单细胞转录组鉴定周细胞及亚群
鉴定并描述CRPC、原发PCa和正常前列腺组织中的周细胞及其亚群特征。
整合GSE172316、GSE181294和GSE210358单细胞数据,通过marker基因(ACTA2, PDGFRB, CSPG4, RGS5)鉴定周细胞,并细分CRPC-pericytes和PCa-pericytes。
Pericytes in castration-resistant prostate cancer associated with disease progression and immunotherapy response: insights from single-cell analysis.
整合单细胞转录组和免疫荧光,体外用PDGF-BB处理周细胞,并通过RM-1皮下瘤模型进行功能验证。
CRPC周细胞亚群 PCa周细胞亚群 RM-1皮下瘤模型
周细胞标志基因ACTA2、PDGFRB、CSPG4、RGS5 CRPC周细胞中PDGF信号和血管生成通路激活 PDGFR抑制剂CP-673,451与抗PD-1联合治疗 CD31和α-SMA免疫荧光密度 CD4和CD8 T细胞浸润
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定并描述CRPC、原发PCa和正常前列腺组织中的周细胞及其亚群特征。
整合GSE172316、GSE181294和GSE210358单细胞数据,通过marker基因(ACTA2, PDGFRB, CSPG4, RGS5)鉴定周细胞,并细分CRPC-pericytes和PCa-pericytes。
验证周细胞的空间定位及其与肿瘤分级和预后的关系。
组织芯片免疫荧光检测α-SMA和CD31,评估血管上周细胞覆盖;通过xCell和ssGSEA等分析周细胞丰度与Gleason评分、生存及免疫浸润的关系。
揭示CRPC周细胞和PCa周细胞之间的差异表达基因和信号通路。
对CRPC-pericytes和PCa-pericytes进行差异表达、GO/KEGG、GSEA、AUCell和pySCENIC分析,发现PDGF信号和血管生成上调,免疫相关通路下调。
比较CRPC周细胞与PCa周细胞与其他细胞类型的相互作用差异。
使用CellChat分析周细胞与内皮细胞、成纤维细胞、髓系细胞等的配体受体对。
评估CRPC周细胞丰度对临床预后和免疫治疗反应的影响。
使用ssGSEA评分CRPC周细胞丰度,进行Kaplan-Meier生存分析,在TCGA-PRAD、GSE21034、GSE70769和IMvigor210队列中分析RFS、OS及免疫治疗反应。
评估抑制PDGF/PDGFR信号对肿瘤生长的影响及与抗PD-1联合的协同效应。
皮下接种RM-1细胞构建小鼠模型,分四组:对照、抗PD-1单药、PDGFR抑制剂CP-673,451单药、联合治疗;检测肿瘤体积、体重、免疫荧光检测α-SMA和CD31、IHC检测CD4和CD8 T细胞。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫荧光 | α-平滑肌肌动蛋白 | Cell Signaling Technology | 19245 |
| CD31 | Cell Signaling Technology | 3528 | |
| α-平滑肌肌动蛋白 | Abcam | ab7817 | |
| CD31 | Abcam | ab182981 | |
| PDGFRβ | Cell Signaling Technology | 3169 | |
| 免疫组织化学 | CD4 | Abcam | ab183685 |
| CD8 | Abcam | ab209775 | |
| 细胞培养 | RM-1细胞系 | Pricella Biotechnology | -- |
| DMEM培养基 | ThermoFisher Scientific | 11965092 | |
| 动物实验 | 抗PD-1抗体 | MedChemExpress | HY-P99144 |
| CP-673,451 | MedChemExpress | HY-12050 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 单细胞RNA-seq分析 | 数据来源:GSE172316(6例正常)、GSE181294(18例未治疗PCa)、GSE210358(13例CRPC),细胞过滤和归一化参数。 阅读提示:Methods: Data collection, Data preprocessing and annotation of cell populations |
| 免疫荧光染色 | 组织芯片(HProA150PG02),抗体α-SMA (#19245, 1:2000)和CD31 (#3528, 1:1000),抗原修复条件。 阅读提示:Methods: Tissue microarray and immunofluorescence |
| 动物实验 | C57BL/6J小鼠,6-8周龄,皮下接种1×10^6 RM-1细胞,分组(对照、抗PD-1、PDGFR抑制剂、联合),剂量和给药方式:抗PD-1(10mg/kg i.p.,每3天),CP-673,451(20mg/kg/日口服, bid)。 阅读提示:Methods: Animal experiments; Figure 7B |
| 肿瘤组织免疫组化/免疫荧光 | CD4和CD8抗体(Abcam),α-SMA和CD31抗体(Abcam和CST),定量方法(ImageJ)。 阅读提示:Methods: Animal experiments; Results 中相应部分 |
| 数据分析与统计 | R版本4.2.0, GraphPad Prism 8.3.0, SPSS 22,统计检验(Student's t-test, Wilcoxon, Spearman, Chi-square, Fisher)。 阅读提示:Methods: Statistical analysis |