生物信息学分析IL-27信号在成脂分化中的表达
筛选成脂分化过程中差异表达的白细胞介素基因,确定IL-27信号通路是否参与调控。
从GEO数据库获取GSE125331、GSE198481、GSE249195三个人ADSCs成脂分化数据集,使用GEO2R筛选差异表达基因(p<0.05, |log2FC|≥2),并通过VennDiagram识别共同下调的白细胞介素基因(IL-6和IL-27Rα)。
IL-27 alleviates high-fat diet-induced obesity and metabolic disorders by inhibiting adipogenesis via activating HDAC6.
包含体外ADSCs成脂分化模型、体内HFD肥胖小鼠模型及AAV介导的脂肪组织特异性IL-27过表达,并进行功能验证(体重、代谢指标)和机制验证(HDAC6/TGFβ/Smad3通路)。
小鼠脂肪间充质干细胞(ADSCs) 高脂饮食诱导的肥胖小鼠模型(C57BL/6J) C3H10T1/2间充质干细胞系
IL-27处理浓度(100 ng/mL)及时间(7天成脂分化) AAV2/9-FABP4-IL27尾静脉注射剂量(1.9×10¹¹病毒基因组)及HFD喂养12周 HDAC6抑制剂Tubastatin A浓度(5 μM) TGFβ受体激酶抑制剂SB-431542浓度(10 μM) ADSCs分离自5周龄雄性C57BL/6J小鼠皮下脂肪组织
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选成脂分化过程中差异表达的白细胞介素基因,确定IL-27信号通路是否参与调控。
从GEO数据库获取GSE125331、GSE198481、GSE249195三个人ADSCs成脂分化数据集,使用GEO2R筛选差异表达基因(p<0.05, |log2FC|≥2),并通过VennDiagram识别共同下调的白细胞介素基因(IL-6和IL-27Rα)。
验证IL-27信号在肥胖和成脂分化中的表达变化。
检测HFD小鼠血清IL-27水平,分离并培养原代ADSCs,诱导成脂分化,检测IL27p28、EBI3、IL-27Rα的mRNA表达。
排除IL-27对ADSCs增殖的干扰,为后续功能实验提供依据。
使用EdU和CCK-8检测不同浓度IL-27(25、50、100、200 ng/mL)处理对ADSCs增殖的影响。
明确IL-27在体外对ADSCs成脂分化的影响。
ADSCs在成脂分化诱导培养基中培养7天,同时给予IL-27处理,通过油红O染色、qPCR和Western blot检测成脂标志物PPARγ、C/EBPα、FABP4的表达。
研究IL-27在体内对肥胖和代谢稳态的影响。
C57BL/6J小鼠喂食高脂饮食12周,通过尾静脉注射AAV2/9-FABP4-IL27或对照病毒,每周测量体重和食物摄入,使用QMR06-090H分析体成分,进行GTT和ITT,检测血清总胆固醇和甘油三酯水平。
评估IL-27对体内脂肪组织和肝脏脂质沉积的影响。
收集腹股沟、附睾和肩胛部白色脂肪组织以及肝脏,进行HE染色和油红O染色,分析脂肪细胞大小和数量。
揭示IL-27抑制脂肪生成的信号通路机制。
检测HDAC家族mRNA表达,通过Western blot检测HDAC6蛋白水平;Co-IP实验验证IL-27Rα和HDAC6的相互作用;使用HDAC6抑制剂TA和TGFβ受体抑制剂SB处理ADSCs,检测成脂标志物和通路蛋白表达。
在体内验证IL-27通过HDAC6/TGFβ/Smad3通路抑制脂肪生成。
提取HFD+AAV-IL27和HFD+AAV-NC小鼠腹股沟白色脂肪组织蛋白,通过Western blot检测HDAC6、TGFβR1、p-Smad3、PPARγ、C/EBPα的表达水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 成脂分化诱导 | 地塞米松 | Sigma | -- |
| 3-异丁基-1-甲基黄嘌呤 | Sigma | -- | |
| 胰岛素 | Sigma | -- | |
| 吲哚美辛 | Sigma | -- | |
| 细胞培养 | DMEM/F12培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素/链霉素 | -- | -- | |
| II型胶原酶 | -- | -- | |
| 药物处理 | 重组小鼠IL-27 | Biolegend | -- |
| Tubastatin A (HDAC6特异性抑制剂) | MCE | -- | |
| SB-431542 (TGFβ受体抑制剂) | MCE | -- | |
| 细胞培养 | C3H10T1/2专用培养基 | Procell | -- |
| 转染 | Opti-MEM减血清培养基 | Gibco | -- |
| 线性聚乙烯亚胺 (PEI) | Yeasen | -- | |
| 细胞增殖检测 | CCK-8试剂 | Dojindo | -- |
| BeyoClick™ EdU-488 | Beyotime | -- | |
| 流式分析 | FITC-CD34抗体 | Thermo Scientific | -- |
| FITC-CD29抗体 | BD Bioscience | -- | |
| FITC-90抗体 | BD Bioscience | -- | |
| PE-CD44抗体 | BD Bioscience | -- | |
| PE-CD45抗体 | BD Bioscience | -- | |
| qPCR | TRIzol试剂 | Sigma | -- |
