、体内异种移植瘤模型、RNA测序、ChIP、双荧光素酶报告基因等实验,并进行功能验证和机制验证。
人脐静脉内皮细胞(HUVEC)共培养模型(TA-HUVEC) 小鼠黑色素瘤B16F10异种移植瘤模型 黑色素瘤组织芯片(TMA)
TA-HUVEC共培养条件:A2058细胞与HUVEC以Transwell共培养72小时 NALA处理浓度10 mM,A-485处理浓度10 μM B16F10细胞接种量5×10^5,C57BL/6小鼠 药物剂量:FX-11(2.5 mg/kg)、IL-33(10 μg/kg)、A-485(2.5 mg/kg)、DC101(10 mg/kg)、anti-ST2抗体(1 mg/kg) 统计分析:至少三次独立实验,采用t检验或ANOVA
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立模拟黑色素瘤相关内皮细胞特征的共培养模型,以研究肿瘤细胞对内皮细胞的影响。
使用Transwell共培养体系,将A2058或A375黑色素瘤细胞与HUVEC共培养72小时,建立TA-HUVEC,并通过CCK8、迁移、成管实验和蛋白表达验证其促血管生成表型。
确定外源性乳酸和组蛋白乳酸化是否促进血管生成,并验证其依赖性。
用NALA处理TA-HUVEC,并用A-485抑制组蛋白乳酸化,检测细胞功能变化及H3K18la、CD31、VEGFA表达;在体内用FX-11抑制LDHA或NaHCO3 NPs中和乳酸,观察肿瘤生长和血管变化。
寻找乳酸和组蛋白乳酸化调控血管生成的关键下游分子。
对三种处理(DMSO、NALA、NALA+A-485)的TA-HUVEC进行RNA-seq,分析差异表达基因,通过GO富集、Venn分析聚焦于受体基因,并验证ST2表达变化。
证实乳酸通过增加ST2启动子H3K18la富集来促进其转录。
通过ChIP实验检测ST2启动子区域H3K18la富集,并用双荧光素酶报告实验验证启动子活性。
验证IL-33/ST2轴是否介导乳酸促进的血管生成,并探究其下游信号。
在TA-HUVEC中敲低ST2,用IL-33和NALA处理,检测细胞增殖、迁移、成管能力及磷酸化AKT水平。
在体内验证IL-33/ST2轴促进黑色素瘤血管生成,并依赖组蛋白乳酸化。
在B16F10异种移植瘤模型中,给予IL-33或联合A-485,检测肿瘤生长和血管参数。
探究乳酸和组蛋白乳酸化是否影响HEV形成。
用LTβR激动剂抗体诱导TA-HUVEC HEV特征,用NALA和A-485处理,检测MECA-79、PNAd、ICAM1表达;在体内LX-11处理后检测HEV比例。
探索LDHA抑制或ST2抑制能否增强抗血管生成药物疗效。
在B16F10模型中,给予DC101单药或联合FX-11或anti-ST2,检测肿瘤生长和血管参数。
在黑色素瘤患者组织验证组蛋白乳酸化-ST2轴的临床相关性。
对包含18例痣和74例黑色素瘤组织的组织芯片进行IHC染色,分析H3K18la与CD31、VEGFA、ST2表达的相关性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Servicebio | G4511-500ML |
| 胎牛血清 | Procell | 164210 | |
| 青霉素/链霉素 | Sigma-Aldrich | V900929100 | |
| 药物处理 | 乳酸钠 | Sigma-Aldrich | 71718 |
| A-485 | Selleck | S8740 | |
| IL-33 | MCE | HY-P7041 | |
| FX-11 | GLPBIO | GC34011 | |
| 细胞培养 | 嘌呤霉素 | GLPBIO | GC16384 |
| 动物实验 | 三溴乙醇 | Nanjing Aibei Biotechnology | M2910 |
| 细胞共培养 | Transwell小室(3 μm孔径) | Falcon | 3402 |
| 细胞增殖检测 | CCK8试剂盒 | Beyotime Biotechnology | C0038 |
| 细胞迁移检测 | Transwell小室(8 μm孔径) | Falcon | -- |
| 细胞染色 | 结晶紫 | Beyotime Biotechnology | C0121 |
| 血管形成实验 | 基质胶 | ABW | 0827245 |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | CST | 5871 | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | A55860 | |
| CD31抗体 | Proteintech | 11265-1-AP | |
| VEGFA抗体 | Abcam | ab39638 | |
| H3K18la抗体 | PTM BIO | PTM-1406RM | |
| ST2抗体 | Merck | ZRT1338 | |
| PNAd抗体 | Abcam | ab111710 | |
| ICAM1抗体 | Abcam | ab53013 | |
| 磷酸化Akt抗体 | Cell Signaling Technology | 4060T | |
| Akt抗体 | Cell Signaling Technology | 4691T | |
| β-微管蛋白抗体 | Proteintech | 66240-1-Ig | |
| GAPDH抗体 | Abcam | ab8245 | |
| HRP标记二抗 | Cell Signaling Technology | -- | |
| 增强化学发光Western blot检测试剂盒 | Beyotime Biotechnology | -- | |
| ChemiDoc XRS+成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| RT-qPCR | SYBR Green PCR预混液 | -- | -- |
| 实时荧光定量PCR系统 | Bio-Rad | -- | |
| RNA-seq | Bioanalyzer 2100系统 | Agilent Technologies | -- |
| RNA Nano 6000检测试剂盒 | -- | -- | |
| AMPure XP系统 | -- | -- | |
| cBot簇生成系统 | Illumina | -- | |
| TruSeq PE簇生成试剂盒v3-cBot-HS | Illumina | -- | |
| Illumina Novaseq测序平台 | Illumina | -- | |
| ChIP | 染色质免疫沉淀试剂盒 | Cell Signaling Technology | 56383 |
| H3K18la抗体 | PTM BIO | PTM-1427RM | |
