单细胞转录组分析RNF8缺失对睾丸细胞组成和功能的影响
探究RNF8基因缺失对小鼠睾丸细胞组成和基因表达的影响,以及生精细胞分化轨迹的变化。
对RNF8+/+和RNF8−/−小鼠睾丸进行scRNA-seq,UMAP聚类分析细胞类型,GSEA分析基因通路富集,Palantir伪时间分析生精细胞分化轨迹,并检测精子数量和形态。
The RNF8/OPTN/KDM6A axis controls macrophage polarization to maintain testicular microenvironment homeostasis.
包含体外细胞实验、小鼠体内模型、临床样本分析、单细胞测序等多层级证据,并有功能验证和机制验证。
RNF8−/−小鼠及野生型小鼠 293T细胞 小鼠腹腔巨噬细胞 临床精液样本(正常与少精症患者)
RNF8缺失导致睾丸中促炎巨噬细胞增加和精子减少 RNF8介导OPTN的K63泛素化修饰位于K448位点 OPTN泛素化促进KDM6A经自噬溶酶体途径降解 KDM6A通过降低H3K27me3促进促炎因子转录 促炎巨噬细胞注入小鼠睾丸导致生精功能障碍
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究RNF8基因缺失对小鼠睾丸细胞组成和基因表达的影响,以及生精细胞分化轨迹的变化。
对RNF8+/+和RNF8−/−小鼠睾丸进行scRNA-seq,UMAP聚类分析细胞类型,GSEA分析基因通路富集,Palantir伪时间分析生精细胞分化轨迹,并检测精子数量和形态。
评估少精症患者精液中的炎症状态和免疫细胞浸润情况。
收集正常和少精症患者精液样本,进行精子涂片染色(荧光染色、Giemsa染色)观察免疫细胞,ELISA检测精浆中IL-6和IL-1β水平。
验证系统性炎症和促炎巨噬细胞对睾丸生精功能的影响。
对WT小鼠腹腔注射LPS诱导全身炎症,或向睾丸注射体外诱导的促炎巨噬细胞,检测精子数量、生精细胞标志物、γ-H2AX等。
明确RNF8缺失是否导致巨噬细胞促炎极化增加,并影响生精。
比较WT和KO小鼠腹腔巨噬细胞及睾丸中巨噬细胞标志物表达,并注射WT或KO巨噬细胞至WT小鼠睾丸评估生精功能。
探究RNF8对组蛋白去甲基化酶KDM6A表达的影响及其机制。
在293T细胞中敲低或过表达RNF8,检测KDM6A、KDM6B、KDM3A及H3K27me3等水平;用LPS处理细胞观察动态变化;使用IOX1抑制KDM6A活性验证其作用。
验证RNF8是否通过自噬-溶酶体途径降解KDM6A,并明确OPTN在其中的作用。
用Co-IP检测RNF8与KDM6A、OPTN相互作用;用蛋白酶体抑制剂MG132和自噬抑制剂NH4Cl处理细胞;诱导自噬(EBSS或雷帕霉素)观察KDM6A变化;检测OPTN泛素化及K448突变的影响。
证实RNF8缺失在体内导致OPTNK63泛素化降低,影响KDM6A降解和巨噬细胞极化。
对WT和KO小鼠进行饥饿处理诱导自噬,检测睾丸组织中OPTN的泛素化水平;同时分析睾丸中KDM6A表达和炎症因子相关性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | HyClone | SH30022.01 |
| 胎牛血清 | Gibco | 10100147C | |
| 1640培养基 | Cytiva | SH30809.01 | |
| 青霉素/链霉素 | Solarbio | P1400 | |
| 293T细胞 | Pricella | CL-0005 | |
| 小鼠睾丸炎症模型 | 脂多糖 | MCE | HY-D1056 |
| 动物组织粘合 | 3M动物组织胶 | 3M | 1469SB |
| 免疫荧光 | DAPI染色液 | Solarbio | 28718-90-3 |
| Cy3标记抗兔二抗 | Invitrogen | A10520 | |
| FITC标记抗兔二抗 | Invitrogen | 65-6111 | |
| Cy3标记抗兔二抗 | Abcam | ab6939 | |
| Cy3标记抗小鼠二抗 | Invitrogen | A10521 | |
| 山羊血清 | Solarbio | S9070 | |
| 免疫共沉淀 | 蛋白A/G磁珠 | BeaverBeads | 22202-20 |
| MG132蛋白酶体抑制剂 | MCE | HY-13259 | |
| 环氧霉素 | MCE | HY-13821 | |
| 去泛素化酶抑制剂PR-619 | MCE | HY-13814 | |
| Ni2+ pull-down | 镍柱材料 | QIAGEN | 172034196 |
| qPCR | TRIzol试剂 | Ambient | 95141801 |
