AC K1在LUSC中的表达分析
验证ACK1在LUSC中的基因扩增和表达水平。
分析TCGA等数据集的基因改变,使用cBioPortal;比较正常与LUSC样本的mRNA表达;对43例LUSC组织微阵列进行免疫组化染色评估蛋白表达。
ACK1 condensates promote STAT5 signaling in lung squamous cell carcinoma.
包含多层级验证:体外细胞系(H2170、HeLa)实验、组织芯片免疫组化、体外液滴形成、RNA-seq和GSEA分析,并明确功能验证(增殖、迁移)和机制验证(激酶活性、IDR突变)。
H2170 人肺鳞状细胞癌细胞系 HeLa 人宫颈癌细胞系 HEK293T 人胚肾细胞系 LUSC 组织微阵列
细胞系:H2170、HeLa、HEK293T ACK1敲除细胞系构建(sgRNA靶向序列) IDR1区域(96-156 aa,关键143-156 aa) AIM-100抑制剂浓度(10 µM)处理时间(3 h) STAT5信号检测(Western blot、Co-IP)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证ACK1在LUSC中的基因扩增和表达水平。
分析TCGA等数据集的基因改变,使用cBioPortal;比较正常与LUSC样本的mRNA表达;对43例LUSC组织微阵列进行免疫组化染色评估蛋白表达。
确定ACK1是否经历液-液相分离,并表征其动态特性。
在H2170和HeLa细胞中表达ACK1-GFP,观察点状定位;通过免疫荧光检测内源ACK1;进行延时成像、FRAP实验评估流动性。
确定ACK1中驱动LLPS的具体区域。
构建删除不同IDR的突变体,转染HeLa细胞观察定位;进一步细分IDR1区域。
验证IDR1是否独立诱导液滴形成。
进行optoDroplet实验;纯化IDR1-GFP蛋白,进行体外液滴形成实验,观察PEG-6000和NaCl的影响。
验证ACK1凝聚体是否增强STAT5信号及机制。
检测ACK1过表达对pSTAT5的影响;共表达STAT5与不同ACK1突变体;使用AIM-100处理;通过Co-IP和共定位分析NCK1/NCK2招募;敲低NCK1/NCK2检测pSTAT5变化。
验证ACK1凝聚体是否影响STAT5转录活性、细胞生长和迁移。
进行STAT5报告基因实验;RNA-seq和GSEA分析;组织芯片数据关联;集落形成和伤口愈合实验。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Biological Industries | 01-052-1 |
| 胎牛血清 | Biological Industries | 04-001-1 | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | 15070063 | |
| 质粒构建 | HSP90AA1表达质粒 | Miaoling Biology | P21174 |
| Western blot | Myc抗体 | Cell Signaling Technology | 2272 |
| p-ACK1抗体 | Cell Signaling Technology | 3138 | |
| pSTAT3抗体 | Cell Signaling Technology | 9145 | |
| pSTAT5抗体 | Cell Signaling Technology | 4322 | |
| ACK1抗体 | Santa Cruz | sc-28336 | |
| 肌动蛋白抗体 | Sigma-Aldrich | A1978 | |
| FLAG抗体 | Sigma-Aldrich | F3165 | |
| GFP抗体 | Proteintech | 50430-2-AP | |
| His抗体 | Santa Cruz | sc-53073 | |
| IRDye 800CW山羊抗小鼠 | LI-COR | 92632210 | |
| IRDye 800CW山羊抗兔 | LI-COR | 92632211 | |
| 免疫荧光 | Alexa Fluor 488山羊抗小鼠IgG | Thermo Fisher Scientific | 1939600 |
| Alexa Fluor 568山羊抗兔IgG | Thermo Fisher Scientific | 1942295 | |
| 细胞染色 | DAPI | Sigma-Aldrich | D8417 |
| 药物处理 | 嘌呤霉素 | Sigma-Aldrich | P9620 |
| AIM-100 | MedChemExpress | HY-15290 | |
| 转染 | 聚乙烯亚胺(PEI) | -- | -- |
| 病毒包装 | psPAX2 | Addgene | 12260 |
| pMD2.G | Addgene | 12259 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | -- | -- |
| 蛋白酶抑制剂 | Roche | 05892970001 | |
| 免疫组化 | LUSC组织芯片 | DASEBIO | DASE-LugS961 |
| 体外液滴实验 | His60镍树脂 | Clontech | 635659 |
| 免疫共沉淀 | Dynabeads蛋白G | Thermo Fisher Scientific | 10004D |
| 显微镜 | 奥林巴斯FV3000共聚焦显微镜 | Olympus | -- |
| WB成像 | Licor Odyssey-CLx成像系统 | LI-COR | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系(H2170、HeLa、HEK293T)来源;培养基(DMEM)、血清浓度(10% FBS)、青霉素/链霉素浓度(100 U/mL, 100 µg/mL);培养条件(37°C,5% CO2) 阅读提示:见 Materials and methods 的 Cell culture 部分 |
| AC K1敲除与过表达 | sgRNA序列(GGAAGACCTCGCCCGCCCCT);敲除验证(DNA测序和Western blot);表达质粒(pHAGE) 阅读提示:见 Materials and methods 的 Plasmids and reagents 和 Plasmid transfection and viral infection |
| LLPS实验 | IDR1区域(96-156 aa)及突变体构建;optoDroplet实验光刺激条件(488 nm,2秒间隔);FRAP激光功率(20%)和漂白时间(500 ms) 阅读提示:见 Materials and methods 的 OptoDroplet assay、Live imaging and FRAP |
| STAT5信号检测 | AIM-100处理浓度(10 µM)和时间(3 h);抗体(pSTAT5 #4322等);共转染质粒(ACK1、STAT5) 阅读提示:见 Results 的 ACK1 condensates promote STAT5 signaling 部分及相应图注 |
| 细胞功能实验 | 集落形成实验细胞数(200个/孔)和培养时间(14天);伤口愈合实验血清饥饿时间(16 h)和划痕宽度(100-200 μm) 阅读提示:见 Materials and methods 的 Colony formation assay 和 Wound-healing assay |