| 双荧光素酶报告实验 | pGL3-Basic载体 | Promega | -- |
| pRL-TK海肾荧光素酶对照载体 | Promega | -- | |
| Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | -- | |
| 双荧光素酶报告基因检测系统 | Promega | -- | |
| 乳酸检测 | 乳酸检测试剂盒 | NanJing Jiancheng Bioengineering | A019-2-1 |
| 流式细胞术 | 70 µm细胞筛网 | Corning | 352350 |
| Zombie UV活力染料 | Biolegend | 423108 | |
| Fc封闭抗体 | Invitrogen | 14-9161-73 | |
| Pacific Blue标记抗小鼠CD45抗体 | Biolegend | 103126 | |
| APC标记抗小鼠CD31抗体 | Biolegend | 160210 | |
| Alexa Fluor 488标记抗小鼠MECA-79抗体 | eBioscience | 53-6036-80 | |
| 固定/破膜液 | Invitrogen | 00-5523-00 | |
| BD LSRFortessa™流式细胞仪 | BD Biosciences | -- | |
| 免疫荧光 | 玻璃底培养皿 | NEST | 706201 |
| 山羊血清 | Thermo Fisher Scientific | 16210064 | |
| CD31抗体 | Proteintech | 11265-1-AP | |
| H3K18la抗体 | PTM BIO | PTM-1406RM | |
| ST2抗体 | Abcam | ab25877 | |
| MECA-79抗体 | Santa Cruz Biotechnology | SC-19602 | |
| Cy3荧光二抗 | Abcam | ab6939 | |
| Alexa Fluor 488荧光二抗 | Abcam | ab150077 | |
| DAPI染色液 | Abcam | ab285390 | |
| 激光扫描共聚焦显微镜(LSM 980) | Zeiss | -- | |
| 免疫组化 | SP兔/鼠HRP试剂盒 | CWBIO | CW2069S |
| CD31抗体 | Proteintech | 11265-1-AP | |
| H3K18la抗体 | PTM BIO | PTM-1406RM | |
| VEGFA抗体 | Abcam | ab39638 | |
| ST2抗体 | Abcam | ab25877 | |
| AEC过氧化物酶底物试剂盒 | Solarbio | A1020 | |
| 动物实验 | 三溴乙醇 | Nanjing Aibei Biotechnology | M2910 |
| OCT成像 | 动物OCT血管成像系统(ISOCTA) | -- | -- |
| 数据分析 | ImageJ软件 | -- | -- |
| FlowJo软件 | -- | -- | |
| GraphPad Prism软件 | -- | -- | |
| MATLAB脚本 | MathWorks | -- | |
| 肿瘤组织芯片 | 肿瘤组织芯片(TMA MME1004j) | Taibsbio | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与共培养 | 细胞系来源、共培养比例(A2058 1×10^5细胞/mL vs HUVEC 1×10^5细胞/mL)、共培养时间72小时、培养基DMEM、FBS浓度10% 阅读提示:Methods: Cell culture and reagents; The establishment of melanoma-associated endothelial cells (TA-HUVEC) via co-culture system |
| 药物处理 | NALA浓度10 mM,A-485浓度10 μM,处理时间48小时(体外);体内给药剂量:FX-11 2.5 mg/kg,IL-33 10 μg/kg,A-485 2.5 mg/kg,DC101 10 mg/kg,anti-ST2 1 mg/kg,给药方式腹腔或瘤内,隔天一次共10天 阅读提示:Methods: Cell culture and reagents; Mice model and treatments; Results: Fig.2, Fig.5, Fig.6 |
| 体外功能实验 | CCK8实验接种密度5×10^3/孔,检测时间0/24/48/72小时;Transwell迁移实验细胞密度4×10^4/mL,用8μm孔径小室,处理48小时,加入丝裂霉素C 5 μg/mL;划痕实验接种6×10^5/孔,加入丝裂霉素C 5 μg/mL,培养24-48小时;成管实验Matrigel 50 μL/孔,细胞3×10^4,培养6小时 阅读提示:Methods: CCK8 assay; Transwell migration assay; Wound healing assay; Tube formation assay |
| 分子机制实验 | ChIP实验使用anti-H3K18la抗体,交联1%甲醛20分钟,微球菌核酸酶消化20分钟,检测ST2启动子区域;双荧光素酶报告实验使用ST2启动子全长构建,共转染1 μg报告质粒和50 ng pRL-TK,处理NALA 10 mM或联合A-485 10 μM 24小时 阅读提示:Methods: Chromatin immunoprecipitation (ChIP); Dual-luciferase reporter assay |
| 动物实验 | 小鼠品系C57BL/6,雌性,8周龄;接种B16F10细胞5×10^5皮下;肿瘤体积达到30-50 mm³开始给药;肿瘤直径不超过2 cm;样本量n=5;4D-OCT成像参数 阅读提示:Methods: Mice model and treatments; Fig.5, Fig.6 |
| 流式细胞术 | 肿瘤组织单细胞悬液制备使用70 μm筛网;死活染色Zombie UV;抗体稀释倍数:CD45 1:1000,CD31 1:1000,MECA-79 1:1000 阅读提示:Methods: Flow cytometry analysis |
| 临床样本分析 | 组织芯片包含18例痣和74例黑色素瘤;IHC染色使用CD31、H3K18la、VEGFA、ST2抗体;按H3K18la中位数分组比较CD31、VEGFA、ST2表达 阅读提示:Results: The inhibition of LDHA or ST2 increases the efficacy of anti-angiogenic inhibitor in melanoma; Supplementary Fig. S7 |