肠道菌群组成分析
比较EC患者与健康对照者肠道菌群组成差异
收集粪便样本,提取DNA,进行16S rRNA基因V4区扩增和测序,分析α多样性、β多样性和差异菌群。
Butyrate enhances gut dysbiosis by activating the cAMP/PKA/CREB signaling pathway to inhibit the progression of endometrial carcinoma.
包含体外细胞功能实验(CCK-8、EdU、划痕、Transwell)、RNA-seq、Western blot、体内FMT小鼠模型及结肠组织病理和ELISA检测,多个独立证据层级验证。
人子宫内膜癌细胞系Ishikawa和AN3CA Balb/c裸鼠皮下移植瘤模型(patient-derived xenografts) EC患者粪便样本(30例)和健康志愿者粪便样本(10例)
EC患者粪便上清液处理Ishikawa和AN3CA细胞时,NaB和NaAC的浓度(1 mM)及处理时间(24小时) FMT小鼠模型中,ABX(抗生素)预处理10天,每日灌胃200 μL EC患者粪便或加NaB(20 mg/kg体重)持续16天 AN3CA细胞RNA-seq分析中,EC_NaB组与EC组的差异基因数量(6338上调,5221下调) Western blot检测p-PKA、p-CREB、Bcl2、BAX等蛋白表达的变化
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
比较EC患者与健康对照者肠道菌群组成差异
收集粪便样本,提取DNA,进行16S rRNA基因V4区扩增和测序,分析α多样性、β多样性和差异菌群。
检测EC患者与健康对照者粪便中SCFAs浓度差异
用LC-MS定量分析粪便中七种SCFAs浓度,并进行组间比较和相关分析。
验证EC粪便上清液及添加NaB或NaAC对EC细胞增殖、凋亡、迁移和侵袭的影响
用Ishikawa和AN3CA细胞,分别用PBS、EC粪便上清液、上清液加NaB或NaAC处理,进行CCK-8、EdU、划痕和Transwell实验,并用Western blot检测凋亡相关蛋白。
探究NaB抑制EC细胞恶性进程的信号通路
提取AN3CA细胞总RNA,进行RNA-seq,比较EC组、EC_NaB组和NC组的基因表达,KEGG富集分析。
验证EC粪便移植对肿瘤生长的影响及NaB的干预效果
建立AN3CA皮下移植瘤模型,随机分为4组,分别给予PBS、EC粪便、EC粪便+NaB灌胃,测量肿瘤体积和重量,进行H&E、IHC、TUNEL和Western blot检测。
观察EC粪便灌胃引起的小鼠结肠炎症和屏障损伤,以及NaB的缓解作用
取小鼠结肠组织,进行H&E染色评估组织学损伤,IHC和Western blot检测紧密连接蛋白Occludin和Claudin1,ELISA检测炎症因子IL-1β、TNF-α和IL-10,FISH检测变形菌门分布。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 16S rRNA基因测序 | 磁珠法土壤和粪便DNA提取试剂盒 | TianGen | DP328 |
| Phusion®高保真PCR预混液 | NEB | M0532S | |
| Qiagen凝胶回收试剂盒 | Qiagen | 28704 | |
| TruSeq® DNA无PCR试剂盒 | Illumina | FC-121-3001 | |
| Qubit® 2.0荧光计 | Thermo Fisher | -- | |
| 安捷伦生物分析仪2100 | Agilent | -- | |
| RNA-seq | TRIzol试剂 | Takara | 9109 |
| RNA Nano 6000检测试剂盒 | Agilent | 5067-1511 | |
| SuperScript II逆转录酶 | Thermo Fisher | 18064-014 | |
| AMPure XP磁珠 | Beckman Coulter | -- | |
| TruSeq PE簇生成试剂盒v3-cBot-HS | Illumina | -- | |
| 化学试剂 | 丁酸钠 | Merk | 303410 |
| 乙酸钠 | Merk | S8750 | |
| 细胞培养 | 改良Eagle培养基(DMEM) | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素和链霉素 | -- | -- | |
| 细胞增殖 | CCK-8检测试剂盒 | Bioground | BG0025 |
| EdU检测试剂盒 | Beyotime | C0071S | |
| DAPI | Beyotime | C1006 | |
| 细胞侵袭 | 基质胶 | Corning | 354234 |
| 动物实验 | Balb/c裸鼠 | Hunan SJA Laboratory Animal Co., Ltd. | -- |
| 改良显色法鲎试剂内毒素检测试剂盒 | Beyotime | C0278S | |
