临床样本及数据库分析
评估NFS1和FXN在DLBCL患者中的表达水平及其与预后的关系。
利用TCGA、GEO数据库分析NFS1和FXN的mRNA水平;收集77例DLBCL临床样本进行IHC染色,并分析NFS1表达与临床病理特征的关系。
NFS1, together with FXN, protects cells from ferroptosis and DNA damage in diffuse large B-cell lymphoma.
包含临床样本分析、体外细胞功能实验、体内异种移植模型、机制验证(催化突变、铁死亡抑制/诱导剂)及蛋白质组学等多层次证据。
DLBCL细胞系DB、SU-DHL-4、FARAGE、SU-DHL-8、U-2932 SCID-NOD小鼠异种移植瘤模型 77例DLBCL患者临床组织样本 TCGA-DLBCL和GEO数据集(GSE12453、GSE56315)
NFS1敲低或过表达对细胞活力、LDH和脂质ROS的影响 铁死亡诱导剂(erastin、BSO、RSL3)和抑制剂(Fer-1、DFO)处理 NFS1催化残基突变(C381)对功能的影响 FXN敲低对NFS1介导的细胞保护作用的影响 NFS1或FXN敲低对DNA损伤标志物(p-CHK1、p-H2AX)和8-oxoG水平的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估NFS1和FXN在DLBCL患者中的表达水平及其与预后的关系。
利用TCGA、GEO数据库分析NFS1和FXN的mRNA水平;收集77例DLBCL临床样本进行IHC染色,并分析NFS1表达与临床病理特征的关系。
验证NFS1和FXN对DLBCL细胞活力、细胞死亡及铁死亡的影响。
通过siRNA敲低NFS1或FXN,使用CCK-8检测细胞活力,LDH检测细胞毒性,流式细胞术检测脂质ROS,并检测GSH、Fe2+水平及铁死亡相关蛋白表达。
评估NFS1敲低对DLBCL肿瘤生长的影响。
将NFS1敲低的DB或SU-DHL-4细胞皮下注射至SCID-NOD小鼠,测量肿瘤体积和重量,并通过IHC检测Ki67和NFS1表达。
阐明NFS1和FXN调控铁死亡和DNA损伤的分子机制。
使用NFS1催化突变体(C381)进行功能互补实验;检测铁代谢相关蛋白(FECH、TFRC、FTHL、FTHH)、DNA损伤标志物(p-CHK1、p-H2AX)和DNA聚合酶(POLA1、POLD1、POLE)的表达。
鉴定NFS1敲低后DLBCL细胞中差异表达蛋白,以探索下游机制。
对NFS1敲低和对照细胞进行label-free定量蛋白质组学分析,并进行PCA、GO和KEGG富集分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Solarbio | 31800 |
| 胎牛血清 | Sijiqing | 11011-8611 | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| Western blotting | RIPA裂解液 | Solarbio | R0010 |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Solarbio | PC0020 | |
| SDS-PAGE凝胶 | Solarbio | D1010 | |
| PVDF膜 | Millipore | IPVH00010 | |
| 增强化学发光试剂 | Solarbio | PE0010 | |
| NFS1抗体 | ABclonal | A13385 | |
| FXN抗体 | ABclonal | A1745 | |
| FECH抗体 | ABclonal | A8418 | |
| TFRC抗体 | ABclonal | A5865 | |
| FTHL抗体 | ABclonal | A1768 | |
| FTHH抗体 | Zen-Bio | R382071 | |
| CHK1抗体 | Affinity | AF6007 | |
| 磷酸化CHK1抗体 | Affinity | AF3008 | |
| H2AX抗体 | Affinity | AF6187 | |
| 磷酸化H2AX抗体 | Affinity | AF3187 | |
| POLA1抗体 | Zen-Bio | P09884 | |
| POLD1抗体 | Affinity | DF3997 | |
| POLE抗体 | Genetex | GTX132100 | |
| GPX4抗体 | Affinity | DF6701 | |
| SLC7A11抗体 | Zen-bio | R382036 | |
| FSP1抗体 | Zen-bio | 342551 | |
| 山羊抗兔IgG-HRP | Solarbio | SE134 | |
| 细胞活力检测 | CCK-8检测试剂盒 | Keygen | KGA317 |
| LDH检测 | LDH检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng | A020 |
| 8-oxoG ELISA检测 | 8-氧代-2'-脱氧鸟苷ELISA试剂盒 | Abcam | ab201734 |
| 药物处理 | 甲磺酸去铁胺 | Sigma | D9533 |
| Ferrostatin-1 | Sigma | SML0583 | |
| N-乙酰半胱氨酸 | Sigma | A7250 | |
| Erastin | Selleck Chemicals | S7242 | |
| 铁死亡抑制剂 | Ferrostatin-1 | Aladdin | F129882 |
| 去铁胺 | Mecklin | D873692 | |
| 凋亡抑制剂 | ZVAD-FMK | Mecklin | Z860402 |
| 坏死抑制剂 | 坏死磺酰胺 | Aladdin | N302487 |
| 铁死亡诱导剂 | Erastin | Yuanye | S80804 |
| 丁硫氨酸亚砜胺 | Yuanye | S51087 | |
| RAS选择性致死化合物3 | Aladdin | R302648 | |
| 脂质ROS检测 | C11 BODIPY探针 | Maokang Bio | MX5211 |
| GSH检测 | 谷胱甘肽检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng | A006-2-1 |
| Fe2+检测 | 亚铁离子检测试剂盒 | Solarbio | BC5415 |
| qPCR | TRIpure试剂 | BioTeke | RP1001 |
| BeyoRT II M-MLV逆转录酶 | Beyotime | D7160L | |
| 2×Taq PCR预混液 | Solarbio | PC1150 | |
| SYBR Green荧光染料 | Solarbio | SY1020 | |
| 细胞周期检测 | 细胞周期检测试剂盒 | Beyotime | C1052 |
| 细胞增殖检测 | kFluor488-EdU染色增殖试剂盒 | KeyGen | KGA330 |
| 流式细胞术 | 流式细胞仪 | Agilent | -- |
| 微孔板读数 | 微孔板读数仪 | BIOTEK/BioTek | -- |
| 蛋白质组学分析 | Orbitrap Exploris 480质谱仪 | Thermo Fisher | -- |
| Nanospray Flex离子源 | Thermo Fisher | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源和培养条件(培养基、血清浓度、温度、CO2浓度) 阅读提示:Methods 1.3 Cell culture and treatments |
| 药物处理 | 铁死亡诱导剂(erastin, BSO, RSL3)和抑制剂(Fer-1, DFO)的浓度、处理时间 阅读提示:Methods 1.3 和 1.7;Figure legends 3 和 4 |
| 细胞活力检测 | CCK-8检测的细胞密度、孵育时间、吸光度波长 阅读提示:Methods 1.5 CCK-8 assay |
| 脂质ROS检测 | C11 BODIPY染色浓度、染色时间、流式细胞仪设置 阅读提示:Methods 1.8 Lipid ROS measurement |
| 体内异种移植实验 | 小鼠品系、周龄、性别、细胞注射数量、肿瘤测量时间点 阅读提示:Methods 1.12 Tumor xenograft models |
| DNA损伤检测 | 8-oxoG ELISA检测方法、S期富集方法、抗体(p-CHK1, p-H2AX)稀释度 阅读提示:Methods 1.7 和 Figure 7 图注 |