转录组数据挖掘与MPC2鉴定
识别与DLBCL进展相关的关键线粒体因子
分析GSE83632、TCGA-GTEX等数据集的转录组数据,进行差异表达分析、WGCNA和GSEA,并结合MitoCarta3.0数据库和Cox回归分析,最终鉴定MPC2为关键因子。
MPC2 Overexpression Drives Mitochondrial Oxidative Phosphorylation and Promotes Progression in Diffuse Large B-Cell Lymphoma.
结合多数据集转录组分析、临床样本验证、细胞功能实验(增殖、侵袭、球体形成)、代谢检测(OCR、乳酸)及体内异种移植模型,包含机制和功能验证。
SU-DHL-4细胞系 U-2932细胞系 HBL-1细胞系 BALB/c裸鼠异种移植模型
MPC2在DLBCL样本中高表达(mRNA和蛋白水平) MPC2敲低后OCR降低和乳酸水平升高 MPC2敲低后细胞增殖、侵袭和3D球体形成受抑 MPC2敲低后肿瘤生长和重量减少 体内实验使用SU-DHL-4细胞皮下注射,5x10^6细胞/鼠,5只/组
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别与DLBCL进展相关的关键线粒体因子
分析GSE83632、TCGA-GTEX等数据集的转录组数据,进行差异表达分析、WGCNA和GSEA,并结合MitoCarta3.0数据库和Cox回归分析,最终鉴定MPC2为关键因子。
验证MPC2在DLBCL中表达是否上调
收集10例DLBCL患者和10例健康对照的外周血,分离CD19+ B细胞,通过qRT-PCR和Western blot检测MPC2表达,并利用HPA数据库免疫组化数据。
验证MPC2对DLBCL细胞恶性表型和线粒体功能的影响
在SU-DHL-4细胞中通过慢病毒介导的shRNA敲低MPC2,检测OCR、乳酸水平、增殖(CCK-8)、侵袭(Transwell)和3D球体形成能力。
验证MPC2对DLBCL体内肿瘤形成的影响
将对照或MPC2敲低的SU-DHL-4细胞皮下注射到BALB/c裸鼠,监测肿瘤体积和重量,并检测肿瘤组织中的乳酸水平和MPC2蛋白表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 数据分析 | R | -- | v4.1.0 |
| limma | -- | v3.46.0 | |
| WGCNA | -- | v1.70-3 | |
| clusterProfiler | -- | v4.0.5 | |
| 样本分离 | CD19磁珠试剂盒 | Miltenyi Biotec | 130-050-301 |
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Gibco | 11875093 |
| 胎牛血清 | Gibco | 10270106 | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | 15140122 | |
| 慢病毒包装 | MISSION慢病毒包装混合液 | Sigma-Aldrich | SHP001 |
| 细胞转导 | 聚凝胺 | Sigma-Aldrich | H9268 |
| 细胞筛选 | 嘌呤霉素 | Gibco | A1113803 |
| RNA提取 | RNeasy小型试剂盒 | Qiagen | 74104 |
| cDNA合成 | PrimeScript逆转录试剂盒 | Takara Bio | RR037A |
| qRT-PCR | SYBR Premix Ex Taq II试剂盒 | Takara Bio | RR820A |
| LightCycler 480 II实时荧光定量PCR仪 | Roche | -- | |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | Thermo Fisher Scientific | 89900 |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Roche | 04693159001 | |
| 蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 23225 |
| Western blot | PVDF膜 | Millipore | IPVH00010 |
| 抗MPC2抗体 | Abcam | ab236584 | |
| 抗β-actin抗体 | Cell Signaling Technology | 4970 | |
| HRP标记二抗 | Cell Signaling Technology | 7074 | |
| ECL化学发光底物 | Thermo Fisher Scientific | 32106 | |
| 乳酸检测 | 乳酸比色检测试剂盒 | BioVision | K607 |
| 酶标仪 | BioTek | -- | |
| 增殖检测 | 细胞增殖检测试剂盒 (CCK-8) | Dojindo | CK04 |
| 侵袭检测 | Transwell小室 | Corning | 3422 |
| 基质胶 | BD Biosciences | 356234 | |
| 球体形成 | 超低吸附96孔板 | Corning | 7007 |
| B-27 | Gibco | 17504044 | |
| 碱性成纤维细胞生长因子 | PeproTech | 100-18B | |
| ImageJ软件 | NIH | -- | |
| OCR测量 | 海马XF细胞线粒体压力测试试剂盒 | Agilent Technologies | 103015-100 |
| 海马XFe96细胞外通量分析仪 | Agilent Technologies | -- | |
| XF细胞培养微孔板 | Agilent Technologies | 102416-100 | |
| XF基础培养基 | Agilent Technologies | 103334-100 | |
| 葡萄糖 | Sigma-Aldrich | G8270 | |
| 谷氨酰胺 | Gibco | 25030081 | |
| FCCP | Agilent Technologies | 103015-100 | |
| 动物实验 | BALB/c裸鼠 | Shanghai SLAC Laboratory Animal Co., Ltd. | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本采集 | 外周血样本来自10例DLBCL患者和10例健康对照;CD19+ B细胞分离使用CD19 MicroBeads Kit(catalog #130-050-301) 阅读提示:Methods:Clinical Sample Collection |
| 细胞培养 | 细胞系(SU-DHL-4、U-2932、HBL-1)来源和培养条件:RPMI-1640 + 10% FBS + 1% 青链霉素,37°C,5% CO2,细胞代数5-10代 阅读提示:Methods:Cell Culture |
| 慢病毒转导与敲低 | shRNA靶向MPC2,pLenti-H1-shRNA-(GFP-Puro)载体,MOI=10,8 μg/mL polybrene,2 μg/mL puromycin筛选 阅读提示:Methods:Lentivirus-Mediated MPC2 Knockdown |
| 代谢检测 | OCR使用Seahorse XFe96,2x10^4细胞/孔,基线及Oligomycin/FCCP/Rotenone-AA处理;乳酸检测使用比色法试剂盒,1x10^6细胞或10 mg组织 阅读提示:Methods:Oxygen Consumption Rate (OCR) Measurement and Lactate Detection |
| 体内实验 | 6周龄雌性BALB/c裸鼠,5只/组,皮下注射5x10^6细胞/鼠(100 μL PBS+Matrigel),肿瘤体积每5天测量,35天后处死 阅读提示:Methods:In Vivo Experiment |