| 组织学 | 组织固定液 | Servicebio | G1101 |
| 苏木素-伊红染色液 | Beyotime | C0105M | |
| 免疫组织化学 | 柠檬酸抗原修复液 | Beyotime | P0083 |
| Ki-67抗体 | Abclonal | A20018 | |
| Occludin抗体 | CST | #91131S | |
| Claudin1抗体 | Abclonal | A11530 | |
| 二抗 | Boster | SV0004 | |
| DAB显色剂 | ABclonal | RK50015 | |
| 苏木素 | Beyotime | C0107 | |
| ELISA | 磷酸酶抑制剂混合物和蛋白酶抑制剂 | Beyotime | P1045 |
| IL-1β ELISA试剂盒 | ABclonal | RK00006 | |
| TNF-α ELISA试剂盒 | ABclonal | RK00027 | |
| IL-10 ELISA试剂盒 | ABclonal | RK00016 | |
| RT-qPCR | 逆转录试剂盒 | Takara | RR047A |
| TB Green预混液Ex Taq II | Takara | RR820A | |
| CFX96 Touch实时荧光定量PCR仪 | Bio-Rad | -- | |
| Western Blot | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| 5× SDS上样缓冲液 | Beyotime | P0015L | |
| SDS-PAGE试剂盒 | Beyotime | P0012A | |
| PVDF膜 | Millipore | ISEQ00010, IPVH00010 | |
| Bcl2抗体 | CST | #15071 | |
| BAX抗体 | Abclonal | A20227 | |
| α-微管蛋白抗体 | Abclonal | A6830 | |
| β-肌动蛋白抗体 | Abclonal | AC026 | |
| 磷酸化CREB抗体 | CST | #9198 | |
| CREB抗体 | CST | #9197 | |
| 磷酸化PKA抗体 | Affinity | #AF7246 | |
| PKA抗体 | Affinity | #AF7746 | |
| ECL底物 | ABclonal | RM00021 | |
| ChemiDoc凝胶成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| TUNEL | TUNEL试剂盒 | Beyotime | C1088 |
| 蛋白酶K | Beyotime | ST533 | |
| FISH | FISH试剂盒 | Servicebio | GF003 |
| 靶向变形菌门的FISH探针 | Servicebio | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 粪便16S rRNA测序 | 样本量:30例EC患者和10例健康志愿者;DNA提取试剂盒(TianGen DP328);PCR引物515F-806R;测序平台(Illumina NovaSeq) 阅读提示:方法部分“Stool 16 s rRNA gene sequencing and analysis” |
| SCFAs测定 | 粪便样本量(100 mg)和提取方法;LC-MS条件(色谱柱、流动相);SCFAs浓度计算方式 阅读提示:方法部分“Stool SCFAs measurements by LC–MS” |
| 细胞表型实验 | 细胞系(Ishikawa, AN3CA);NaB和NaAC浓度(1 mM);处理时间(24 h EdU,48 h划痕和Transwell);重复次数(3个独立生物学重复,每个3个技术重复) 阅读提示:方法部分“Cell culture”、“CCK-8 assay”、“EdU staining”、“Wound healing assay”、“Transwell assay” |
| RNA-seq | AN3CA细胞处理组(EC、EC_NaB、NC);RNA提取试剂(TRIzol);测序平台(Illumina Novaseq, 150 bp PE) 阅读提示:方法部分“RNA-seq” |
| 动物实验(FMT) | 小鼠品系和年龄(5周龄雌性Balb/c裸鼠);分组(NC、PBS、EC、EC+NaB),每组6只;ABX预处理10天;灌胃剂量(200 μL粪便或粪便+NaB 20 mg/kg,持续16天) 阅读提示:方法部分“Mice”和“FMT” |
| 结肠炎症评估 | 组织固定、包埋、切片方法;IHC抗体(Occludin, Claudin1)及稀释度;ELISA检测的炎症因子(IL-1β, TNF-α, IL-10) 阅读提示:方法部分“Hematoxylin&Eosin(H&E) staining”、“Immunohistochemistry(IHC)”、“Enzyme-linked immunosorbent assays (ELISA)” |