| Evo M-MLV反转录预混试剂盒 | Accurate Biology | -- | |
| SYBR Green试剂盒 | Accurate Biology | -- | |
| 免疫印迹 | β-actin抗体 | Cell Signaling Technology | 4970 |
| PPARγ抗体 | Cell Signaling Technology | 2435 | |
| C/EBPα抗体 | Cell Signaling Technology | 8178 | |
| FABP4抗体 | Cell Signaling Technology | 2120 | |
| HDAC6抗体 | Cell Signaling Technology | 7612 | |
| p-Akt抗体 | Cell Signaling Technology | 4060 | |
| Akt抗体 | Cell Signaling Technology | 4691 | |
| β-catenin抗体 | Cell Signaling Technology | 8480 | |
| TGFβR1抗体 | Proteintech | 30117-1-AP | |
| p-Smad3抗体 | Abcam | ab52903 | |
| Smad3抗体 | Cell Signaling Technology | 9523 | |
| 抗兔IgG HRP二抗 | Cell Signaling Technology | 7074 | |
| 抗鼠IgG HRP二抗 | Cell Signaling Technology | 7076 | |
| 免疫共沉淀 | DYKDDDDK (Flag)抗体 | Proteintech | 66008-4-Ig |
| HA标签抗体 | Proteintech | 66006-2-Ig | |
| Pierce Direct磁性IP/Co-IP试剂盒 | Thermo Scientific | -- | |
| 动物实验 | AAV2/9-FABP4-IL27-3xFlag | HanBio | -- |
| AAV2/9-FABP4-NC | HanBio | -- | |
| 高脂饲料(60%热量来自脂肪) | Research Diets | -- | |
| QMR06-090H体成分分析仪 | Niumag | -- | |
| 血糖仪 | Sinocare | -- | |
| 血液生化检测 | 小鼠IL-27 ELISA试剂盒 | Multisciences | -- |
| 总胆固醇比色测定试剂盒 | Elabscience | -- | |
| 甘油三酯比色测定试剂盒 | Elabscience | -- | |
| 组织学 | 油红O储备液 | Solarbio | -- |
| 图像分析 | 全景扫描150系统 | -- | -- |
| 流式分析 | BD LSRFortessa流式细胞仪 | BD Bioscience | -- |
| qPCR | LightCycler 480实时荧光定量PCR系统 | Roche | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| ADSCs分离与培养 | 小鼠品系(C57BL/6J)、年龄(5周龄)、性别(雄性)、组织来源(皮下脂肪)、胶原酶浓度(0.1%)、细胞传代代数(P3-P5) 阅读提示:Materials and methods: Isolation, culture, and adipogenic differentiation of ADSCs |
| 成脂分化诱导 | MDI混合物组成及浓度(100 μM吲哚美辛、10 μg/mL胰岛素、0.5 mM IBMX、1 μM地塞米松)、诱导时间(7天)、培养基更换方案 阅读提示:Materials and methods: Isolation, culture, and adipogenic differentiation of ADSCs |
| IL-27处理 | IL-27浓度(100 ng/mL用于抑制)、处理时间(随每次换液更新,第7天重新加入并6小时后取样) 阅读提示:Materials and methods: Isolation, culture, and adipogenic differentiation of ADSCs; Results Figure 2-5 |
| HDAC6抑制 | TA浓度(5 μM)、处理时间(成脂分化期间) 阅读提示:Materials and methods: Adipogenic differentiation; Results Figure 4 |
| TGFβ通路抑制 | SB浓度(10 μM)、处理时间(成脂分化期间) 阅读提示:Materials and methods: Adipogenic differentiation; Results Figure 5 |
| 动物模型 | 小鼠品系(C57BL/6J)、性别(雄性)、初始周龄(5-6周)、HFD含量(60%)、HFD喂养时长(12周)、AAV剂量(1.9×10¹¹病毒基因组)、注射方式(尾静脉) 阅读提示:Materials and methods: Animals and treatments; Results Figure 3 |
| 代谢表型检测 | GTT条件(禁食12小时、葡萄糖剂量2g/kg、测量时间点)、ITT条件(禁食4小时、胰岛素剂量0.5 U/kg、测量时间点)、体成分分析 阅读提示:Materials and methods: Glucose tolerance test (GTT) and insulin tolerance test (ITT) |