| FastKing反转录试剂盒 | Tiangen | KR118 | |
| SYBR Green PCR预混液 | Tiangen | FP205 | |
| 实时荧光定量PCR仪 | Bio-Rad | -- | |
| ELISA | 人白细胞介素6 ELISA试剂盒 | Xinbosheng | EHC007.96 |
| 人白细胞介素1β ELISA试剂盒 | Xinbosheng | EHC002b.96 | |
| 组织学染色 | 吉姆萨染色 | -- | -- |
| 免疫组化 | Opal染料 | Marlborough | 211229014 |
| 单细胞测序 | 10x Genomics Chromium单细胞3'建库试剂盒 | 10x Genomics | -- |
| Countess II细胞计数仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 片段分析仪5300 | Agilent | -- | |
| Western blot | PVDF膜 | -- | -- |
| 蛋白互作检测 | 蛋白A生物传感器 | SARTORIUS | -- |
| 抗体 | 抗RNF8抗体 | Proteintech | 14112-1-AP |
| 抗β-actin抗体 | Affinity | AF7018 | |
| 抗三甲基组蛋白H3赖氨酸27抗体 | Affinity | DF6941 | |
| 抗IL6抗体 | Affinity | DF6087 | |
| 抗IFN-γ抗体 | Affinity | DF6045 | |
| 抗γ-H2AX抗体 | Servicebio | GB111841-100 | |
| 抗CD86抗体 | Affinity | DF6332 | |
| 抗CD74抗体 | Immunoway | YT5464 | |
| 抗CD163抗体 | Proteintech | 16646-1-AP | |
| 抗OPTN抗体 | Proteintech | 10837-1-AP | |
| 抗CD206抗体 | Affinity | DF4149 | |
| 抗CD80抗体 | Proteintech | 66406-1-Ig | |
| 抗p62抗体 | Proteintech | 31403-1-AP | |
| 抗LC3抗体 | Proteintech | 14600-1-AP | |
| 抗c-kit抗体 | Affinity | AF6153 | |
| 抗Scp3抗体 | Proteintech | 23024-1-AP | |
| 抗Flag抗体 | Proteintech | 20543-1-AP | |
| 抗HA抗体 | Proteintech | 66006-2-Ig | |
| 抗His抗体 | Proteintech | 66005-1-Ig | |
| 抗泛素抗体 | Cell Signaling Technology | 91112S | |
| 抗K48连接泛素抗体 | Cell Signaling Technology | 12805 | |
| 抗K63连接泛素抗体 | Cell Signaling Technology | 5621S | |
| 自噬诱导 | Earle平衡盐溶液 | -- | -- |
| 雷帕霉素 | -- | -- | |
| 自噬抑制 | 氯化铵 | -- | -- |
| 荧光染色 | 线粒体染料 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型 | 小鼠品系为129S,2月龄雄性,RNF8敲除小鼠来源,饲养条件SPF级 阅读提示:Methods: Animals |
| 细胞培养 | 293T细胞系来源及培养条件(DMEM+10%FBS+1%PS,37°C,5%CO2);腹腔巨噬细胞提取方法(注射3%巯基乙酸盐) 阅读提示:Methods: Cells lines and cell culture |
| LPS诱导全身炎症模型 | LPS给药剂量、注射途径(腹腔注射)、时间点(未明确具体剂量,但提到80μg/ml LPS用于体外诱导,体内模型未给剂量) 阅读提示:Methods: Mice testicular hyperinflammation model |
| 促炎巨噬细胞注射模型 | 巨噬细胞数量(1×10^3细胞/睾丸)、注射体积(50µl)及对照处理(生理盐水) 阅读提示:Methods: Mice testicular hyperinflammation model |
| 自噬诱导 | EBSS或雷帕霉素处理浓度(100nM)和时间(4小时) 阅读提示:Figure 6 legend and related text |