生物信息学分析与NRS构建
识别ADSCs在高糖处理下与新生血管形成相关的关键基因和信号通路。
对hADSCs进行RNA-seq(HG vs LG),通过差异表达基因(DEGs)与新生血管相关基因取交集构建NRS,进行GO/KEGG富集和PPI网络分析,鉴定hub基因。
KLF5 enhances CXCL12 transcription in adipose-derived stem cells to promote endothelial progenitor cells neovascularization and accelerate diabetic wound healing.
包含体外细胞实验(ADSCs/EPCs共培养、敲低/过表达)、体内糖尿病小鼠伤口模型、临床样本(患者伤口组织)及分子机制验证(双荧光素酶报告基因),证据层级多样且功能与机制验证明确。
人脂肪来源干细胞(hADSCs) 小鼠脂肪来源干细胞(ADSCs) 内皮祖细胞(EPCs) 糖尿病小鼠伤口模型
高糖(HG, 30mM)处理hADSCs与低糖(LG, 5.5mM)对照 ADSCs中KLF5和CXCL12的敲低(shRNA)及对照(shNC) 糖尿病小鼠模型(STZ诱导,60mg/kg,5天)及伤口面积测量(0.6cm,21天) EPCs共培养条件(HG 24h,rCXCL12 125nM或1.25μg/mL,ADSCs 5×10^5/ml) 双荧光素酶报告基因实验验证KLF5与CXCL12启动子结合
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别ADSCs在高糖处理下与新生血管形成相关的关键基因和信号通路。
对hADSCs进行RNA-seq(HG vs LG),通过差异表达基因(DEGs)与新生血管相关基因取交集构建NRS,进行GO/KEGG富集和PPI网络分析,鉴定hub基因。
获取并验证用于后续实验的ADSCs。
从人脂肪组织和C57BL/6小鼠腹股沟脂肪分离ADSCs,通过流式细胞术检测表面标记物(CD29、CD90阳性;CD34、CD45阴性),并通过三系分化染色(油红O、茜素红、阿利新蓝)验证多能性。
验证CXCL12在ADSCs中介导对EPCs功能的影响。
用慢病毒shRNA转染ADSCs敲低CXCL12,通过RT-qPCR、Western blot、ELISA验证敲低效率。将HG处理的EPCs与shNC/si-CXCL12 ADSCs共培养,检测EPCs增殖(EdU)、迁移(Transwell)和成管能力,并加入rCXCL12进行回补。
验证KLF5是否直接调控CXCL12转录。
利用JASPAR数据库预测CXCL12启动子上的KLF5结合位点,通过双荧光素酶报告基因实验验证KLF5对CXCL12启动子的激活作用;在ADSCs中敲低KLF5,检测CXCL12表达变化。
在体内验证ADSCs通过KLF5/CXCL12轴促进伤口愈合和新生血管形成。
建立STZ诱导的糖尿病小鼠全层皮肤缺损模型,分别注射PBS、shNC ADSCs、sh-CXCL12 ADSCs、sh-KLF5 ADSCs、rCXCL12,定期拍照测量伤口面积,通过HE、Masson染色和CD31/α-SMA免疫荧光评估组织学改变。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| hADSCs分离 | I型胶原酶 | Sigma-Aldrich | SCR103 |
| hADSCs培养 | 间充质干细胞培养基 | Cyagen | MUXMD-90011 |
| hADSCs分离 | 磷酸盐缓冲液 | Invitrogen | 10010023 |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Thermo Fisher Scientific | 15596026 |
| RNA-seq | NEBNext Ultra II RNA文库制备试剂盒(Illumina) | New England Biolabs | -- |
| NovaSeq 6000测序平台 | Illumina | -- | |
| 细胞培养 | EGM-2 BulletKit培养基 | Lonza | CC-3162 |
| 细胞处理 | 重组CXCL12(rCXCL12) | PeproTech | 250-20A |
| 转染 | 嘌呤霉素 | Beyotime | ST551 |
| ELISA | DuoSet ELISA试剂盒 | R&D Systems | DY460 |
| Western blot | BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0010 |
| SDS-PAGE凝胶 | EpiZyme | PG113 | |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| 无蛋白快速封闭液 | EpiZyme | PS108P | |
| 抗GAPDH抗体 | Proteintech | 10494-1-AP | |
| 抗CXCL12抗体 | Abcam | ab9797 | |
| 抗KLF5抗体 | Abcam | ab137676 | |
| RT-qPCR | RNA Easy Fast组织/细胞试剂盒 | TIANGEN | DP451 |
| HiScript II qRT SuperMix试剂盒 | Vazyme Biotech | R223 | |
| SYBR Green PCR试剂盒 | Vazyme Biotech | Q221 | |
| 细胞增殖实验 | EdU细胞增殖检测试剂盒 | Beyotime | C0071 |
| 管形成实验 | Matrigel基质胶 | Corning | 356230 |
| 动物模型 | 链脲佐菌素(STZ) | Sigma-Aldrich | S0130 |
| 组织学染色 | Masson三色染色 | Yuanye | R20379 |
| 免疫荧光 | 抗CD31抗体 | R&D Systems | AF3628 |
| 抗α-SMA抗体 | Proteintech | 14395-1-AP | |
| DAPI | Invitrogen | -- | |
| 双荧光素酶报告实验 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | 11668019 |
| 双荧光素酶报告基因检测系统 | Beyotime | RG027 | |
| GloMax 96微孔板发光检测仪 | Promega | -- | |
| ADSCs鉴定 | 抗CD29抗体 | BioLegend | 102215 |
| 抗CD34抗体 | BioLegend | 128611 | |
| 抗CD45抗体 | BioLegend | 103121 | |
| 抗CD90抗体 | BioLegend | 105315 | |
| ADSCs分化鉴定 | 茜素红染色试剂盒 | Cyagen | MUXMD-90021 |
| 油红O染色试剂盒 | Cyagen | MUXMD-90031 | |
| 阿利新蓝染色试剂盒 | Cyagen | MUXMD-90041 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| ADSCs分离与培养 | 脂肪组织来源,胶原酶消化条件(0.2%,45分钟,37°C),培养代数(P3-P6) 阅读提示:见Methods中的“Collection of human adipose-derived stem cells (hADSCs)”和“Isolation and identification of ADSCs” |
| RNA-seq及生信分析 | HG和LG处理浓度(30mM和5.5mM),每组样本数(3),差异基因阈值(|log2FC|>0.585, adj.p<0.05) 阅读提示:见Methods中的“RNA extraction, RNA-sequencing, and data analysis”及“Identification of NRS and functional analysis” |
| 细胞实验(EPCs功能) | EPCs来源(Procell),HG处理时间(24h),共培养条件(rCXCL12 125nM或1.25μg/mL,ADSCs 5×10^5/ml) 阅读提示:见Methods中的“Culture, treatment of EPCs, and transfection of ADSCs”及“Cell proliferation assay”、“Cell migration assay”、“Tube formation assay” |
| 体内实验(糖尿病小鼠模型) | STZ剂量(60mg/kg,连续5天),血糖标准(>16.7 mmol/L),伤口大小(0.6cm),注射细胞数(1×10^6),rCXCL12剂量(25μg/kg) 阅读提示:见Methods中的“Diabetic wound model and wound healing assessment” |
| 分子机制验证 | KLF5结合位点预测(JASPAR),双荧光素酶报告实验转换条件(Lipofectamine 2000,24h) 阅读提示:见Methods中的“Luciferase reporter gene assay”及Results中的“KLF5 as an upstream transcription factor of CXCL12” |